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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g01 | |||||||||
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タイトル | Complex of neuraminidase from H1N1 influenza virus with tamiphosphor monomethyl ester | |||||||||
![]() | Neuraminidase | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / neuraminidase / influenza / complex / inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pachl, P. / Pokorna, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA-linked inhibitor antibody assay (DIANA) as a new method for screening influenza neuraminidase inhibitors. 著者: Kozisek, M. / Navratil, V. / Rojikova, K. / Pokorna, J. / Berenguer Albinana, C. / Pachl, P. / Zemanova, J. / Machara, A. / Sacha, P. / Hudlicky, J. / Cisarova, I. / Rezacova, P. / Konvalinka, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42598.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-468 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C6KP13, exo-alpha-sialidase |
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-糖 , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 837分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EEW.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EEW.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.75, 5% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→44.89 Å / Num. obs: 121339 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.13 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 10.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.71 Å / 冗長度: 2.79 % / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique obs: 19127 / CC1/2: 0.758 / Rrim(I) all: 0.645 / % possible all: 96.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.52
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.716 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.61→44.89 Å
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拘束条件 |
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