PDB-6g1f: Crystal structure of D-phenylglycine aninotransferase (D-PhgAT) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g1f

タイトル

Crystal structure of D-phenylglycine aninotransferase (D-PhgAT) from Pseudomonas stutzeri with PLP internal aldimine

要素

D-phenylglycine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / aminotransferase / PLP / phenylglycine

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas stutzeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.248 Å

データ登録者

Serpico, A. / Marles-Wright, J. / Campopiano, D.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2020
タイトル: D-Phenylglycine aminotransferase (D-PhgAT) – substrate scope and structural insights of a stereo-inverting biocatalyst used in the preparation of aromatic amino acids
著者: Serpico, A. / De Cesare, S. / Marles-Wright, J. / Kalim Akhtar, M. / Loake, G.J. / Campopiano, D.J.

履歴

登録	2018年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6g1f.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6g1f_validation.pdf.gz	488.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g1f_full_validation.pdf.gz	523.9 KB	表示
XML形式データ	6g1f_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	6g1f_validation.cif.gz	122 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/6g1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/6g1f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2cy8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ykv-1 2ykx-2 2yky-2 2yky-1 5ztx-d 2yku-2 6iz9-d 4ao4-1 2cy8-2 4ao4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.1059413 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-phenylglycine aminotransferase

B: D-phenylglycine aminotransferase

C: D-phenylglycine aminotransferase

D: D-phenylglycine aminotransferase

E: D-phenylglycine aminotransferase

F: D-phenylglycine aminotransferase

303 kDa, 6 ポリマー
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1

A: D-phenylglycine aminotransferase

C: D-phenylglycine aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein elutes as dimer from S200 gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
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2

B: D-phenylglycine aminotransferase

D: D-phenylglycine aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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3

E: D-phenylglycine aminotransferase

F: D-phenylglycine aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	329.280, 83.900, 133.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	D-phenylglycine aminotransferase 分子量: 50536.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Internal PLP aldimine at residue 280 由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) 遺伝子: dpgA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VY99
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: Yellow crystals, indicating the presence of PLP, were produced by adding 1 uL of 9.1 mg/ml D-PhgAT in 0.1 M CAPS, pH 9.5, 150 mM NaCl, 50 uM PLP to 1 yL of 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.2 M ...詳細: Yellow crystals, indicating the presence of PLP, were produced by adding 1 uL of 9.1 mg/ml D-PhgAT in 0.1 M CAPS, pH 9.5, 150 mM NaCl, 50 uM PLP to 1 yL of 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 10 % (w/v) polyethylene glycol 8000.

結晶

マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.29 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Yellow crystals, indicating the presence of PLP, were produced by adding 1 uL of 9.1 mg/ml D-PhgAT in 0.1 M CAPS, pH 9.5, 150 mM NaCl, 50 uM PLP to 1 yL of 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.2 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.248→49.47 Å / Num. obs: 160811 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 49.98 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.248→2.28 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7687 / CC_1/2: 0.562 / R_pim(I) all: 0.602 / R_rim(I) all: 0.895 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CY8

2cy8

解像度: 2.248→49.466 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	8144	5.07 %
R_work	0.1828	-	-
obs	0.1843	160770	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.248→49.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20233	0	0	409	20642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	20690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.543	28053
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.211	12100
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	3079
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3699

