PDB-6fvj: TesA a major thioesterase from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fvj

タイトル

TesA a major thioesterase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Thioesterase

キーワード

HYDROLASE / TesA / thioesterase / Mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase / palmitoyl-CoA hydrolase / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / acetylesterase activity / biosynthetic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lipid biosynthetic process / ligase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Cambillau, C. / Nguyen, V.S. / Canaan, S.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of TesA, a Major Thioesterase Required for Outer-Envelope Lipid Biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Nguyen, P.C. / Nguyen, V.S. / Martin, B.P. / Fourquet, P. / Camoin, L. / Spilling, C.D. / Cavalier, J.F. / Cambillau, C. / Canaan, S.

履歴

登録	2018年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fvj.cif.gz	668.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fvj.ent.gz	556.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fvj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fvj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fw5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rd8-2 5ezw-d 2iu1-d 2q4s-d 2gh2-d 5jia-4 2atf-d 1rin-3 3osx-d 4xff-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thioesterase

B: Thioesterase

C: Thioesterase

D: Thioesterase

E: Thioesterase

F: Thioesterase

G: Thioesterase

H: Thioesterase

ヘテロ分子

238 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.070, 224.580, 222.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-478- HOH

#1: タンパク質	Thioesterase / Thioesterase TesA 分子量: 29185.783 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mbtB_1, mbtB_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045JET3, UniProt: P9WQD5*PLUS, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-E9H / hexadecyl dihydrogen phosphate 分子量: 322.420 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₅O₄P
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 45% PEG 600, 0.1 M HEPES pH 7.5 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→43.83 Å / Num. obs: 61244 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 85.66 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.907 / Num. unique obs: 9662 / CC_1/2: 0.773 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→43.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU R Cruickshank DPI: 0.857 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.898 / SU R_free Blow DPI: 0.313 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.316

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	3056	5 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.237	61125	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3945 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.5609 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1664 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→43.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12928	0	157	466	13551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13427	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	18267	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4310	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2252	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13427	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.13
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1767	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15215	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2595	223	5 %
R_work	0.2596	4241	-
all	0.2596	4464	-
obs	-	-	99.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.802	0.2015	0.1297	1.0694	-1.2647	0.865	-0.0034	0.0067	-0.0015	-0.0217	-0.0055	0.0394	-0.0068	-0.0065	0.0089	-0.0242	-0.0196	-0.011	0.0053	0.1431	0.0069	117.556	263.931	-202.305
2	1.9978	0.3904	-0.2483	0.7835	-0.6255	0.6584	0.0037	0.0136	0.0136	-0.0308	-0.0058	-0.032	-0.0047	0.004	0.0021	-0.0491	-0.0625	0.0378	-0.0403	0.0796	0.0622	156.043	263.163	-204.258
3	1.8079	0.3494	-0.9254	0.0055	-0.4669	1.8434	-0.0014	0.0099	-0.0073	0.0017	0.0068	0.0073	0.0298	0.0038	-0.0053	-0.0536	-0.0319	0.0191	0.0991	0.0883	-0.0835	106.391	242.993	-182.216
4	1.4311	-0.6489	-0.0147	0.4695	-0.7413	1.0868	-0.0034	-0.0193	-0.0348	-0.0005	-0.003	-0.0075	0.0207	0.0156	0.0065	-0.0075	-0.0223	0.0082	0.036	0.0595	-0.0536	145.003	242.202	-184.061
5	0.0831	1.0814	-0.3336	1.8339	-0.1644	0	0.0026	0.0144	0.0129	0.0108	0.0098	-0.0028	-0.0335	-0.0003	-0.0124	-0.01	0.0137	0.0159	-0.064	0.0089	-0.0206	127.325	298.143	-204.278
6	0.5496	-1.2977	0.3278	1.2059	-0.3012	0	-0.0017	-0.0227	0.0203	0.0006	-0.016	-0.0482	0.0097	0.0116	0.0177	-0.0274	0.0587	0.0549	-0.0927	0.047	0.0864	126.288	264.287	-238.732
7	0.1365	0.1823	0.2456	0.2563	1.3015	0.2929	0.0006	-0.009	-0.0111	0.0291	-0.0016	-0.0118	0.0259	-0.0103	0.001	0.0262	-0.0025	-0.0378	-0.0406	-0.0351	-0.0544	134.405	320.197	-182.243
8	0.0089	0.0849	1.338	0.1995	-0.453	0	0.001	0.0003	-0.0068	-0.0117	0.0017	0.0038	-0.0032	0.0128	-0.0027	-0.0023	-0.0149	-0.0892	-0.0407	0.0234	0.0111	93.881	319.307	-183.568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }

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