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- PDB-6fyq: The crystal structure of a new transaminase from the marine bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fyq
タイトルThe crystal structure of a new transaminase from the marine bacterium Virgibacillus
要素amine transaminase
キーワードTRANSFERASE / Omega-amino acid-pyruvate aminotransferase / Virgibacillus pantothenticus
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-alanine-pyruvate transaminase / beta-alanine:pyruvate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Amine transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Virgibacillus pantothenticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gourlay, L.J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Strategic single point mutation yields a solvent- and salt-stable transaminase from Virgibacillus sp. in soluble form.
著者: Guidi, B. / Planchestainer, M. / Contente, M.L. / Laurenzi, T. / Eberini, I. / Gourlay, L.J. / Romano, D. / Paradisi, F. / Molinari, F.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amine transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7116
ポリマ－53,2421
非ポリマー4695
水1,33374
1
A: amine transaminase
ヘテロ分子

A: amine transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,42112
ポリマ－106,4842
非ポリマー93810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area13930 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area28680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.886, 100.886, 97.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 amine transaminase


分子量: 53241.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains an engineered point mutation T16F
由来: (組換発現) Virgibacillus pantothenticus (バクテリア)
株: strain 21D / プラスミド: pET100D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4P1LYG1*PLUS, beta-alanine-pyruvate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus condition D10 (0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 50% (v/v) Precipitant Mix 2 (Molecular dimensions)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 38942 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 41.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5629 / CC1/2: 0.888 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 0.454 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TIB

5tib


解像度: 2→39.86 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 1938 4.98 %
Rwork0.1771 --
obs0.1792 38915 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.52 Å2 / Biso mean: 49.98 Å2 / Biso min: 24.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3409 0 55 74 3538
Biso mean--56.74 40.73 -
残基数----443
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.31311370.244425962733100
2.05-2.10540.27721420.219426432785100
2.1054-2.16740.24151370.198725932730100
2.1674-2.23730.23561320.188326372769100
2.2373-2.31730.23591370.184626062743100
2.3173-2.41010.21681430.178426442787100
2.4101-2.51970.22561340.183326402774100
2.5197-2.65260.23831380.186426212759100
2.6526-2.81870.25411350.194126302765100
2.8187-3.03630.22811390.20952637277699
3.0363-3.34170.25831390.20212643278299
3.3417-3.82490.23751380.18332648278699
3.8249-4.81770.16531400.14482681282199
4.8177-39.86810.20441470.15912758290598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05720.0496-0.24731.2019-0.51171.95510.20030.19440.1689-0.048-0.0910.115-0.0833-0.1023-0.09550.23230.01360.02790.3424-0.07530.316938.62225.720812.8155
26.1306-1.2518-1.98421.12010.29444.84090.08610.38410.78750.02920.06270.4405-0.6475-0.8292-0.14040.41290.1510.09890.5504-0.0210.732720.980720.570114.9507
32.51350.0478-0.41.5261-0.8392.25890.17330.53880.6859-0.0063-0.01820.1144-0.341-0.2388-0.13280.25950.04180.07360.42660.03880.479139.635918.50186.0983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 168 )A2 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 169 through 244 )A169 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 245 through 444 )A245 - 444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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