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2482-2.2737	0.3253	246	0.3147	4861	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2737-2.3005	0.3127	280	0.2834	5037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3005-2.3285	0.3014	256	0.2676	5117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3285-2.358	0.2899	261	0.2556	5016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.358-2.389	0.2826	269	0.2541	5114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.389-2.4218	0.2779	238	0.2436	5040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4218-2.4564	0.2756	265	0.2243	5115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4564-2.493	0.2537	248	0.2143	5082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.493-2.532	0.2355	271	0.2119	5062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.532-2.5735	0.2517	270	0.2053	5065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5735-2.6179	0.2342	290	0.2016	5076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6179-2.6655	0.2356	269	0.1986	5031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6655-2.7167	0.2263	279	0.1974	5100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7167-2.7722	0.226	279	0.2036	5064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7722-2.8325	0.2194	263	0.2057	5065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8325-2.8983	0.2303	275	0.2018	5110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8983-2.9708	0.2554	245	0.2015	5098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9708-3.0511	0.2472	273	0.2088	5068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0511-3.1409	0.2449	279	0.2058	5109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1409-3.2423	0.2412	290	0.215	5079	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2423-3.3581	0.2412	286	0.2117	5078	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3581-3.4925	0.2495	259	0.198	5115	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4925-3.6514	0.2142	278	0.1802	5095	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6514-3.8439	0.2024	271	0.1685	5105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8439-4.0846	0.171	294	0.1548	5048	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0846-4.3998	0.176	308	0.1493	5134	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3998-4.8422	0.1646	302	0.1428	5093	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8422-5.5421	0.1889	252	0.1556	5166	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5421-6.9793	0.2138	270	0.178	5201	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9793-49.4777	0.1674	278	0.1574	5282	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9899	0.286	-0.818	0.26	0.2009	1.4476	-0.0293	0.4843	-0.0302	0.1596	0.0952	0.0714	0.2769	-0.2847	0.0001	0.3997	0.0242	0.0219	0.5683	0.0563	0.4696	49.0122	-1.4383	34.2132
2	1.8384	-0.4362	-0.2189	1.6451	-0.3542	0.8651	0.0314	-0.0471	-0.2617	-0.0593	0.0431	0.1531	0.1032	-0.0515	-0	0.4684	-0.0343	-0.0199	0.3976	0.0083	0.4621	76.1692	-13.5731	44.3338
3	0.9984	-0.5315	-0.6623	0.8512	0.0477	0.5674	0.0569	-0.612	-0.4067	0.2024	-0.1441	-0.055	0.0888	0.0903	0.0001	0.4669	-0.0769	0.031	0.458	0.0454	0.4418	54.0209	-11.5553	58.9569
4	1.0631	-0.5964	-0.6617	1.1779	0.2114	0.5027	0.0433	0.0951	0.2874	0.1518	-0.0105	0.1483	-0.0482	-0.017	0	0.4601	-0.0321	0.0378	0.5	-0.0308	0.5228	46.9031	-4.2023	50.7515
5	0.6554	-0.2808	-0.2074	1.3324	0.7637	0.385	-0.0313	-0.0682	-0.0532	0.06	-0.01	0.055	-0.0362	-0.0732	0	0.4271	-0.0057	0.0119	0.4	-0.001	0.5133	89.1132	27.1996	61.0169
6	1.2566	0.67	-0.6649	1.23	0.5531	1.1567	-0.041	0.2124	0.1494	-0.1279	0.2157	-0.136	-0.2635	-0.1248	0	0.4258	0.0406	-0.0211	0.5029	-0.0387	0.5376	115.0899	37.6353	66.4852
7	0.3863	0.7674	0.0685	1.5733	-0.0978	1.1421	-0.0258	0.487	-0.0518	-0.5658	0.0707	-0.0718	-0.1791	-0.1505	-0	0.7089	-0.0892	0.1266	0.7177	-0.1254	0.7203	121.8154	42.0274	45.3903
8	1.3411	0.5663	-0.2552	1.6164	-0.1427	1.2526	-0.0577	0.0153	0.0299	0.023	0.2148	-0.408	-0.0237	0.2492	0.0001	0.3616	0.0313	-0.0283	0.4749	-0.0932	0.5053	121.5743	34.7512	64.4469
9	0.9039	0.4736	-0.2557	0.756	0.4911	0.9806	-0.1396	0.1866	-0.2301	-0.0233	0.3169	-0.3244	-0.0148	0.4888	0	0.4114	0.019	0.0394	0.4064	-0.0955	0.4914	111.0837	14.8272	50.231
10	0.7545	0.1232	-0.5519	0.5465	0.6243	1.2188	-0.169	-0.3327	-0.2116	0.2279	-0.0408	-0.1332	0.3282	-0.0288	-0.0014	0.3903	-0.0161	-0.0044	0.2706	-0.0321	0.5076	98.5625	15.0067	55.1639
11	1.3731	0.728	-0.7944	0.3109	-0.0082	2.2558	-0.0694	0.1424	0.0168	-0.0568	0.104	-0.1594	0.046	0.3549	-0	0.4281	-0.0537	0.0282	0.408	-0.0119	0.4212	95.6644	3.5949	31.3838
12	2.0545	0.9766	-0.4018	1.7465	0.5611	1.3035	-0.1042	0.4373	-0.1072	0.0455	0.2253	-0.1451	0.1937	-0.0452	-0.0001	0.5701	-0.0521	-0.0317	0.6171	0.006	0.4873	71.1309	-8.4837	23.4754
13	2.0906	0.1642	-0.5217	2.6598	0.2816	1.5365	-0.1177	0.5037	-0.2862	-0.1614	0.1523	-0.0097	0.226	-0.203	0.0049	0.4754	-0.1177	-0.0153	0.6047	-0.1127	0.4103	71.8288	-15.4705	16.6639
14	1.5333	0.2502	-0.9968	0.4565	-0.0049	0.56	-0.3486	0.99	-0.5727	-0.2217	0.2521	0.0075	0.1269	-0.0967	-0.0182	0.5665	-0.1153	0.0653	0.7728	-0.1195	0.4076	92.3427	-4.6709	5.4159
15	0.3357	0.4331	-0.1216	0.8831	0.34	0.9136	0.0428	0.6207	0.2173	-0.3116	0.1462	0.005	-0.0739	0.0296	-0.0001	0.57	-0.0701	0.0592	0.7121	0.0489	0.5335	97.629	3.3742	14.9058
16	0.979	-0.5469	0.0313	1.191	0.7996	0.6688	0.0286	-0.2769	0.1159	0.2928	0.1408	-0.1986	-0.2381	-0.0409	0.0001	0.5844	0.0645	-0.1482	0.5197	-0.1245	0.4532	120.4516	48.7674	89.0593
17	0.3331	0.2227	0.4769	1.2995	-0.2889	0.694	-0.0673	-0.0277	0.024	0.0171	0.0431	0.0497	0.0738	0.0309	0	0.4107	0.0614	0.0103	0.4011	-0.0165	0.4255	96.9805	44.0374	70.6647
18	0.3413	0.2194	-0.2843	0.5992	-0.1084	0.234	-0.0662	-0.0491	-0.0155	0.2598	0.1005	-0.935	-0.0726	0.8102	-0.0004	0.7313	-0.0118	-0.0896	0.7849	-0.0116	0.8991	111.3787	60.3771	61.2004
19	1.5428	0.2406	0.0686	1.5666	-0.4096	1.9623	-0.0629	-0.0695	0.2653	0.0726	0.0613	-0.003	-0.2463	0.126	-0	0.3982	0.0184	-0.0166	0.3131	-0.0285	0.4193	99.5654	57.4017	63.6343
20	1.1181	0.117	0.2703	0.5515	-0.2138	0.2595	-0.233	-0.5301	0.3959	0.0909	0.0356	0.1597	-0.4272	-0.2334	-0.0447	0.666	0.0746	-0.0457	0.4884	-0.1922	0.5272	105.0028	70.8812	85.1228
21	0.3148	0.1215	0.4804	1.3685	-0.0967	0.9042	0.0355	-0.3714	0.0928	0.5911	0.119	-0.0036	-0.1132	-0.3153	0.0491	0.5916	0.1041	-0.0886	0.588	-0.2039	0.4091	112.016	62.4422	92.9339
22	0.516	0.5568	0.5226	1.5204	1.0064	0.6986	-0.0482	0.2844	-0.227	0.1388	0.073	-0.5987	0.0862	0.3648	0.0002	0.6428	0.0629	-0.0776	0.72	0.0418	0.9252	154.1534	13.1392	22.5869
23	1.1362	0.471	0.3686	1.9428	0.4382	1.91	-0.2495	0.3952	0.0103	-0.3957	-0.0643	-0.1503	-0.2667	0.0715	0	0.6327	-0.0655	-0.0092	0.8557	0.0329	0.6574	132.2245	21.9958	3.0211
24	1.0741	0.8809	0.0998	1.2587	0.5385	0.4316	-0.2089	0.2765	-0.2366	-0.2775	-0.1806	0.1046	0.2393	-0.1506	-0.0335	0.5386	-0.0413	-0.0147	0.7239	-0.0697	0.5596	125.5171	16.7678	5.5788
25	0.6758	0.5226	0.6198	0.8297	0.1607	0.5715	-0.3027	-0.2005	0.3669	-0.011	-0.1524	0.2879	-0.2797	-0.1965	-0.0849	0.53	0.0052	-0.1311	0.4772	0.0364	0.5488	139.3255	35.9077	23.1977
