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- PDB-6fv4: The structure of N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate deacetylase D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fv4
タイトルThe structure of N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate deacetylase D267A mutant from Mycobacterium smegmatis in complex with N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate
要素N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
キーワードHYDROLASE / N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate / mycobacteria carbohydrate metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / N-acetylgalactosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-16G / : / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.974 Å
データ登録者Ahangar, M.S. / Furze, C.M. / Guy, C.S. / Cooper, C. / Maskew, K.S. / Graham, B. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust201442/Z/16/A 英国
Wellcome Trust and Royal Society104193/Z/14/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M01116X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M017982/1 英国
Royal SocietyRG120405 英国
Wellcome Trust105627/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional determination of homologs of theMycobacterium tuberculosis N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (NagA).
著者: Ahangar, M.S. / Furze, C.M. / Guy, C.S. / Cooper, C. / Maskew, K.S. / Graham, B. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
履歴
登録2018年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
B: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,65212
ポリマ－82,5452
非ポリマー1,10710
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area26620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.766, 54.437, 110.262
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-402-

CD

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase


分子量: 41272.738 Da / 分子数: 2 / 変異: D267A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: nagA, MSMEG_2119 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0QU89, N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
#3: 糖 ChemComp-16G / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 536分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: NagA crystals grew within a week at 295.15 K in 0.12 M monosaccharide mix (Morpheus, Molecular Dimensions), 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 20 % PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000 with the addition ...詳細: NagA crystals grew within a week at 295.15 K in 0.12 M monosaccharide mix (Morpheus, Molecular Dimensions), 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 20 % PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000 with the addition of 10 mM CdCl2 additive. 5 mM GlcNAc6P was added and incubated at 277.14 K for 30 min before crystallization.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.974→80.141 Å / Num. obs: 55882 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/av σ(I): 8.5 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.974→2.08 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 8181 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.412 / Rrim(I) all: 0.987 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FV3

6fv3


解像度: 1.974→54.56 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 2801 5.03 %
Rwork0.184 --
obs0.1865 55697 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.974→54.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5503 0 35 527 6065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9017701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7854493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9737-2.00780.3211360.2562638X-RAY DIFFRACTION97
2.0078-2.04430.30961440.24052667X-RAY DIFFRACTION98
2.0443-2.08360.32371530.26832592X-RAY DIFFRACTION95
2.0836-2.12610.27571450.22472651X-RAY DIFFRACTION98
2.1261-2.17230.25531520.22122679X-RAY DIFFRACTION98
2.1723-2.22290.28431270.21482676X-RAY DIFFRACTION98
2.2229-2.27850.2951950.22281736X-RAY DIFFRACTION63
2.2785-2.34010.25961230.20482684X-RAY DIFFRACTION99
2.3401-2.40890.21551450.20142714X-RAY DIFFRACTION98
2.4089-2.48670.23911410.20032668X-RAY DIFFRACTION99
2.4867-2.57560.26221520.20442702X-RAY DIFFRACTION99
2.5756-2.67870.25721730.19822674X-RAY DIFFRACTION99
2.6787-2.80060.3071500.19642708X-RAY DIFFRACTION99
2.8006-2.94820.25991520.20062703X-RAY DIFFRACTION99
2.9482-3.13290.24981440.20052740X-RAY DIFFRACTION99
3.1329-3.37480.22531230.1942758X-RAY DIFFRACTION99
3.3748-3.71430.20971250.17442501X-RAY DIFFRACTION90
3.7143-4.25160.18721310.15812749X-RAY DIFFRACTION99
4.2516-5.35590.21441640.14962776X-RAY DIFFRACTION100
5.3559-54.58110.19411260.14972880X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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