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万見
- PDB-6g4a: FLN5 (full length) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g4a
タイトルFLN5 (full length)
要素Gelation factor
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FILAMIN / GELATION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / pseudopodium assembly / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex / chemotaxis to cAMP / lateral cell cortex ...regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / pseudopodium assembly / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex / chemotaxis to cAMP / lateral cell cortex / phototaxis / macropinocytic cup / RHO GTPases activate PAKs / protein kinase B binding / actin crosslink formation / thermotaxis / hyperosmotic response / mitogen-activated protein kinase binding / lamellipodium assembly / cortical actin cytoskeleton / cell leading edge / pseudopodium / phagocytic cup / phagocytosis / response to cAMP / extracellular matrix / cell motility / small GTPase binding / actin filament binding / cell migration / cell cortex / actin cytoskeleton organization / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Waudby, C.A. / Wlodarski, T. / Karyadi, M.-E. / Cassaignau, A.M.E. / Chan, S.H.S. / Wentink, A.S. / Schmidt-Engler, J.M. / Camilloni, C. / Vendruscolo, M. / Cabrita, L.D. / Christodoulou, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust097806/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mapping energy landscapes of a growing filamin domain reveals an intermediate associated with proline isomerization during biosynthesis
著者: Waudby, C.A. / Wlodarski, T. / Karyadi, M.-E. / Cassaignau, A.M.E. / Chan, S.H.S. / Wentink, A.S. / Schmidt-Engler, J.M. / Camilloni, C. / Vendruscolo, M. / Cabrita, L.D. / Christodoulou, J.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gelation factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1671
ポリマ－12,1671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, NMR diffusion and linewidth
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 572structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Gelation factor / Actin-binding protein 120 / ABP-120


分子量: 12167.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: abpC, DDB_G0269100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13466

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNHA
141isotropic13D HN(COCA)CB

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 200 uM [U-13C; U-15N] FLN5, 10 mM HEPES, 30 mM ammonium chloride, 12 mM magnesium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMFLN5[U-13C; U-15N]1
10 mMHEPESnatural abundance1
30 mMammonium chloridenatural abundance1
12 mMmagnesium chloridenatural abundance1
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
試料状態イオン強度: 158 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
GROMACS4.6.5http://www.gromacs.org/structure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 572 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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