26	0.6914	0.8673	-0.0064	0.9854	0.128	0.8554	0.2107	-0.1404	-0.3557	0.3609	-0.0873	-0.1866	0.0761	0.071	0	0.5133	-0.0086	-0.1122	0.5667	0.0195	0.5476	147.1324	26.5368	29.1101
27	0.9285	-0.0187	-0.0899	1.3413	0.7433	0.5483	-0.1768	0.5449	-0.2083	-0.1908	0.0058	-0.1464	0.3468	-0.2751	-0.0012	0.801	-0.2441	0.2108	0.9729	-0.233	0.7588	117.4605	-5.8281	0.3959
28	1.6924	0.2891	-0.3324	1.0724	0.8395	1.8098	-0.1492	0.4878	0.0241	0.0293	-0.0344	-0.2666	0.168	0.1721	0	0.6796	-0.0025	0.1241	0.8332	0.0006	0.9629	145.314	2.782	3.509
29	0.1456	0.2537	-0.1964	0.449	-0.3937	0.2688	0.0492	0.0267	0.1765	-0.5586	-0.537	0.7285	-0.6789	-0.5185	-0.0001	1.1086	-0.0945	0.1297	1.3749	-0.026	1.1719	139.3513	10.0306	-18.7471
30	0.2364	-0.1751	0.1357	1.3254	0.9806	1.1695	0.0323	0.5479	-0.0704	-0.3628	-0.0464	-0.2518	0.1412	0.3655	-0.0001	0.7454	0.0285	0.251	1.1275	0.0175	0.9399	151.1839	0.3273	-9.8263
31	0.5419	0.6639	-0.1131	0.9839	-0.3333	0.8606	0.0117	0.208	-0.1631	-0.1525	-0.1137	-0.6593	0.1932	0.3737	-0.3564	0.7367	0.0805	0.2244	0.7798	-0.0908	0.8834	143.8024	-7.4004	1.6402
32	0.7727	0.8134	0.3051	1.1546	0.0894	0.4509	-0.1062	0.4137	-0.4893	-0.2369	-0.2287	-0.1201	0.6567	0.2746	-0.0941	0.8688	-0.0979	0.2684	0.8897	-0.2779	0.7646	129.3966	-17.0881	-11.8738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 325 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 326 through 386 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 387 through 443 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 60 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 61 through 165 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 166 through 208 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 209 through 325 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 326 through 386 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 387 through 441 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 2 through 60 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 61 through 165 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 166 through 325 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 326 through 386 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 387 through 441 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 60 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 61 through 137 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 138 through 165 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 166 through 325 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 326 through 386 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 387 through 441 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1 through 60 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 61 through 233 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 234 through 325 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 326 through 386 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 387 through 441 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 1 through 60 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 61 through 153 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 154 through 187 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 188 through 290 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 291 through 348 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 349 through 438 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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