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万見
- PDB-6g38: Crystal structure of haspin in complex with tubercidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g38
タイトルCrystal structure of haspin in complex with tubercidin
要素Serine/threonine-protein kinase haspin
キーワードTRANSFERASE / kinase / inhibitors / slow off-rate / kinetics / halogen / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / mitotic cell cycle / chromosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction ...histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / mitotic cell cycle / chromosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-TBN / Serine/threonine-protein kinase haspin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Heroven, C. / Chaikuad, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Halogen-Aromatic pi Interactions Modulate Inhibitor Residence Times.
著者: Heroven, C. / Georgi, V. / Ganotra, G.K. / Brennan, P. / Wolfreys, F. / Wade, R.C. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Chaikuad, A. / Knapp, S.
履歴
登録2018年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase haspin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3895
ポリマ－40,7111
非ポリマー6784
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.560, 78.760, 80.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase haspin / Germ cell-specific gene 2 protein / H-haspin / Haploid germ cell-specific nuclear protein kinase


分子量: 40711.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HASPIN, GSG2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q8TF76, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 273分子

#2: 化合物 ChemComp-TBN / '2-(4-AMINO-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / 7-DEAZAADENOSINE / ツベルシジン


分子量: 266.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N4O4
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 51-63% MPD and 0.1M SPG buffer, pH 6.0-6.5 / PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→24.05 Å / Num. obs: 92144 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4423 / CC1/2: 0.379 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OUC

4ouc


解像度: 1.47→24.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.797 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16544 4169 4.9 %RANDOM
Rwork0.14326 ---
obs0.14437 80839 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→24.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2579 0 43 269 2891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.9613662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96735873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3915334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71124.31116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.95715469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0861511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6711.8471315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5831314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9492.7731646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9492.7731646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6012.1941386
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.512.1871382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9023.1582007
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.0243198
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.0243199
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.67932658
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.88252599
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 253 -
Rwork0.253 5984 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05780.0086-0.00190.1385-0.05340.08550.0027-0.004-0.00660.004-0.00090.00410.0074-0.0002-0.00180.00170.0017-0.00010.01270.00060.00943.135744.309215.5981
20.14110.0154-0.01120.1210.01230.1068-0.00110.00640.0005-0.00640.0034-0.014-0.00230.0146-0.00230.00260.00050.00430.0157-0.00080.007758.464158.82143.2821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2A167 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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