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- PDB-6fps: Crystal structure of 4-oxalocrotonate tautomerase triple mutant L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fps
タイトルCrystal structure of 4-oxalocrotonate tautomerase triple mutant L8Y/M45Y/F50A
要素2-hydroxymuconate tautomerase
キーワードISOMERASE / 2-hydroxymuconate tautomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


xylene catabolic process / 2-hydroxymuconate tautomerase / toluene catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pijning, T. / Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号
European Research Council - European Union Horizon 2020 research and innovation Programme635595 オランダ
European Research Council - European Union Horizon 2020 research and innovation Programme713483 オランダ
引用ジャーナル: ACS Catal / : 2019
タイトル: Enantioselective Synthesis of Pharmaceutically Active gamma-Aminobutyric Acids Using a Tailor-Made Artificial Michaelase in One-Pot Cascade Reactions.
著者: Biewenga, L. / Saravanan, T. / Kunzendorf, A. / van der Meer, J.Y. / Pijning, T. / Tepper, P.G. / van Merkerk, R. / Charnock, S.J. / Thunnissen, A.W.H. / Poelarends, G.J.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
D: 2-hydroxymuconate tautomerase
E: 2-hydroxymuconate tautomerase
F: 2-hydroxymuconate tautomerase
G: 2-hydroxymuconate tautomerase
H: 2-hydroxymuconate tautomerase
I: 2-hydroxymuconate tautomerase
J: 2-hydroxymuconate tautomerase
K: 2-hydroxymuconate tautomerase
L: 2-hydroxymuconate tautomerase
M: 2-hydroxymuconate tautomerase
N: 2-hydroxymuconate tautomerase
O: 2-hydroxymuconate tautomerase
P: 2-hydroxymuconate tautomerase
Q: 2-hydroxymuconate tautomerase
R: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,08620
ポリマ-122,89918
非ポリマー1872
6,143341
1
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
D: 2-hydroxymuconate tautomerase
E: 2-hydroxymuconate tautomerase
F: 2-hydroxymuconate tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9666
ポリマ-40,9666
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
2
G: 2-hydroxymuconate tautomerase
H: 2-hydroxymuconate tautomerase
I: 2-hydroxymuconate tautomerase
J: 2-hydroxymuconate tautomerase
K: 2-hydroxymuconate tautomerase
L: 2-hydroxymuconate tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9666
ポリマ-40,9666
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12750 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
3
M: 2-hydroxymuconate tautomerase
N: 2-hydroxymuconate tautomerase
O: 2-hydroxymuconate tautomerase
P: 2-hydroxymuconate tautomerase
Q: 2-hydroxymuconate tautomerase
R: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1538
ポリマ-40,9666
非ポリマー1872
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.046, 99.509, 118.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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199LYSLYSHH1 - 591 - 59
299LYSLYSII1 - 591 - 59
1100SERSERHH1 - 581 - 58
2100SERSERJJ1 - 581 - 58
1101LYSLYSHH1 - 591 - 59
2101LYSLYSKK1 - 591 - 59
1102ALAALAHH1 - 571 - 57
2102ALAALALL1 - 571 - 57
1103LYSLYSHH1 - 591 - 59
2103LYSLYSMM1 - 591 - 59
1104SERSERHH1 - 581 - 58
2104SERSERNN1 - 581 - 58
1105ALAALAHH1 - 571 - 57
2105ALAALAOO1 - 571 - 57
1106SERSERHH1 - 581 - 58
2106SERSERPP1 - 581 - 58
1107SERSERHH1 - 581 - 58
2107SERSERQQ1 - 581 - 58
1108ALAALAHH1 - 571 - 57
2108ALAALARR1 - 571 - 57
1109SERSERII1 - 581 - 58
2109SERSERJJ1 - 581 - 58
1110LYSLYSII1 - 591 - 59
2110LYSLYSKK1 - 591 - 59
1111ALAALAII1 - 571 - 57
2111ALAALALL1 - 571 - 57
1112LYSLYSII1 - 591 - 59
2112LYSLYSMM1 - 591 - 59
1113SERSERII1 - 581 - 58
2113SERSERNN1 - 581 - 58
1114ALAALAII1 - 571 - 57
2114ALAALAOO1 - 571 - 57
1115SERSERII1 - 581 - 58
2115SERSERPP1 - 581 - 58
1116SERSERII1 - 581 - 58
2116SERSERQQ1 - 581 - 58
1117ALAALAII1 - 571 - 57
2117ALAALARR1 - 571 - 57
1118SERSERJJ1 - 581 - 58
2118SERSERKK1 - 581 - 58
1119ALAALAJJ1 - 571 - 57
2119ALAALALL1 - 571 - 57
1120SERSERJJ1 - 581 - 58
2120SERSERMM1 - 581 - 58
1121LYSLYSJJ1 - 591 - 59
2121LYSLYSNN1 - 591 - 59
1122ALAALAJJ1 - 571 - 57
2122ALAALAOO1 - 571 - 57
1123LYSLYSJJ1 - 591 - 59
2123LYSLYSPP1 - 591 - 59
1124LYSLYSJJ1 - 591 - 59
2124LYSLYSQQ1 - 591 - 59
1125ALAALAJJ1 - 571 - 57
2125ALAALARR1 - 571 - 57
1126ALAALAKK1 - 571 - 57
2126ALAALALL1 - 571 - 57
1127LYSLYSKK1 - 591 - 59
2127LYSLYSMM1 - 591 - 59
1128SERSERKK1 - 581 - 58
2128SERSERNN1 - 581 - 58
1129ALAALAKK1 - 571 - 57
2129ALAALAOO1 - 571 - 57
1130SERSERKK1 - 581 - 58
2130SERSERPP1 - 581 - 58
1131SERSERKK1 - 581 - 58
2131SERSERQQ1 - 581 - 58
1132ALAALAKK1 - 571 - 57
2132ALAALARR1 - 571 - 57
1133ALAALALL1 - 571 - 57
2133ALAALAMM1 - 571 - 57
1134ALAALALL1 - 571 - 57
2134ALAALANN1 - 571 - 57
1135SERSERLL1 - 581 - 58
2135SERSEROO1 - 581 - 58
1136ALAALALL1 - 571 - 57
2136ALAALAPP1 - 571 - 57
1137ALAALALL1 - 571 - 57
2137ALAALAQQ1 - 571 - 57
1138SERSERLL1 - 581 - 58
2138SERSERRR1 - 581 - 58
1139SERSERMM1 - 581 - 58
2139SERSERNN1 - 581 - 58
1140ALAALAMM1 - 571 - 57
2140ALAALAOO1 - 571 - 57
1141SERSERMM1 - 581 - 58
2141SERSERPP1 - 581 - 58
1142SERSERMM1 - 581 - 58
2142SERSERQQ1 - 581 - 58
1143ALAALAMM1 - 571 - 57
2143ALAALARR1 - 571 - 57
1144ALAALANN1 - 571 - 57
2144ALAALAOO1 - 571 - 57
1145ARGARGNN1 - 621 - 62
2145ARGARGPP1 - 621 - 62
1146ARGARGNN1 - 621 - 62
2146ARGARGQQ1 - 621 - 62
1147ALAALANN1 - 571 - 57
2147ALAALARR1 - 571 - 57
1148ALAALAOO1 - 571 - 57
2148ALAALAPP1 - 571 - 57
1149ALAALAOO1 - 571 - 57
2149ALAALAQQ1 - 571 - 57
1150SERSEROO1 - 581 - 58
2150SERSERRR1 - 581 - 58
1151ARGARGPP1 - 621 - 62
2151ARGARGQQ1 - 621 - 62
1152ALAALAPP1 - 571 - 57
2152ALAALARR1 - 571 - 57
1153ALAALAQQ1 - 571 - 57
2153ALAALARR1 - 571 - 57

