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万見
- PDB-6fse: Mus musculus acetylcholinesterase in complex with 1-(4-(4-Ethylpi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fse
タイトルMus musculus acetylcholinesterase in complex with 1-(4-(4-Ethylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl)-2-((4'-methoxy-[1,1'-biphenyl]-4-yl)oxy)ethanone dihydrochloride (15)
要素Acetylcholinesterase
キーワードPROTEIN BINDING / Inhibitor / hydrolase / acetylcholinesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane ...serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / laminin binding / collagen binding / neuromuscular junction / receptor internalization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / cell adhesion / synapse / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family ...Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / Chem-E5K / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Knutsson, S. / Engdahl, C. / Kumari, R. / Kindahl, T. / Forsgren, N. / Lindgren, C. / Kitur, S. / Kamau, L. / Ekstrom, F. / Linusson, A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2014-4218 スウェーデン
Swedish Research Council2014-2636 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Noncovalent Inhibitors of Mosquito Acetylcholinesterase 1 with Resistance-Breaking Potency.
著者: Knutsson, S. / Engdahl, C. / Kumari, R. / Forsgren, N. / Lindgren, C. / Kindahl, T. / Kitur, S. / Wachira, L. / Kamau, L. / Ekstrom, F. / Linusson, A.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9189
ポリマ－120,3242
非ポリマー1,5947
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area37510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.525, 111.885, 226.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 60161.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ache / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

-
非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物 ChemComp-E5K / 1-[4-(4-ethylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]-2-[4-(4-methoxyphenyl)phenoxy]ethanone


分子量: 437.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H35N3O3
#3: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.69 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 750, Hepes buffer / PH範囲: 6.8-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 273.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月8日
放射モノクロメーター: Rayonix SX-165 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.131 Å / Num. obs: 55911 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 51.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0984 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6002 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique obs: 5509 / CC1/2: 0.913 / Rrim(I) all: 0.651 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Coot0.7.2 (4730)モデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1J06

1j06


解像度: 2.7→46.131 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1094 1.96 %
Rwork0.2036 --
obs0.2044 55910 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.131 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8332 0 96 169 8597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60611872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1095122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.82290.37411320.27216756X-RAY DIFFRACTION99
2.8229-2.97170.34121360.26326730X-RAY DIFFRACTION99
2.9717-3.15780.27651460.24246775X-RAY DIFFRACTION99
3.1578-3.40160.30031260.23336818X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.74380.22951410.20196788X-RAY DIFFRACTION99
3.7438-4.28520.2031350.17346888X-RAY DIFFRACTION100
4.2852-5.39750.18831350.17526913X-RAY DIFFRACTION99
5.3975-46.1380.23191430.1967148X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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