PDB-6fwb: Crystal structure of Mat2A at 1.79 Angstron resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fwb

タイトル

Crystal structure of Mat2A at 1.79 Angstron resolution

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

HYDROLASE / S-adenosylmethionine synthetase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Zhou, A. / Wei, Z. / Bai, J. / Wang, H.

引用

ジャーナル: Ebiomedicine / 年: 2019
タイトル: Identification of a natural inhibitor of methionine adenosyltransferase 2A regulating one-carbon metabolism in keratinocytes.
著者: Bai, J. / Gao, Y. / Chen, L. / Yin, Q. / Lou, F. / Wang, Z. / Xu, Z. / Zhou, H. / Li, Q. / Cai, W. / Sun, Y. / Niu, L. / Wang, H. / Wei, Z. / Lu, S. / Zhou, A. / Zhang, J. / Wang, H.

履歴

登録	2018年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fwb.cif.gz	582.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fwb.ent.gz	481.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fwb_validation.pdf.gz	495.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fwb_full_validation.pdf.gz	506.5 KB	表示
XML形式データ	6fwb_validation.xml.gz	56.4 KB	表示
CIF形式データ	6fwb_validation.cif.gz	79.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6faj-d 6fbp-d 6wkb-d 7low-d 1mxb-1 6vcz-d 7lnn-d 6fbn-d 1mxa-1 6ltv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

186 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.430, 103.027, 114.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	B
2	2	C
1	3	B
2	3	D
1	4	A
2	4	C
1	5	A
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	B	A	16 - 393	32 - 409
2	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	B	16 - 393	32 - 409
1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	B	A	15 - 393	31 - 409
2	2	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	15 - 393	31 - 409
1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	B	A	15 - 394	31 - 410
2	3	GLU	GLU	LYS	LYS	D	D	15 - 394	31 - 410
1	4	GLY	GLY	LEU	LEU	A	B	16 - 393	32 - 409
2	4	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	16 - 393	32 - 409
1	5	GLY	GLY	LYS	LYS	A	B	16 - 394	32 - 410
2	5	GLY	GLY	LYS	LYS	D	D	16 - 394	32 - 410
1	6	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	15 - 393	31 - 409
2	6	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	15 - 393	31 - 409

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 45527.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 45527.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 550分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.4 / 詳細: 35% PEG 1000, 0.1M Hepes, 50mM Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.07822 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07822 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→57.13 Å / Num. obs: 147112 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10821 / CC_1/2: 0.737 / R_pim(I) all: 0.365 / R_rim(I) all: 0.961 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→57.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 4.566 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18317	7197	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17186	-	-	-
obs	0.17244	139387	98.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0.39 Å²
2-	-	-0.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.79→57.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11425	0	199	521	12145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	11877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.556	1.976	16051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.964	3	25969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.263	5	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.529	23.957	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.057	15	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.235	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	13060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.048	2.18	5910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.048	2.18	5909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.699	3.259	7383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.699	3.26	7384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.443	2.491	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.441	2.491	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.27	3.633	8664
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.228	25.825	12633
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.228	25.831	12634
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	23146	0.11
1	2	A	23146	0.11
2	1	B	23886	0.07
2	2	C	23886	0.07
3	1	B	23074	0.11
3	2	D	23074	0.11
4	1	A	22846	0.1
4	2	C	22846	0.1
5	1	A	23938	0.07
5	2	D	23938	0.07
6	1	C	22922	0.1
6	2	D	22922	0.1

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	465	-
R_work	0.271	10229	-
obs	-	-	97.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5784	-0.0673	0.2377	0.573	-0.1108	0.4954	-0.0044	-0.0671	-0.0728	0.0492	-0.0077	0.0818	0.0705	-0.0752	0.012	0.0296	0.0028	0.0216	0.0362	0.0043	0.0718	1.9733	-20.8751	169.891
2	0.7447	-0.0139	0.0512	0.4658	-0.0016	0.5569	-0.0417	-0.0815	0.0855	0.0592	-0.0019	0.018	-0.1141	-0.0153	0.0436	0.0381	0.0155	-0.0214	0.0246	-0.0237	0.0516	11.7315	1.4567	171.5092
3	0.5095	-0.2047	0.3516	1.0763	-0.5763	2.2599	0.0479	0.1669	-0.0222	-0.3451	-0.2661	-0.171	0.2495	0.5336	0.2182	0.1361	0.1128	0.0681	0.1724	0.0581	0.0517	19.5973	-7.6081	117.1301
4	0.624	0.1324	-0.1474	0.5335	-0.3933	1.1509	-0.0172	0.1403	-0.0635	-0.1794	-0.0591	0.0475	0.0349	-0.1539	0.0763	0.1217	0.0522	-0.0512	0.0871	-0.0495	0.0352	-3.8539	-0.4967	117.9122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	13 - 394
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 394
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 393
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	15 - 394

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