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- PDB-6g20: Crystal structure of a fluorescence optimized bathy phytochrome P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g20
タイトルCrystal structure of a fluorescence optimized bathy phytochrome PAiRFP2 derived from wild-type Agp2 in its functional Meta-F intermediate state.
要素Bacteriophytochrome protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / PHYTOCHROME / BACTERIOPHYTOCHROME / BILIN CHROMOPHORE / PHOTOISOMERIZATION / SIGNAL TRANSDUCTION / META-F STATE / LIGHT ADAPTATION / BATHY PHYTOCHROME / PHOTOSENSORY CORE MODULE / OPTOGENETIC / FLOURESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region ...Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EL5 / Chem-ETE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Schmidt, A. / Sauthof, L. / Szczepek, M. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
SFB1078 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural snapshot of a bacterial phytochrome in its functional intermediate state.
著者: Schmidt, A. / Sauthof, L. / Szczepek, M. / Lopez, M.F. / Escobar, F.V. / Qureshi, B.M. / Michael, N. / Buhrke, D. / Stevens, T. / Kwiatkowski, D. / von Stetten, D. / Mroginski, M.A. / Krauss, ...著者: Schmidt, A. / Sauthof, L. / Szczepek, M. / Lopez, M.F. / Escobar, F.V. / Qureshi, B.M. / Michael, N. / Buhrke, D. / Stevens, T. / Kwiatkowski, D. / von Stetten, D. / Mroginski, M.A. / Krauss, N. / Lamparter, T. / Hildebrandt, P. / Scheerer, P.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年5月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome protein
B: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,71436
ポリマ－113,3572
非ポリマー4,35734
水5,603311
1
A: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,100108
ポリマ－340,0726
非ポリマー13,028102
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area48710 Å2
ΔGint-1036 kcal/mol
Surface area114330 Å2
手法PISA
2
B: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,184108
ポリマ－340,0726
非ポリマー13,113102
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area45600 Å2
ΔGint-922 kcal/mol
Surface area120800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.114, 183.114, 179.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

SO4

21A-602-

SO4

31A-610-

SO4

41A-610-

SO4

51B-602-

SO4

61B-602-

SO4

71B-609-

SO4

81B-609-

SO4

91B-611-

SO4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome protein


分子量: 56678.590 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
遺伝子: SY94_2021 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CI81

-
非ポリマー , 8種, 345分子

#2: 化合物 ChemComp-EL5 / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / biliverdin, bound form at Pfr state


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#8: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.5 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 279K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→47.79 Å / Num. obs: 95000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 20 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 13679 / CC1/2: 0.672 / Rpim(I) all: 0.409 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G1Z

6g1z


解像度: 2.16→158.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 12.027 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23225 4842 5.1 %RANDOM
Rwork0.20905 ---
obs0.2102 90118 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å21.01 Å20 Å2
2--2.01 Å2-0 Å2
3----6.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.16→158.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7512 0 262 311 8085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.028115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0150.0217726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4682.01411047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8353.01617721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48951017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.45722.486358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.358151318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9681579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4232.3963924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.422.3953923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4273.5724906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4263.5744907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8622.8164191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8622.8174192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0234.1096112
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.96119.8158940
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.96119.8218941
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 364 -
Rwork0.299 6572 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2992-0.521-0.36531.33760.80071.36130.11440.0986-0.0893-0.0408-0.0431-0.03110.04520.1318-0.07130.01940.0218-0.05510.038-0.00310.65617.27-39.036-28.044
20.4778-0.3271-0.49690.28660.3991.2387-0.0326-0.0023-0.06860.0058-0.00370.0999-0.0128-0.07060.03630.00810.0040.01350.008-0.01570.825456.561-49.697-32.852
30.1881-0.0338-0.19391.22490.45390.7872-0.0181-0.0491-0.0050.07980.09290.03990.06440.0082-0.07480.0336-0.0054-0.03750.04480.02070.7122-2.713-28.67912.074
400000000000000-00.6487000.648700.6487000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3A307 - 506
4X-RAY DIFFRACTION4B307 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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