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- PDB-6fx2: crystal structure of Pholiota squarrosa lectin in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fx2
タイトルcrystal structure of Pholiota squarrosa lectin in complex with a decasaccharide
要素lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / decasaccharide
機能・相同性metal ion binding / Lectin
機能・相同性情報
生物種Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cabanettes, A. / Varrot, A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Recognition of Complex Core-Fucosylated N-Glycans by a Mini Lectin.
著者: Cabanettes, A. / Perkams, L. / Spies, C. / Unverzagt, C. / Varrot, A.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin
B: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3584
ポリマ－9,4232
非ポリマー2,9362
水2,432135
1
A: lectin
ヘテロ分子

A: lectin
ヘテロ分子

A: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0856
ポリマ－14,1343
非ポリマー4,9523
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11270 Å2
ΔGint53 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
2
B: lectin
ヘテロ分子

B: lectin
ヘテロ分子

B: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9896
ポリマ－14,1343
非ポリマー3,8563
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11100 Å2
ΔGint36 kcal/mol
Surface area7070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.862, 101.862, 101.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-265-

HOH

21B-269-

HOH

31B-270-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド lectin


分子量: 4711.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
プラスミド: pet39a-TEV / 詳細 (発現宿主): pet39a-TEV-PhosL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): star / 参照: UniProt: A0A3B6UEU4*PLUS
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]1-azido-beta-N-acetyl-D-glucosamine


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1650.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/6,9,8/[a2122h-1b_1-5_1*N=^ZN=N_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-2-4-2-5-6/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<N2>]{[(1+1)][b-D-Glcp1N2NAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]1-azido-beta-N-acetyl-D-glucosamine


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1285.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1b_1-5_1*N=^ZN=N_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-2-5-6/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<N2>]{[(1+1)][b-D-Glcp1N2NAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % / 解説: little diamond
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 3.2M Na malonate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→36.01 Å / Num. obs: 19497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 45.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 29.7 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique obs: 1048 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.144 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDS20171111データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PhosLDodeca

解像度: 1.7→36.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.454 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18773 976 5 %RANDOM
Rwork0.16374 ---
obs0.16498 18521 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→36.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数646 0 201 135 982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.892.1871233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94931701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.405581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.9292430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.4771588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.275152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0012.431330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9462.421329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8163.614409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8163.62410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9013.084553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8993.083553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.344.529824
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.91434.523932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.77133.704904
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 66 -
Rwork0.257 1353 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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