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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g4i | ||||||
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タイトル | The solution NMR structure of brevinin-1BYa in 33% trifluoroethanol | ||||||
要素 | Brevinin-1BYa | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / cationic / rana-box / antimicrobial peptide | ||||||
機能・相同性 | Frog antimicrobial peptide, brevinin-1 type / Frog antimicrobial peptide / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Brevinin-1BYa 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rana boylii (カエル) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Timmons, P.B. / O'Flynn, D.P. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2019 タイトル: Structural and positional studies of the antimicrobial peptide brevinin-1BYa in membrane-mimetic environments. 著者: Timmons, P.B. / O'Flynn, D. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M. #1: ジャーナル: J. Pept. Res. / 年: 2003 タイトル: Isolation of peptides of the brevinin-1 family with potent candidacidal activity from the skin secretions of the frog Rana boylii. 著者: Conlon, J.M. / Sonnevend, A. / Patel, M. / Davidson, C. / Nielsen, P.F. / Pal, T. / Rollins-Smith, L.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g4i.cif.gz | 153 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g4i.ent.gz | 98.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6g4i_validation.pdf.gz | 423.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6g4i_full_validation.pdf.gz | 625.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6g4i_validation.xml.gz | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6g4i_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6g4kC 6g4uC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2613.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: An cationic antimicrobial peptide possessing a helix-hinge-helix motif and an intramolecular disulphide bridge. 由来: (合成) Rana boylii (カエル) / 参照: UniProt: P84111 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 1.5 mM NA- Brevinin-1BYa, trifluoroethanol/water / Label: sample / 溶媒系: trifluoroethanol/water |
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試料 | 濃度: 1.5 mM / 構成要素: Brevinin-1BYa / Isotopic labeling: NA- |
試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 10000 Pa / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE DRX / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE DRX / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |