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- PDB-6fws: Structure of DinG in complex with ssDNA and ADPBeF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fws
タイトルStructure of DinG in complex with ssDNA and ADPBeF
要素
  • ATP-dependent DNA helicase DinG
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ATP / helicase / translocase / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on a nucleic acid / DNA/RNA helicase activity / DNA 5'-3' helicase / SOS response / DNA helicase activity / isomerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity ...catalytic activity, acting on a nucleic acid / DNA/RNA helicase activity / DNA 5'-3' helicase / SOS response / DNA helicase activity / isomerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase DinG / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain ...ATP-dependent DNA helicase DinG / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase DinG / ATP-dependent DNA helicase DinG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cheng, K. / Wigley, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N009258/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: DNA translocation mechanism of an XPD family helicase.
著者: Cheng, K. / Wigley, D.B.
履歴
登録2018年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase DinG
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
B: ATP-dependent DNA helicase DinG
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,14312
ポリマ－169,4054
非ポリマー1,7388
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area60470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.771, 119.751, 126.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase DinG


分子量: 81553.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dinG, CV83915_00780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4TNL0, UniProt: P27296*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3301.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2996.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 369分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M HEPES (pH 7.0), and 15% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→63.37 Å / Num. obs: 58152 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→63.37 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 2806 4.85 %
Rwork0.2192 --
obs0.221 57827 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→63.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10894 412 80 361 11747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0815889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4047045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061972
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.54320.37961330.32972671X-RAY DIFFRACTION97
2.5432-2.58950.36161250.3142682X-RAY DIFFRACTION98
2.5895-2.63930.34651600.30142669X-RAY DIFFRACTION98
2.6393-2.69310.34411320.28762700X-RAY DIFFRACTION99
2.6931-2.75170.37651260.28262739X-RAY DIFFRACTION98
2.7517-2.81570.3241540.27222683X-RAY DIFFRACTION98
2.8157-2.88610.36161400.26322711X-RAY DIFFRACTION99
2.8861-2.96420.30651190.2582739X-RAY DIFFRACTION99
2.9642-3.05140.32631170.25242768X-RAY DIFFRACTION99
3.0514-3.14990.29611280.24532730X-RAY DIFFRACTION99
3.1499-3.26240.2931290.24762733X-RAY DIFFRACTION99
3.2624-3.39310.26371290.2242760X-RAY DIFFRACTION100
3.3931-3.54750.24131350.20072772X-RAY DIFFRACTION99
3.5475-3.73450.19281360.19472769X-RAY DIFFRACTION100
3.7345-3.96840.21951450.19252775X-RAY DIFFRACTION100
3.9684-4.27480.21721640.18462744X-RAY DIFFRACTION100
4.2748-4.70480.20241580.17352782X-RAY DIFFRACTION100
4.7048-5.38530.20911940.17322757X-RAY DIFFRACTION100
5.3853-6.78370.23061400.21912854X-RAY DIFFRACTION100
6.7837-63.39030.23251420.18652983X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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