[日本語] English
万見
- PDB-6fsm: Crystal structure of TCE-treated Thermolysin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fsm
タイトルCrystal structure of TCE-treated Thermolysin
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / TCE-treatment / Lysozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / PHOSPHATE ION / VALINE / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Pichlo, C. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Improved protein-crystal identification by using 2,2,2-trichloroethanol as a fluorescence enhancer.
著者: Pichlo, C. / Toelzer, C. / Chojnacki, K. / Ocal, S. / Uthoff, M. / Ruegenberg, S. / Hermanns, T. / Schacherl, M. / Denzel, M.S. / Hofmann, K. / Niefind, K. / Baumann, U.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,22412
ポリマ－34,3621
非ポリマー86111
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.948, 92.948, 129.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-734-

HOH

21A-748-

HOH

31A-765-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / Neutral protease


分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P43133, thermolysin

-
非ポリマー , 7種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#7: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 mg/ml Thermolysin in 0.05 M NaOH 1:1 with 40 mM KH2PO4, 16 % (w/v) PEG8000, 20 % (v/v) glycerol, 30 mM TCE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→46.47 Å / Num. obs: 66860 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 19.3 % / Net I/σ(I): 16.71
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / Num. unique obs: 6535 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDS20170920データ削減
XDS20170920データスケーリング
PHASER(1.12_2829)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TLX

1tlx


解像度: 1.39→46.474 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 15.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1619 1998 2.99 %
Rwork0.1478 --
obs0.1482 66884 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→46.474 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 45 296 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.953623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.363932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3897-1.42450.28561390.25824534X-RAY DIFFRACTION100
1.4245-1.4630.22261400.23014542X-RAY DIFFRACTION100
1.463-1.5060.2241400.20214554X-RAY DIFFRACTION100
1.506-1.55470.18261410.18164574X-RAY DIFFRACTION100
1.5547-1.61020.18821410.16594569X-RAY DIFFRACTION100
1.6102-1.67470.17321410.154575X-RAY DIFFRACTION100
1.6747-1.75090.18041420.14584606X-RAY DIFFRACTION100
1.7509-1.84320.15741420.13984594X-RAY DIFFRACTION100
1.8432-1.95870.18241410.13224599X-RAY DIFFRACTION100
1.9587-2.110.13911410.13134645X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.32230.15141440.12534662X-RAY DIFFRACTION100
2.3223-2.65830.15731440.1294680X-RAY DIFFRACTION100
2.6583-3.3490.15241470.14284747X-RAY DIFFRACTION100
3.349-46.50.14751550.15175005X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96770.136-0.43510.51650.00150.43640.02710.02380.05180.0395-0.00320.0194-0.0057-0.0113-0.02550.11370.0136-0.01640.1310.00270.096925.906348.53510.6083
22.15822.14580.47577.7003-1.32571.88870.0783-0.2128-0.07920.3979-0.1667-0.13670.01180.21180.06870.12880.0022-0.03250.21490.0230.124342.246845.89898.0628
31.46330.1422-0.10121.4519-0.11881.00230.00810.02840.0139-0.0321-0.0098-0.1104-0.02940.0824-0.00220.0831-0.0015-0.00580.12790.01230.125547.864951.947-10.1675
41.30461.03331.00584.95730.25751.20940.05370.28420.3642-0.1603-0.0072-0.4335-0.1390.1766-0.06360.1288-0.03030.03070.18990.04490.258955.049360.8341-12.9351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 180 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 200 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 296 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 297 through 316 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る