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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g1q | ||||||
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タイトル | ADP-ribosylserine hydrolase ARH3 of Latimeria chalumnae in complex with ADP-ribose | ||||||
![]() | ADP-ribosylhydrolase like 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ADP-ribosylation / ADP-ribose / ADPRHL2 / ADP-ribosylhydrolase like 2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidyl-serine ADP-deribosylation / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / chromosome / mitochondrial matrix / DNA repair / magnesium ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ariza, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: (ADP-ribosyl)hydrolases: Structural Basis for Differential Substrate Recognition and Inhibition. 著者: Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Drown, B.S. / Henfrey, C. / Bartlett, E. / Shirai, T. / Hergenrother, P.J. / Ahel, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 276 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 223.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 353 / Label seq-ID: 1 - 347
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38289.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ADPRHL2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 200 mM ammonium acetate, 21 % PEG4000, 100 mM citrate pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→55.16 Å / Num. obs: 41057 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3339 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.974 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2FOZ 解像度: 2.1→55.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 24.662 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.126 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→55.16 Å
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拘束条件 |
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