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- PDB-6ful: Crystal structure of UTX complexed with 5-hydroxy-4-keto-1-methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ful
タイトルCrystal structure of UTX complexed with 5-hydroxy-4-keto-1-methyl-picolinate
要素Lysine-specific demethylase 6A
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Jumonji Demethylase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / MLL3/4 complex / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone demethylase activity / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / MLL3/4 complex / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone demethylase activity / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / 遺伝子発現の調節 / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / リボン / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E7Z / : / Lysine-specific demethylase 6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.649 Å
データ登録者Esposito, C. / Sledz, P. / Caflisch, A.
引用ジャーナル: J Chem Inf Model / 年: 2018
タイトル: In Silico Identification of JMJD3 Demethylase Inhibitors.
著者: Esposito, C. / Wiedmer, L. / Caflisch, A.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,25011
ポリマ－60,2641
非ポリマー98610
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.181, 82.801, 93.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 6A / Histone demethylase UTX / Ubiquitously-transcribed TPR protein on the X chromosome / Ubiquitously- ...Histone demethylase UTX / Ubiquitously-transcribed TPR protein on the X chromosome / Ubiquitously-transcribed X chromosome tetratricopeptide repeat protein


分子量: 60264.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM6A, UTX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O15550, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O15550, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 6種, 637分子

#2: 化合物 ChemComp-E7Z / 1-methyl-5-oxidanyl-4-oxidanylidene-pyridine-2-carboxylic acid / 1-メチル-4-オキソ-5-ヒドロキシ-1,4-ジヒドロピリジン-2-カルボン酸


分子量: 169.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル / ジエチレングリコールモノメチルエーテル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), Li2 SO4 (0.15-0.25 M), PEG 3350 (20-25% w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.649→48.761 Å / Num. obs: 138199 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 1.96 % / Net I/σ(I): 8.02
反射 シェル解像度: 1.649→4.92 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 22076 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AVS

3avs


解像度: 1.649→48.761 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 22.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 6862 4.97 %
Rwork0.1764 --
obs0.1779 138111 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.649→48.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3798 0 52 627 4477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8035513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9553289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6491-1.66790.35532150.33764051X-RAY DIFFRACTION89
1.6679-1.68750.3282300.30454477X-RAY DIFFRACTION98
1.6875-1.70810.32542220.29224379X-RAY DIFFRACTION98
1.7081-1.72970.26962330.28274401X-RAY DIFFRACTION97
1.7297-1.75250.28772250.26994326X-RAY DIFFRACTION96
1.7525-1.77650.30552260.25864324X-RAY DIFFRACTION96
1.7765-1.80190.28792320.24464360X-RAY DIFFRACTION96
1.8019-1.82880.25722220.23924290X-RAY DIFFRACTION95
1.8288-1.85730.28252300.2344365X-RAY DIFFRACTION97
1.8573-1.88780.27022300.22294374X-RAY DIFFRACTION97
1.8878-1.92030.23612320.20844408X-RAY DIFFRACTION98
1.9203-1.95530.2282370.20074446X-RAY DIFFRACTION99
1.9553-1.99290.23882370.19694493X-RAY DIFFRACTION99
1.9929-2.03350.22082310.18954470X-RAY DIFFRACTION99
2.0335-2.07780.2292370.18844509X-RAY DIFFRACTION99
2.0778-2.12610.2082300.18074446X-RAY DIFFRACTION99
2.1261-2.17930.2372290.18094396X-RAY DIFFRACTION98
2.1793-2.23820.21632300.1764449X-RAY DIFFRACTION98
2.2382-2.3040.23122290.1794379X-RAY DIFFRACTION97
2.304-2.37840.22442260.17754369X-RAY DIFFRACTION97
2.3784-2.46340.24672170.17534221X-RAY DIFFRACTION94
2.4634-2.5620.20912310.18444260X-RAY DIFFRACTION95
2.562-2.67860.23632250.18164342X-RAY DIFFRACTION96
2.6786-2.81980.20962290.17124388X-RAY DIFFRACTION97
2.8198-2.99650.19932400.16864425X-RAY DIFFRACTION98
2.9965-3.22780.19642320.174437X-RAY DIFFRACTION98
3.2278-3.55250.18912300.15854419X-RAY DIFFRACTION98
3.5525-4.06640.17292250.14464399X-RAY DIFFRACTION97
4.0664-5.12230.16362160.13184235X-RAY DIFFRACTION94
5.1223-48.78210.1732340.17184411X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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