ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
PHENIX | (1.13_2998: ???)精密化 | xia2 | | データ削減 | xia2 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.499→44.113 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.15 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.2699 | 820 | 5.13 % |
---|
Rwork | 0.2314 | - | - |
---|
obs | 0.2338 | 15977 | 98.33 % |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.499→44.113 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 0 | 1013 | 35 | 13 | 1061 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.002 | 1165 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.601 | 1809 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.149 | 576 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.024 | 242 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 49 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
---|
2.4989-2.6555 | 0.4444 | 142 | 0.4438 | 2420 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 2.6555-2.8604 | 0.4376 | 140 | 0.3895 | 2497 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.8604-3.1482 | 0.3286 | 140 | 0.281 | 2543 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.1482-3.6036 | 0.1943 | 140 | 0.2079 | 2531 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.6036-4.5394 | 0.2306 | 127 | 0.1951 | 2581 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.5394-44.1196 | 0.2736 | 131 | 0.214 | 2585 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 3.9654 | 2.8014 | 0.2811 | 2.4014 | 0.6881 | 3.4734 | -0.1018 | 0.7463 | -0.7072 | -0.4379 | 0.5516 | -1.2395 | 0.378 | -0.4015 | -0.4685 | 0.6284 | -0.076 | 0.0269 | 0.7423 | -0.067 | 0.8972 | 29.7597 | 84.4029 | 34.6481 | 2 | 6.3576 | 1.0376 | -1.5459 | 2.8068 | -2.2318 | 3.4064 | 0.0704 | 0.2296 | -0.605 | -0.2649 | -0.1255 | 0.011 | 0.3053 | -0.3831 | 0.0421 | 0.4087 | 0.032 | -0.0134 | 0.5233 | -0.1119 | 0.4673 | 30.2028 | 83.4284 | 35.3072 | 3 | 4.3637 | -5.9486 | 4.0196 | 8.1124 | -5.4789 | 3.7021 | 0.6227 | 0.044 | -1.5823 | -0.889 | -0.4404 | -0.9332 | 1.7593 | 1.3494 | -0.1304 | 1.4867 | -0.0992 | 0.0995 | 1.7253 | -0.5298 | 2.1071 | 34.6809 | 59.031 | 27.7717 | 4 | 6.3998 | 1.9548 | -1.0468 | 7.1398 | 0.8861 | 6.9658 | 0.142 | 0.4175 | -0.1935 | -0.1829 | -0.0228 | 0.3174 | 0.2549 | -0.3524 | -0.1572 | 0.517 | -0.0311 | 0.0395 | 0.6286 | 0.0495 | 0.5652 | 30.0069 | 88.3719 | 36.4382 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 11 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 12 through 31 )3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 32 through 40 )4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 41 through 52 ) | | | |
|
---|