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- PDB-6g52: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CNMP BINDING DOMAIN OF THE MAGNESIUM TRA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g52
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CNMP BINDING DOMAIN OF THE MAGNESIUM TRANSPORTER CNNM4
要素Metal transporter CNNM4
キーワードMETAL TRANSPORT / CYCLIN M4 / ACDP4 / MAGNESIUM / TRANSPORTER / JALILI SYNDROME / MAGNESIUM ABSORPTION / MAGNESIUM HOMEOSTASIS
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transport / magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / enamel mineralization / intracellular monoatomic cation homeostasis / visual perception / basolateral plasma membrane / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal transporter CNNM4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.691 Å
データ登録者Gimenez, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Zubillaga, M. / Merino, N. / Blanco, F.J. / Siliqi, D. / Tremblay, M. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
資金援助 スペイン, 5件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2013-47531-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-77408-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCSD2008-00005 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2016-0644 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBES-2014-068464 スペイン
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into the Intracellular Region of the Human Magnesium Transport Mediator CNNM4.
著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Gonzalez-Recio, I. / Fernandez-Rodriguez, C. / Corral-Rodriguez, M.A. / Campos-Zarraga, I. / Simon, J. / Kostantin, E. / Hardy, S. / Diaz Quintana, A. / ...著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Gonzalez-Recio, I. / Fernandez-Rodriguez, C. / Corral-Rodriguez, M.A. / Campos-Zarraga, I. / Simon, J. / Kostantin, E. / Hardy, S. / Diaz Quintana, A. / Zubillaga Lizeaga, M. / Merino, N. / Diercks, T. / Blanco, F.J. / Diaz Moreno, I. / Martinez-Chantar, M.L. / Tremblay, M.L. / Muller, D. / Siliqi, D. / Martinez-Cruz, L.A.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of the Oncogenic Interaction of Phosphatase PRL-1 with the Magnesium Transporter CNNM2.
著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / ...著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / Claverie-Martin, F. / Muller, D. / Tremblay, M.L. / Martinez-Cruz, L.A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the CBS-domain pair of cyclin M2 (CNNM2).
著者: Gomez-Garcia, I. / Stuiver, M. / Ereno, J. / Oyenarte, I. / Corral-Rodriguez, M.A. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2011
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the CBS pair of the human metal transporter CNNM4.
著者: Gomez Garcia, I. / Oyenarte, I. / Martinez-Cruz, L.A.
#4: ジャーナル: Biochem J. / 年: 2014
タイトル: Nucleotide binding triggers a conformational change of the CBS module of the magnesium transporter CNNM2 from a twisted towards a flat structure.
著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Abascal-Palacios, G. / Diercks, T. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / de Opakua, A.I. / Blanco, F.J. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Terashima, H. / ...著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Abascal-Palacios, G. / Diercks, T. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / de Opakua, A.I. / Blanco, F.J. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Terashima, H. / Accardi, A. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Metal transporter CNNM4
B: Metal transporter CNNM4
C: Metal transporter CNNM4
D: Metal transporter CNNM4
E: Metal transporter CNNM4
F: Metal transporter CNNM4
G: Metal transporter CNNM4
H: Metal transporter CNNM4
A: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,6699
ポリマ－192,6699
非ポリマー00
水00
1
C: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
A: Metal transporter CNNM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4081
ポリマ－21,4081
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.738, 116.738, 243.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
Metal transporter CNNM4 / Ancient conserved domain-containing protein 4 / Cyclin-M4


分子量: 21407.645 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM4, ACDP4, KIAA1592 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P4Q7
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.5 M Sodium Formate, 5 % PEG 3350, 0.1 M TRIS pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.69→243.96 Å / Num. obs: 21343 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 41.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 1.464 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 413360
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.69-3.9110.0271.3771.463800649163630.7791.45198
3.91-4.1810.5830.6493.1664136606060600.9530.682100
4.18-4.5210.7180.3136.5860320562856280.9910.328100
4.52-4.9510.1860.1959.7352731517751770.9950.205100
4.95-5.5310.4760.18911.7749551473047300.9930.199100
5.53-6.3810.6060.17813.3443814413141310.9930.187100
6.38-7.8110.3580.11519.5336283350335030.9970.121100
7.81-11.0110.410.06333.2728044269426940.9980.066100
11.01-63.2869.690.06136.8614681151815150.9980.06499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.691→63.286 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3026 1989 9.62 %
Rwork0.2844 18687 -
obs0.2861 20676 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 253.07 Å2 / Biso mean: 100.772 Å2 / Biso min: 39.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.691→63.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9252 0 0 0 9252
残基数----1249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74812837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8285568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.691-3.78330.41991180.40411091120981
3.7833-3.88550.38681360.35161299143595
3.8855-3.99990.39231350.32431263139894
3.9999-4.12890.29641350.30611297143296
4.1289-4.27650.32291420.29221332147497
4.2765-4.44770.29711380.28211333147199
4.4477-4.650.23751430.24511347149098
4.65-4.89510.29681480.25641348149699
4.8951-5.20170.32331440.28251347149199
5.2017-5.60310.26211490.288813761525100
5.6031-6.16650.30511500.3131366151699
6.1665-7.05780.34291450.301813851530100
7.0578-8.88820.21711500.241314201570100
8.8882-63.29520.24511560.21081483163999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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