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- PDB-6g3t: X-ray structure of NSD3-PWWP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g3t
タイトルX-ray structure of NSD3-PWWP1
要素Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
キーワードONCOPROTEIN / Inhibitor / PWWP domain
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-dimethyltransferase / [histone H3]-lysine27 N-dimethyltransferase / histone H3K4 dimethyltransferase activity / histone H3K27 dimethyltransferase activity / histone H3K27 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / transcription regulator activator activity / histone H3 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / methylation ...[histone H3]-lysine4 N-dimethyltransferase / [histone H3]-lysine27 N-dimethyltransferase / histone H3K4 dimethyltransferase activity / histone H3K27 dimethyltransferase activity / histone H3K27 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / transcription regulator activator activity / histone H3 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / methylation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / : / : / NSD, Cys-His rich domain / NSD Cys-His rich domain / AWS domain ...: / : / : / : / : / : / : / NSD, Cys-His rich domain / NSD Cys-His rich domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Boettcher, J. / Muellauer, B.J. / Weiss-Puxbaum, A. / Zoephel, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Fragment-based discovery of a chemical probe for the PWWP1 domain of NSD3.
著者: Bottcher, J. / Dilworth, D. / Reiser, U. / Neumuller, R.A. / Schleicher, M. / Petronczki, M. / Zeeb, M. / Mischerikow, N. / Allali-Hassani, A. / Szewczyk, M.M. / Li, F. / Kennedy, S. / ...著者: Bottcher, J. / Dilworth, D. / Reiser, U. / Neumuller, R.A. / Schleicher, M. / Petronczki, M. / Zeeb, M. / Mischerikow, N. / Allali-Hassani, A. / Szewczyk, M.M. / Li, F. / Kennedy, S. / Vedadi, M. / Barsyte-Lovejoy, D. / Brown, P.J. / Huber, K.V.M. / Rogers, C.M. / Wells, C.I. / Fedorov, O. / Rumpel, K. / Zoephel, A. / Mayer, M. / Wunberg, T. / Bose, D. / Zahn, S. / Arnhof, H. / Berger, H. / Reiser, C. / Hormann, A. / Krammer, T. / Corcokovic, M. / Sharps, B. / Winkler, S. / Haring, D. / Cockcroft, X.L. / Fuchs, J.E. / Mullauer, B. / Weiss-Puxbaum, A. / Gerstberger, T. / Boehmelt, G. / Vakoc, C.R. / Arrowsmith, C.H. / Pearson, M. / McConnell, D.B.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
B: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
C: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
D: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6247
ポリマ－71,9094
非ポリマー7153
水2,468137
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2162
ポリマ－17,9771
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2162
ポリマ－17,9771
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9771
ポリマ－17,9771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2162
ポリマ－17,9771
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.178, 88.091, 79.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Histone-lysine N-methyltransferase NSD3 / Nuclear SET domain-containing protein 3 / Protein whistle / WHSC1-like 1 isoform 9 with ...Nuclear SET domain-containing protein 3 / Protein whistle / WHSC1-like 1 isoform 9 with methyltransferase activity to lysine / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 1-like protein 1 / WHSC1-like protein 1


分子量: 17977.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSD3, WHSC1L1, DC28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZ95, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.528→29.61 Å / Num. obs: 21054 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 54.52 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.528→2.571 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 2.342 / Num. unique obs: 3076 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 0.976 / % possible all: 69.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G3P

6g3p


解像度: 2.53→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.805 / SU R Cruickshank DPI: 0.537 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.516 / SU Rfree Blow DPI: 0.298 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.305
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1043 4.95 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 21054 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 170.52 Å2 / Biso mean: 53.46 Å2 / Biso min: 16.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1635 Å20 Å2-2.227 Å2
2---22.453 Å20 Å2
3---10.2895 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3898 0 45 137 4080
Biso mean--60.76 38.61 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1448SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes673HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4057HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion478SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4263SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4057HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5476HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.84
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3047 138 4.93 %
Rwork0.2318 2659 -
all0.2355 2797 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8030.39750.1312.23840.45011.8546-0.0171-0.0634-0.0901-0.00250.03680.06080.02260.058-0.0197-0.1180.0021-0.015-0.0821-0.0112-0.0791-1.04121.981-36.0194
23.2579-1.1732-0.6472.48290.44131.88160.03-0.06290.1759-0.0346-0.00920.0748-0.1140.1343-0.0208-0.0988-0.0051-0.0192-0.0787-0.0064-0.1058-23.593713.9322-34.4655
34.91230.3169-0.09110.4792-0.44257.50720.02830.00750.0314-0.0798-0.03420.03730.0574-0.01410.0059-0.31070.102-0.0270.2742-0.0453-0.3312-25.06546.1595-1.4177
43.62650.29090.52160.697-0.66468.51680.03110.0024-0.0970.0193-0.0099-0.0126-0.0164-0.0917-0.0212-0.3182-0.0659-0.03290.2943-0.0493-0.335-2.44228.648211.0882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A266 - 397
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B266 - 395
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C266 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D266 - 394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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