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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fs5 | ||||||
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タイトル | NMR structure of Casocidin-I antimicrobial peptide in 60% TFE | ||||||
要素 | Alpha-S2-casein | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial peptide / TFE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / zymogen binding / response to growth hormone / response to progesterone / Golgi lumen / response to estradiol / defense response to bacterium / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Mercurio, F.A. / Leone, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Peptides / 年: 2019 タイトル: The antimicrobial peptides casocidins I and II: Solution structural studies in water and different membrane-mimetic environments. 著者: Mercurio, F.A. / Scaloni, A. / Caira, S. / Leone, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fs5.cif.gz | 322.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fs5.ent.gz | 276.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fs5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fs5_validation.pdf.gz | 430.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fs5_full_validation.pdf.gz | 552 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6fs5_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fs5_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fs5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6fs4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4880.708 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 165-203 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02663 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 950 uM Casocidin-I, trifluoroethanol/water / Label: TFE60 / 溶媒系: trifluoroethanol/water |
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試料 | 濃度: 950 uM / 構成要素: Casocidin-I / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: null Not defined / Label: condition_1 / pH: 2.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Cold probe |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: target function | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |