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- PDB-6g42: Crystal structure of mavirus penton protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g42
タイトルCrystal structure of mavirus penton protein
要素Minor capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / single jelly-roll / capsid protein / virus
機能・相同性Minor capsid protein
機能・相同性情報
生物種Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Born, D. / Reuter, L. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Capsid protein structure, self-assembly, and processing reveal morphogenesis of the marine virophage mavirus.
著者: Born, D. / Reuter, L. / Mersdorf, U. / Mueller, M. / Fischer, M.G. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor capsid protein
B: Minor capsid protein
C: Minor capsid protein
D: Minor capsid protein
E: Minor capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,8735
ポリマ－177,8735
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.240, 131.100, 154.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNSERSERAA3 - 2167 - 220
21GLNGLNSERSERBB3 - 2167 - 220
31GLNGLNSERSERCC3 - 2167 - 220
41GLNGLNSERSERDD3 - 2167 - 220
51GLNGLNSERSEREE3 - 2167 - 220
12THRTHRPHEPHEAA222 - 249226 - 253
22THRTHRPHEPHEBB222 - 249226 - 253
32THRTHRPHEPHECC222 - 249226 - 253
42THRTHRPHEPHEDD222 - 249226 - 253
52THRTHRPHEPHEEE222 - 249226 - 253
13HISHISILEILEAA259 - 302263 - 306
23HISHISILEILEBB259 - 302263 - 306
33HISHISILEILECC259 - 302263 - 306
43HISHISILEILEDD259 - 302263 - 306
53HISHISILEILEEE259 - 302263 - 306

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.292614, 0.954804, 0.052212), (-0.955566, 0.29401, -0.021259), (-0.035649, -0.043671, 0.99841)-15.79209, -24.11598, -1.05115
3given(-0.82308, 0.565941, 0.047437), (-0.567915, -0.820703, -0.062607), (0.003499, -0.078471, 0.99691)-42.961361, -16.259781, -0.08099
4given(-0.794558, -0.606913, 0.018305), (0.603663, -0.792829, -0.083748), (0.06534, -0.055493, 0.996319)-43.522221, 11.6268, 1.10254
5given(0.315198, -0.949006, -0.00615), (0.947326, 0.315014, -0.05778), (0.056771, 0.012386, 0.99831)-17.37348, 21.467569, 0.80438

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要素

#1: タンパク質
Minor capsid protein


分子量: 35574.613 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
遺伝子: MV17, Mvrk_gpp17 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: A0A1L4BKA3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.3 M NaCl, 26% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.86 Å / Num. obs: 53606 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.68 % / Biso Wilson estimate: 61.524 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 16.22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.86.6720.7213.0854460.8830.78399.6
2.8-2.96.5520.5094.3847260.9380.55399.6
2.9-36.7780.3845.9341210.9710.41699.7
3-3.26.9610.2778.1668020.9810.399.7
3.2-3.36.8010.19910.5728270.9890.21699.8
3.3-3.46.6460.15612.3124940.9910.1799.8
3.4-3.56.3760.12514.2422330.9940.13799.9
3.5-3.66.560.11215.8619730.9940.12299.9
3.6-3.86.8430.09119.0633790.9960.09999.9
3.8-46.90.07721.8327400.9970.08399.9
4-56.6110.05626.8881030.9970.06199.9
5-66.7920.05130.6636210.9970.05599.9
6-106.4090.04532.3639730.9980.049100
10-47.865.8710.03740.1111680.9960.04198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G41

6g41


解像度: 2.7→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 16.559 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.371
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2731 2681 5 %RANDOM
Rwork0.2203 ---
obs0.2229 50925 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.75 Å2 / Biso mean: 66.472 Å2 / Biso min: 34.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.43 Å20 Å2
3---4.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12381 0 0 8 12389
Biso mean---44.17 -
残基数----1507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01912726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1681.94617280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.861326942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36251512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67925.18695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.311152171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1581550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023067
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4571 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.430.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.380.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.40.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.440.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.440.5
1AMEDIUM THERMAL6.212
2BMEDIUM THERMAL4.112
3CMEDIUM THERMAL5.422
4DMEDIUM THERMAL5.932
5EMEDIUM THERMAL6.312
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 194 -
Rwork0.391 3672 -
all-3866 -
obs--99.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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