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- PDB-6g4r: Corynebacterium glutamicum OxyR C206S mutant, H2O2-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g4r
タイトルCorynebacterium glutamicum OxyR C206S mutant, H2O2-bound
要素(Hydrogen peroxide-inducible genes ...) x 3
キーワードTRANSCRIPTION / Hydrogen peroxide / redox / transcription factor / LysR
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROGEN PEROXIDE / : / Probable hydrogen peroxide-inducible genes activator
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Young, D.R. / Pedre, B.P. / Messens, J.M.
資金援助 ベルギー, スペイン, 5件
組織認可番号国
Other privateHERC16 ベルギー
Other governmentG.0D79.14N ベルギー
Other privateSRP34 ベルギー
Other privateLE326U14 スペイン
Other privateUXXI2016/00127 スペイン
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural snapshots of OxyR reveal the peroxidatic mechanism of H2O2sensing.
著者: Pedre, B. / Young, D. / Charlier, D. / Mourenza, A. / Rosado, L.A. / Marcos-Pascual, L. / Wahni, K. / Martens, E. / G de la Rubia, A. / Belousov, V.V. / Mateos, L.M. / Messens, J.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
A: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
E: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
G: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7209
ポリマ－140,4604
非ポリマー2605
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13660 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area51170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.216, 56.991, 154.182
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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Hydrogen peroxide-inducible genes ... , 3種, 4分子 BAGE

#1: タンパク質 Hydrogen peroxide-inducible genes activator


分子量: 35139.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: C0I99_13405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H5I9R9, UniProt: Q8NP91*PLUS
#2: タンパク質 Hydrogen peroxide-inducible genes activator


分子量: 35107.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: C0I99_13405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H5I9R9, UniProt: Q8NP91*PLUS
#3: タンパク質 Hydrogen peroxide-inducible genes activator


分子量: 35107.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: C0I99_13405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H5I9R9, UniProt: Q8NP91*PLUS

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非ポリマー , 4種, 110分子

#4: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 4000, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), lithium sulfate, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→153 Å / Num. obs: 37454 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 47.81 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.268 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 241902 / Scaling rejects: 125
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.62-2.696.52.0391793127620.3360.8612.2171.4100
11.72-15360.10327594630.9830.0460.11312.799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.62→76.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs36733 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→76.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9122 0 15 105 9242
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.465 178 5.4 %
Rwork0.413 3460 -
obs--93.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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