+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6frk | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a prehandover mammalian ribosomal SRP and SRP receptor targeting complex | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSLATION / ER membrane targeting ribosome Signal recognition particle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / endoplasmic reticulum signal peptide binding / negative regulation of translational elongation / signal-recognition-particle GTPase / protein targeting to ER ...SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / endoplasmic reticulum signal peptide binding / negative regulation of translational elongation / signal-recognition-particle GTPase / protein targeting to ER / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / exocrine pancreas development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / cytoplasmic microtubule / vesicle-mediated transport / neutrophil chemotaxis / intracellular protein transport / GDP binding / ribosome binding / nuclear speck / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) Canis lupus familiaris (イヌ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kobayashi, K. / Jomaa, A. / Ban, N. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of a prehandover mammalian ribosomal SRP·SRP receptor targeting complex. 著者: Kan Kobayashi / Ahmad Jomaa / Jae Ho Lee / Sowmya Chandrasekar / Daniel Boehringer / Shu-Ou Shan / Nenad Ban / 要旨: Signal recognition particle (SRP) targets proteins to the endoplasmic reticulum (ER). SRP recognizes the ribosome synthesizing a signal sequence and delivers it to the SRP receptor (SR) on the ER ...Signal recognition particle (SRP) targets proteins to the endoplasmic reticulum (ER). SRP recognizes the ribosome synthesizing a signal sequence and delivers it to the SRP receptor (SR) on the ER membrane followed by the transfer of the signal sequence to the translocon. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the mammalian translating ribosome in complex with SRP and SR in a conformation preceding signal sequence handover. The structure visualizes all eukaryotic-specific SRP and SR proteins and reveals their roles in stabilizing this conformation by forming a large protein assembly at the distal site of SRP RNA. We provide biochemical evidence that the guanosine triphosphate hydrolysis of SRP·SR is delayed at this stage, possibly to provide a time window for signal sequence handover to the translocon. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6frk.cif.gz | 4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6frk.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6frk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6frk_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6frk_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6frk_validation.xml.gz | 267.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6frk_validation.cif.gz | 458.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6frk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6frk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 12578
#1: RNA鎖 | 分子量: 96826.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: REF: 577019609 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 24437.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#5: RNA鎖 | 分子量: 1185357.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#7: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#8: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
+Ribosomal protein ... , 41種, 41分子 34ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYacde...
-60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Zb
#33: タンパク質 | 分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
---|---|
#35: タンパク質 | 分子量: 8722.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-Signal recognition particle ... , 6種, 6分子 qruwxz
#50: タンパク質 | 分子量: 12159.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: J9PAS6 |
---|---|
#51: タンパク質 | 分子量: 67314.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P33731 |
#53: タンパク質 | 分子量: 65569.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: Q00004 |
#55: タンパク質 | 分子量: 8694.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P21262 |
#56: タンパク質 | 分子量: 55775.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P61010 |
#58: タンパク質 | 分子量: 12512.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P16255 |
-SRP receptor ... , 2種, 2分子 vy
#54: タンパク質 | 分子量: 23588.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: SRPRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1STG2 |
---|---|
#57: タンパク質 | 分子量: 72232.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: SRPRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1TCX6 |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 6t
#52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1262.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 22217.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-非ポリマー , 4種, 139分子
#59: 化合物 | ChemComp-MG / #60: 化合物 | #61: 化合物 | ChemComp-GTP / | #62: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45800 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL |