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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fvu | ||||||
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タイトル | 26S proteasome, s2 state | ||||||
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![]() | HYDROLASE / 26S proteasome / AAA+ ATPase | ||||||
機能・相同性 | ![]() SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / nonfunctional rRNA decay / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / nonfunctional rRNA decay / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / protein-containing complex localization / proteasome-activating activity / mitochondrial fission / metal-dependent deubiquitinase activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / proteasome binding / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / peptide catabolic process / regulation of protein catabolic process / Orc1 removal from chromatin / protein deubiquitination / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / enzyme regulator activity / ERAD pathway / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / proteasome complex / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein domain specific binding / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
![]() | Eisele, M.R. / Reed, R.G. / Rudack, T. / Schweitzer, A. / Beck, F. / Nagy, I. / Pfeifer, G. / Plitzko, J.M. / Baumeister, W. / Tomko, R.J. / Sakata, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Expanded Coverage of the 26S Proteasome Conformational Landscape Reveals Mechanisms of Peptidase Gating. 著者: Markus R Eisele / Randi G Reed / Till Rudack / Andreas Schweitzer / Florian Beck / Istvan Nagy / Günter Pfeifer / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Robert J Tomko / Eri Sakata / ![]() ![]() 要旨: The proteasome is the central protease for intracellular protein breakdown. Coordinated binding and hydrolysis of ATP by the six proteasomal ATPase subunits induces conformational changes that drive ...The proteasome is the central protease for intracellular protein breakdown. Coordinated binding and hydrolysis of ATP by the six proteasomal ATPase subunits induces conformational changes that drive the unfolding and translocation of substrates into the proteolytic 20S core particle for degradation. Here, we combine genetic and biochemical approaches with cryo-electron microscopy and integrative modeling to dissect the relationship between individual nucleotide binding events and proteasome conformational dynamics. We demonstrate unique impacts of ATP binding by individual ATPases on the proteasome conformational distribution and report two conformational states of the proteasome suggestive of a rotary ATP hydrolysis mechanism. These structures, coupled with functional analyses, reveal key roles for the ATPases Rpt1 and Rpt6 in gating substrate entry into the core particle. This deepened knowledge of proteasome conformational dynamics reveals key elements of intersubunit communication within the proteasome and clarifies the regulation of substrate entry into the proteolytic chamber. | ||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 365.3 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3535M ![]() 4321C ![]() 4322C ![]() 4323C ![]() 4324C ![]() 6fvtC ![]() 6fvvC ![]() 6fvwC ![]() 6fvxC ![]() 6fvyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 aAbBcCdDeEfF
#1: タンパク質 | 分子量: 27200.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27060.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28202.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 27442.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 25198.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 gGV
#7: タンパク質 | 分子量: 26734.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #16: タンパク質 | | 分子量: 32490.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P43588, ubiquitinyl hydrolase 1 |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 h1i2j3k4l5m6n7
#8: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 24486.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 22218.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 25832.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex |
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-26S proteasome ... , 18種, 18分子 WTXYZNSPQRUOHIKLMJ
#15: タンパク質 | 分子量: 21818.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38886 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 31111.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P32496 |
#18: タンパク質 | 分子量: 14654.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O13563 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O94742 |
#20: タンパク質 | 分子量: 106895.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38764 |
#21: タンパク質 | 分子量: 101894.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P32565 |
#22: タンパク質 | 分子量: 55378.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40016 |
#23: タンパク質 | 分子量: 51341.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12250 |
#24: タンパク質 | 分子量: 49839.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12377 |
#25: タンパク質 | 分子量: 46307.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q06103 |
#26: タンパク質 | 分子量: 34557.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08723 |
#27: タンパク質 | 分子量: 45194.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04062 |
#28: タンパク質 | 分子量: 47318.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P33299 |
#29: タンパク質 | 分子量: 43128.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40327 |
#30: タンパク質 | 分子量: 44353.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P33298 |
#31: タンパク質 | 分子量: 43931.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P53549 |
#32: タンパク質 | 分子量: 46902.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P33297 |
#33: タンパク質 | 分子量: 45342.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q01939 |
-非ポリマー , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#34: 化合物 | ChemComp-ATP / #35: 化合物 | ChemComp-MG / #36: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 26S proteasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 193337 / 対称性のタイプ: POINT |