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万見
- PDB-6g0k: Crystal structure of Enterococcus faecium D63r Penicillin-Binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g0k
タイトルCrystal structure of Enterococcus faecium D63r Penicillin-Binding protein 5 (PBP5fm)
要素Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)
キーワードANTIBIOTIC / penicillin-binding / ceftobiprole / Enterococcus faecium / Antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily ...NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sauvage, E. / El Gachi, M. / Herman, R. / Kerff, F. / Charlier, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of inactivation of Enterococcus faecium penicillin binding protein 5 by ceftobiprole.
著者: Sauvage, E. / El Gachi, M. / Kerff, F. / Herman, R. / Verlaine, O. / Amoroso, A. / Page, M.G.P. / Joris, B. / Charlier, P.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)
B: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)
C: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,24924
ポリマ－212,2313
非ポリマー2,01721
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area79890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.842, 128.852, 236.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)


分子量: 70743.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Enterococcus faecium (バクテリア) / 株 (発現宿主): D63r / 参照: UniProt: Q47759
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals were grown at 20C by mixing 1microL of PBP5fm (48 mg/ml), 2microL of reservoir (20% PEG8000 (w/v), 0.4 M Li2SO4 and ...詳細: Crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals were grown at 20C by mixing 1microL of PBP5fm (48 mg/ml), 2microL of reservoir (20% PEG8000 (w/v), 0.4 M Li2SO4 and 100 mM Na acetate at pH 4.5) and 0.5 microL of 0.1M ceftobiprole (kind gift of Basilea Pharmaceutica. The crystal was cryoprotected in the same buffer containing 20 % (v/v) glycerol. Crystals were soaked for 5 min in 1 microl of 0.1 M ceftobiprole before cryoprotection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.142 Å / Num. obs: 52908 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7679 / Rpim(I) all: 0.481 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47.142 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 2689 5.08 %
Rwork0.1982 --
obs0.2007 52887 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14030 0 105 0 14135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01614312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.419367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9048681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.95270.31591240.26422638X-RAY DIFFRACTION100
2.9527-3.00950.31531300.26592625X-RAY DIFFRACTION100
3.0095-3.07090.27941350.26052656X-RAY DIFFRACTION100
3.0709-3.13770.29541320.2512610X-RAY DIFFRACTION100
3.1377-3.21070.29091260.25542650X-RAY DIFFRACTION100
3.2107-3.2910.31311470.2552653X-RAY DIFFRACTION100
3.291-3.37990.28151500.24092590X-RAY DIFFRACTION100
3.3799-3.47930.28561410.22372682X-RAY DIFFRACTION100
3.4793-3.59160.2591430.21322620X-RAY DIFFRACTION100
3.5916-3.71990.26841300.20272598X-RAY DIFFRACTION100
3.7199-3.86880.22171540.19432650X-RAY DIFFRACTION100
3.8688-4.04480.23621550.18572607X-RAY DIFFRACTION100
4.0448-4.25790.21471410.16912657X-RAY DIFFRACTION100
4.2579-4.52450.22871430.15892655X-RAY DIFFRACTION100
4.5245-4.87350.21121720.15682590X-RAY DIFFRACTION100
4.8735-5.36330.19721450.16232680X-RAY DIFFRACTION100
5.3633-6.13790.21571390.18542654X-RAY DIFFRACTION100
6.1379-7.72760.26111410.18822656X-RAY DIFFRACTION100
7.7276-47.14790.23881410.18062727X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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