PDB-6fsh: Crystal structure of hybrid P450 OxyBtei(BC/FGvan)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fsh

タイトル

Crystal structure of hybrid P450 OxyBtei(BC/FGvan)

要素

OxyB protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

CYTOCHROME P450 (シトクロムP450) / PHENOLIC COUPLING ENZYME / TEICOPLANIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity /

glycosyltransferase activity /

steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding /

heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Brieke, C. / Tarnawski, M. / Greule, A. / Cryle, M.J.

資金援助

ドイツ,

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Investigating Cytochrome P450 specificity during glycopeptide antibiotic biosynthesis through a homologue hybridization approach.
著者: Brieke, C. / Tarnawski, M. / Greule, A. / Cryle, M.J.

履歴

登録	2018年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fsh.cif.gz	594.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fsh.ent.gz	491.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tvfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5it1-1 4ggv-d 5ex6-2 2ygx-2 4yzr-d 2bvj-2 6l3a-1 2xkr-d 2ij5-3 2y98-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: OxyB protein

B: OxyB protein

C: OxyB protein

D: OxyB protein

ヘテロ分子

179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OxyB protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: OxyB protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: OxyB protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: OxyB protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.270, 83.160, 92.220
Angle α, β, γ (deg.)	85.20, 101.98, 97.83
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	OxyB protein 分子量: 44002.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア) 遺伝子: tcp20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70AY8
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99991 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 57549 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 6375 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2645: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TVF

4tvf

解像度: 2.5→48.257 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	2877	5 %
R_work	0.1875	-	-
obs	0.1904	57545	97.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.257 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11503	0	179	141	11823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.024	16312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.862	7120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2139

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.541	0.3723	137	0.2849	2594	X-RAY DIFFRACTION	97
2.541-2.5848	0.3612	139	0.2548	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5848-2.6318	0.3317	133	0.2335	2539	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6318-2.6824	0.2898	138	0.2226	2624	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6824-2.7372	0.2788	135	0.2174	2561	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7372-2.7967	0.2919	139	0.2121	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7967-2.8617	0.2569	137	0.205	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8617-2.9333	0.2827	135	0.2106	2582	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9333-3.0126	0.2789	137	0.213	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0126-3.1012	0.2949	139	0.2038	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1012-3.2013	0.2734	137	0.1993	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2013-3.3157	0.2732	139	0.1895	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3157-3.4484	0.2456	135	0.1957	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4484-3.6053	0.252	138	0.1808	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6053-3.7953	0.2519	137	0.1709	2597	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7953-4.033	0.2095	136	0.1678	2599	X-RAY DIFFRACTION	97
4.033-4.3442	0.2248	136	0.164	2575	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3442-4.781	0.2213	138	0.1536	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
4.781-5.472	0.1846	138	0.1679	2617	X-RAY DIFFRACTION	98
5.472-6.8909	0.2549	136	0.208	2590	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8909-48.2657	0.2114	138	0.1772	2633	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.513	-1.1299	0.5882	3.9185	-0.0653	1.6343	-0.0329	0.0282	-0.0785	0.3241	0.1046	-0.1954	0.0077	0.0615	-0.082	0.48	-0.0316	0.0082	0.2107	0.0001	0.2709	-11.9754	3.6259	-18.6141
2	3.6968	-3.8647	-0.6755	5.2296	-0.3992	5.1462	-0.8703	-1.2727	-0.1255	1.611	1.15	0.4586	0.2027	-0.5114	-0.0556	0.8943	0.316	0.1899	0.7386	0.0309	0.6596	-23.844	-0.6185	-3.7059
3	2.3684	-1.3671	0.4072	3.4218	-0.921	1.7755	-0.0164	0.1169	0.0588	0.0665	0.0169	-0.1467	-0.1358	0.0318	-0.0004	0.399	-0.0177	-0.0378	0.2136	-0.0154	0.2974	-13.8761	8.5954	-26.5971
4	1.3121	0.9112	0.3181	4.5833	1.371	1.6612	-0.0219	0.1027	-0.1155	-0.3025	0.056	0.2323	-0.0639	-0.1132	-0.0309	0.5033	0.0591	-0.0549	0.2617	0.0554	0.3173	-19.2859	-39.4339	-37.0131
5	0.78	1.9334	-1.2181	5.1147	-3.5247	3.9303	-0.909	0.7588	0.0229	-2.0941	1.1275	-0.5906	-0.2529	0.6852	0.5986	1.2493	-0.2584	0.143	0.4272	0.0178	0.6901	-6.7806	-40.3997	-51.3212
6	1.5102	1.0422	0.2277	4.6556	1.1709	1.7959	0.0267	-0.0864	0.0567	0.0054	-0.0792	0.3332	-0.1415	-0.0947	0.0337	0.4362	0.0491	-0.0726	0.2381	0.0197	0.335	-19.161	-34.1304	-28.7024
7	1.4085	0.0221	0.2201	3.2942	-1.0754	1.9643	0.0757	0.0865	-0.1524	-0.354	-0.0519	0.0838	0.0076	-0.0242	-0.0448	0.4684	0.0267	-0.1179	0.2434	-0.0756	0.3432	4.4894	-35.0178	6.1608
8	6.1698	2.417	1.4686	4.4522	0.2788	1.5581	-0.185	0.3082	-0.2466	-1.7027	0.7683	1.4962	0.646	-0.9899	-0.1946	0.8006	-0.1506	-0.3014	0.5862	0.2116	0.8294	-14.5001	-34.7158	5.9113
9	0.7954	-0.5284	0.5354	3.8169	-1.985	2.1534	0.0053	0.0144	-0.0174	-0.1367	-0.0351	-0.1813	0.0826	0.065	0.0194	0.4788	0.0331	-0.0446	0.3077	-0.0454	0.3437	10.9446	-39.4955	12.3411
10	1.7227	-0.7633	-0.0326	3.2189	0.6339	1.7296	-0.1437	-0.0357	0.0838	0.4471	0.15	-0.2684	0.073	-0.0424	-0.0209	0.3918	-0.0019	-0.1042	0.2468	0.0085	0.3748	4.324	6.7982	28.3528
11	2.5368	-1.2366	-1.0532	5.8029	2.5612	1.2552	-0.5591	-0.9471	0.7577	0.4344	1.3938	-1.3723	0.2213	1.0543	-0.3517	0.6621	0.1074	-0.3963	0.6953	-0.307	1.6157	22.7508	12.1282	28.9383
12	2.0156	-1.1236	-0.7429	3.4084	1.4308	1.6344	0.0042	0.0234	-0.0252	0.1732	0.0306	-0.0572	0.1947	-0.0507	-0.0051	0.4861	0.0261	-0.0835	0.2873	0.0113	0.2995	-0.4334	0.881	22.0503

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 7:157)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 158:221)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 222:398)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 7:159)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 160:221)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 222:398)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 7:159)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 160:221)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 222:398)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 7:159)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 160:221)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 222:398)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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