PDB-6g0z: Crystal structure of GDP bound RbgA from S. aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g0z

タイトル

Crystal structure of GDP bound RbgA from S. aureus

要素

Ribosome biogenesis GTPase A

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / cpGTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

translation / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Pausch, P. / Bange, G.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for (p)ppGpp-mediated inhibition of the GTPase RbgA.
著者: Pausch, P. / Steinchen, W. / Wieland, M. / Klaus, T. / Freibert, S.A. / Altegoer, F. / Wilson, D.N. / Bange, G.

履歴

登録	2018年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g0z.cif.gz	250.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g0z.ent.gz	204.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g0z_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g0z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6g0z_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	6g0z_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/6g0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/6g0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g12C 6g14C 6g15C 1pujS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g12-2 6g15-2 6g12-1 6g15-1 6omn-2 3hun-1 3doi-3 5tw8-1 1vrl-d 3g8l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Ribosome biogenesis GTPase A

A: Ribosome biogenesis GTPase A

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribosome biogenesis GTPase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribosome biogenesis GTPase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.932, 77.812, 124.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ribosome biogenesis GTPase A 分子量: 34316.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌) 株: USA300 / 遺伝子: SAUSA300_1136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2XK72
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 35% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→48.65 Å / Num. obs: 73381 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 2.45
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PUJ

1puj

解像度: 2.15→48.649 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	3600	4.91 %
R_work	0.1822	-	-
obs	0.1839	73381	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.649 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4636	0	56	297	4989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.212	6441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.191	1819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	711
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	812

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.1783	0.3145	151	0.2843	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1783-2.2081	0.2827	129	0.2673	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2081-2.2397	0.2981	138	0.2613	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2397-2.2731	0.2735	133	0.2433	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2731-2.3086	0.3362	131	0.2414	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3086-2.3465	0.242	156	0.2367	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3465-2.3869	0.2809	136	0.2338	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3869-2.4303	0.2631	144	0.2272	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4303-2.4771	0.2423	140	0.2124	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4771-2.5276	0.2146	144	0.2065	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5276-2.5826	0.256	141	0.2033	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5826-2.6427	0.2577	154	0.2017	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6427-2.7088	0.2617	154	0.2016	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7088-2.782	0.2169	163	0.1901	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.782-2.8638	0.2321	147	0.1804	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8638-2.9563	0.2697	143	0.1906	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9563-3.0619	0.2726	139	0.1833	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0619-3.1845	0.2096	135	0.1953	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1845-3.3294	0.2237	91	0.1929	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3294-3.5049	0.2245	142	0.1803	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5049-3.7244	0.2283	122	0.1697	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7244-4.0118	0.2232	123	0.1547	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0118-4.4153	0.1736	132	0.1433	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4153-5.0536	0.1597	150	0.1423	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0536-6.3648	0.1864	140	0.1746	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3648-48.6611	0.1585	122	0.1549	2690	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3416	0.8786	-1.491	1.1861	-0.3897	1.8137	0.2193	-0.6337	0.0669	0.0474	-0.1921	0.0776	-0.0244	0.1554	0.001	0.1883	-0.005	-0.0318	0.1912	-0.012	0.1312	-45.6589	33.5225	138.4104
2	3.9798	0.7785	-1.8234	1.0615	-0.3215	1.9928	0.2233	-0.5286	0.0488	-0.0045	-0.0976	0.0598	-0.0012	0.089	0.0092	0.2078	-0.0247	-0.0319	0.1764	0.0511	0.1445	-45.5613	73.1168	144.2118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resseq 2:292)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 2:292)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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