PDB-6fvr: The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fvr

タイトル

The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alkaline pH - sTeLIC in complex with Cesium ions (Cs+)

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel.

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Hu, H. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a pentameric ion channel gated by alkaline pH show a widely open pore and identify a cavity for modulation.
著者: Hu, H. / Nemecz, A. / Van Renterghem, C. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fvr.cif.gz	649.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fvr.ent.gz	538.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fl9C 6fliC 6fvqC 6fvsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fli-d 6fl9-d 6fvs-d 6fvq-d 6v03-d 5t3r-d 6z8i-d 6cdu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

190 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	221.169, 114.107, 144.274
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Cys-loop ligand-gated ion channel

分子量: 37310.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

endosymbiont of Tevnia jerichonana (vent Tica) (バクテリア)
遺伝子: TevJSym_bc00020 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2FID1

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン

分子量: 132.905 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.86 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 150 mM MgCl2 20mM Tris pH 8.0 35% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 2.1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.2→48.49 Å / Num. obs: 24499 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.35 Å² / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 4.2→4.49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 4.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.78 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.742 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.948

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	819	5.01 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.225	16341	67.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.5287 Å²	0 Å²	-22.1587 Å²
2-	-	-1.0363 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.4924 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.67 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 4.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12830	0	116	0	12946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	13300	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	18045	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4555	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		300	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1915	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13300	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.88
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.68
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1705	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14722	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 4.2→4.49 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2141	-	5.6 %
R_work	0.2114	1516	-
all	0.2115	1606	-
obs	-	-	36.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0157	-0.193	-5.8473	0.1199	0.0075	5.6232	0.153	0.6753	0.1173	0.0816	-0.041	0.2192	-0.4836	-0.1259	-0.112	0.0997	0.2372	0.1279	-0.6067	0.2253	0.0134	-51.4849	19.1372	29.1355
2	7.7925	0.1155	-5.705	0.4513	-0.3938	5.199	0.0999	-0.2202	-0.0176	0.1751	-0.0765	0.0519	-0.1973	0.342	-0.0234	0.0176	-0.2063	-0.0674	-0.3463	-0.2413	-0.0964	-38.9347	9.5502	47.722
3	9.0075	0.2765	-5.6192	0.5786	0.1552	4.1777	0.1323	0.0061	-0.4504	0.4536	-0.0993	0.2235	-0.0264	0.2987	-0.0331	0.1451	0.1434	-0.0776	-0.4462	0.3	-0.3214	-40.2446	-14.6879	45.8578
4	5.9521	-0.1787	-2.9782	0.1079	0.4621	2.2735	0.0252	0.5649	-0.0167	0.0598	-0.2228	-0.0199	0.1298	-0.2482	0.1976	0.0851	-0.1831	0.0204	-0.3135	-0.3609	0.0038	-53.4897	-20.1103	26.1722
5	3.9107	0.3639	-2.7256	0	-0.1561	2.3197	0.0133	0.4189	-0.1222	-0.1873	0.0173	0.0646	0.0475	0.0297	-0.0306	-0.1924	0.1286	-0.1216	0.4865	0.0122	-0.1744	-60.4359	0.8478	15.8301
6	-2.7171	-1.3383	2.8632	0	0.0471	2.7171	0.0386	-0.0234	-0.0817	0.0049	-0.0745	-0.0287	-0.0466	0.0346	0.0359	-0.0865	-0.0774	0.0244	-0.0427	-0.0487	-0.1126	-20.4569	-1.1542	13.5692

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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