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万見
- PDB-6fwn: Structure and dynamics of the platelet integrin-binding C4 domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fwn
タイトルStructure and dynamics of the platelet integrin-binding C4 domain of von Willebrand factor
要素von Willebrand factor
キーワードBLOOD CLOTTING / von Willebrand Factor / vWC domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of intracellular signal transduction / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Xu, E.-R. / von Buelow, S. / Chen, P.-C. / Lenting, P.J. / Kolsek, K. / Aponte-Santamaria, C. / Simon, B. / Foot, J. / Obser, T. / Graeter, F. ...Xu, E.-R. / von Buelow, S. / Chen, P.-C. / Lenting, P.J. / Kolsek, K. / Aponte-Santamaria, C. / Simon, B. / Foot, J. / Obser, T. / Graeter, F. / Schneppenheim, R. / Denis, C.V. / Wilmanns, M. / Hennig, J.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2019
タイトル: Structure and dynamics of the platelet integrin-binding C4 domain of von Willebrand factor.
著者: Xu, E.R. / von Bulow, S. / Chen, P.C. / Lenting, P.J. / Kolsek, K. / Aponte-Santamaria, C. / Simon, B. / Foot, J. / Obser, T. / Schneppenheim, R. / Grater, F. / Denis, C.V. / Wilmanns, M. / Hennig, J.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Willebrand factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1221
ポリマ－9,1221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6680 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 von Willebrand factor / vWF


分子量: 9122.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first four residues in that sequence (GSMA) remain from the thrombin cleavage site and are not part of the native sequence.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Extracellular / 遺伝子: VWF, F8VWF / 器官: Blood / プラスミド: pHAT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04275
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic32D 1H-15N HSQC
123isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
133isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
143isotropic32D 1H-13C HMQC
153isotropic33D HNCA
163isotropic33D HNCO
1113isotropic33D HN(CA)CB
1103isotropic33D CBCA(CO)NH
193isotropic33D HBHA(CO)NH
183isotropic33D H(CCO)NH
173isotropic33D C(CO)NH
1123isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1153isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1143isotropic33D 1H-15N NOESY-HSQC
1133isotropic33D 1H-13C NOESY-HSQC
1164isotropic33D 1H-13C HMQC-NOESY
1174isotropic33D 1H-13C HMQC-NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution3500 uM [U-13C; U-15N] von Willebrand Factor C4 domain, 20 mM sodium phosphate, 49.5 M H2O, 5.5 M D2O, 0.02 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample90% H2O/10% D2O
solution4500 uM [U-13C; U-15N] von Willebrand Factor C4 domain, 20 mM sodium phosphate, 55 M D2O, 5 mM H2O, 0.02 % w/v sodium azide, 100% D2O15N13C_D2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMvon Willebrand Factor C4 domain[U-13C; U-15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
49.5 MH2Onatural abundance3
5.5 MD2Onatural abundance3
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance3
500 uMvon Willebrand Factor C4 domain[U-13C; U-15N]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
55 MD2Onatural abundance4
5 mMH2Onatural abundance4
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance4
試料状態イオン強度: 0.04 M / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称分類
ARIA精密化
CARA構造決定
NMRPipe構造決定
TopSpin構造決定
CYANA構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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