PDB-6fs5: NMR structure of Casocidin-I antimicrobial peptide in 60% TFE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fs5

タイトル

NMR structure of Casocidin-I antimicrobial peptide in 60% TFE

要素

Alpha-S2-casein

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial peptide / TFE

機能・相同性

機能・相同性情報

response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / zymogen binding / response to growth hormone / response to progesterone / Golgi lumen / response to estradiol / defense response to bacterium / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Mercurio, F.A. / Leone, M.

引用

ジャーナル: Peptides / 年: 2019
タイトル: The antimicrobial peptides casocidins I and II: Solution structural studies in water and different membrane-mimetic environments.
著者: Mercurio, F.A. / Scaloni, A. / Caira, S. / Leone, M.

履歴

登録	2018年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fs5.cif.gz	322.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fs5.ent.gz	276.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fs5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fs5_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fs5_full_validation.pdf.gz	562.1 KB	表示
XML形式データ	6fs5_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	6fs5_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fs5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fs4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mvn-d 2k6o-d 1bzb-d 1vpc-d 2yxr-3 1ijp-d 2xus-d 4fjo-4 2oqq-d 2yxq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34238NMR structure of Casocidin-I antimicrobial peptide in 60% TFE

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-S2-casein

4.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-S2-casein 分子量: 4880.708 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 165-203 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02663

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 950 uM Casocidin-I, trifluoroethanol/water / Label: TFE60 / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 950 uM / 構成要素: Casocidin-I / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: null Not defined / Label: condition_1 / pH: 2.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Cold probe

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR		Varian	collection
XEASY		Bartels et al.	chemical shift assignment
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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