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- PDB-6g0c: Crystal structure of SdeA catalytic core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g0c
タイトルCrystal structure of SdeA catalytic core
要素Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
キーワードHYDROLASE / ubiquitination SdeA
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / cysteine-type peptidase activity / nucleotidyltransferase activity / host cell ...NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / cysteine-type peptidase activity / nucleotidyltransferase activity / host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / protein ubiquitination / nucleotide binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SidE, DUB domain / SidE, mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE DUB domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Kalayil, S. / Bhogaraju, S. / Basquin, J. / Dikic, I.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 1177 ドイツ
ERC742720 ドイツ
German Research FoundationSPP 1580 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Insights into catalysis and function of phosphoribosyl-linked serine ubiquitination.
著者: Kalayil, S. / Bhogaraju, S. / Bonn, F. / Shin, D. / Liu, Y. / Gan, N. / Basquin, J. / Grumati, P. / Luo, Z.Q. / Dikic, I.
履歴
登録2018年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3665
ポリマ－78,9791
非ポリマー3874
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area30290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.721, 80.824, 86.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA / Effector protein SdeA


分子量: 78978.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: sdeA, lpg2157 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZTK4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 転移酵素; アシル基を移すもの; ...参照: UniProt: Q5ZTK4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS


分子量: 201.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 100mM Bis Tris Propane pH 7.0-8.0, 0.1-0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20-30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.802→44.216 Å / Num. obs: 43693 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 13.03
反射 シェル解像度: 2.802→2.902 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: It was solved by MR on a crude model from experimental phasing experiment (data not deposited)

解像度: 2.802→44.216 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 35.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2932 2199 5.03 %
Rwork0.2578 --
obs0.2597 43693 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→44.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4838 0 25 0 4863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5056717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5182958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003880
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8018-2.86270.41551270.45712351X-RAY DIFFRACTION92
2.8627-2.92930.38631380.40562610X-RAY DIFFRACTION100
2.9293-3.00250.3861410.38492618X-RAY DIFFRACTION99
3.0025-3.08370.38221410.36222639X-RAY DIFFRACTION100
3.0837-3.17440.35191360.35772581X-RAY DIFFRACTION100
3.1744-3.27690.40751360.33952619X-RAY DIFFRACTION100
3.2769-3.39390.34721380.30232634X-RAY DIFFRACTION100
3.3939-3.52980.33991340.28522596X-RAY DIFFRACTION100
3.5298-3.69030.34721410.28562623X-RAY DIFFRACTION100
3.6903-3.88480.30241370.2622579X-RAY DIFFRACTION100
3.8848-4.1280.2761390.24192626X-RAY DIFFRACTION100
4.128-4.44650.26961360.22262591X-RAY DIFFRACTION100
4.4465-4.89340.22471370.20152604X-RAY DIFFRACTION100
4.8934-5.60030.24151390.21532621X-RAY DIFFRACTION100
5.6003-7.05120.31561410.23992618X-RAY DIFFRACTION100
7.0512-44.22170.22461380.19622584X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92430.1906-0.81223.0586-0.45044.1816-0.1068-0.0299-0.0732-0.24870.0102-0.27030.40070.15520.07210.5986-0.0356-0.11050.3132-0.04550.5004-35.8783-42.42994.3208
23.6650.73511.28396.15791.22254.8527-0.13180.3287-0.4097-0.5817-0.22150.56430.5368-0.80950.29590.5696-0.1304-0.02770.5513-0.07730.4698-55.7819-44.29133.662
32.28270.36090.12223.61120.13032.6525-0.00230.0861-0.0235-0.1517-0.19080.61330.1589-0.64960.19560.61910.0575-0.11750.6439-0.0520.496-58.1865-42.9564-1.31
42.1024-1.48620.3071.0557-0.25010.4342-0.25610.2380.1033-0.27680.2340.2443-0.41380.0414-0.00741.39790.0009-0.32781.01850.03370.7397-74.0043-2.743116.9704
55.36280.96491.93445.65820.34236.6198-0.20640.37010.51380.1587-0.1107-0.5163-0.85890.63790.30690.8462-0.0747-0.15580.69140.12360.4948-66.15398.838524.6663
63.56231.6541.1665.48942.36924.8271-0.3558-0.62110.20760.3810.1563-0.2053-0.1448-0.46470.10080.8470.1434-0.04660.7199-0.02910.5139-48.6005-38.060130.9949
71.03160.5392.38542.59983.14097.2316-1.10950.39180.3153-0.23090.43050.2903-0.34450.47730.78461.10940.1009-0.22750.7764-0.01680.5588-42.8811-26.482835.226
88.55831.21654.86085.96691.36375.6647-0.575-0.75430.96130.63340.2631-0.0056-0.557-0.27890.36511.01190.1182-0.14550.6923-0.07260.4634-45.6291-31.37434.126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 222:413)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 414:465)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 466:582)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 583:632)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 633:756)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 757:795)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 796:829)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 830:901)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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