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- PDB-6g21: Crystal structure of an esterase from Aspergillus oryzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g21
タイトルCrystal structure of an esterase from Aspergillus oryzae
要素Probable feruloyl esterase B-2
キーワードHYDROLASE / esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


feruloyl esterase / feruloyl esterase activity / xylan catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / Probable feruloyl esterase B-2
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Moroz, O.V. / Blagova, E. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an esterase from Aspergillus oryzae
著者: Moroz, O.V. / Blagova, E. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable feruloyl esterase B-2
B: Probable feruloyl esterase B-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,10920
ポリマ－111,7162
非ポリマー3,39318
水7,855436
1
A: Probable feruloyl esterase B-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,81511
ポリマ－55,8581
非ポリマー1,95710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable feruloyl esterase B-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2949
ポリマ－55,8581
非ポリマー1,4368
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.472, 119.472, 142.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 507 / Label seq-ID: 4 - 507

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable feruloyl esterase B-2 / Ferulic acid esterase B-2 / FAEB-2


分子量: 55858.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (strain ATCC 42149 / RIB 40) (米麹菌)
株: ATCC 42149 / RIB 40 / 遺伝子: faeB-2, AO090001000582 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q2UMX6, feruloyl esterase

-
糖 , 2種, 11分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 443分子

#4: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6353.31
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.5ammonium sulphate, Tris buffer
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法lithium sulphate, tris buffer,CRYSTALS SOAKED IN 5mM KPTCL4CRYSTALS SOAKED IN 5mM KPTCL4

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I04-110.92
シンクロトロンDiamond I0421.072
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2012年5月28日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2012年10月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
21.0721
反射

Entry-ID: 6G21 / % possible obs: 100 %

解像度 (Å)Num. obs冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)CC1/2
2.1-37.726732618.524.80.099125.6
2.7-59.3735874411.40.09223.40.996
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.1-2.1519.20.744.845090.930.250.781100
2.7-2.7711.53.522990.8622

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→37.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.811 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19429 3246 4.8 %RANDOM
Rwork0.15385 ---
obs0.15584 64050 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→37.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7777 0 213 436 8426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0198235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.96711238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.916316473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69551010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36824.483377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.281151203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6711534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3292.9444040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3292.9444039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0834.3995050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0834.45051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0143.2644195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9823.2584184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3234.7996171
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.28735.4269406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.26335.3639349
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16667 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 270 -
Rwork0.182 4681 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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