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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40
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56
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67
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152
153

-
要素

#1: タンパク質
2-hydroxymuconate tautomerase / 4-oxalocrotonate tautomerase / 4-OT


分子量: 6827.736 Da / 分子数: 18 / 変異: L8Y, M45Y, F50A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xylH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01468, 2-hydroxymuconate tautomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M bistris-propane HCl, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033216 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033216 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.86 Å / Num. obs: 84372 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 685428 / Scaling rejects: 75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 7.7 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.931.52644170.7420.5861.637100
10.05-45.860.02566110.0090.02799.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å45.86 Å
Translation1.9 Å45.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0210精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB: 4X19
解像度: 1.9→45.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 8.982 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.141
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 4096 4.9 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.2016 80195 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.65 Å2 / Biso mean: 39.268 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→45.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8166 0 11 341 8518
Biso mean--52.2 38.74 -
残基数----1069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.9711332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.847318909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.68551087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62223.579366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.749151554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6911581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021595
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A15640.06
12B15640.06
21A15820.08
22C15820.08
31A16190.05
32D16190.05
41A15770.06
42E15770.06
51A15520.07
52F15520.07
61A15790.09
62G15790.09
71A16160.07
72H16160.07
81A16140.07
82I16140.07
91A15850.06
92J15850.06
101A16110.06
102K16110.06
111A15120.07
112L15120.07
121A15930.08
122M15930.08
131A15620.09
132N15620.09
141A15450.08
142O15450.08
151A15720.06
152P15720.06
161A15480.07
162Q15480.07
171A15290.08
172R15290.08
181B15180.08
182C15180.08
191B15600.04
192D15600.04
201B15440.06
202E15440.06
211B16190.04
212F16190.04
221B15390.08
222G15390.08
231B15600.05
232H15600.05
241B15520.07
242I15520.07
251B15700.04
252J15700.04
261B15390.06
262K15390.06
271B15560.06
272L15560.06
281B15360.07
282M15360.07
291B15450.07
292N15450.07
301B15900.05
302O15900.05
311B15400.06
312P15400.06
321B15190.06
322Q15190.06
331B15670.07
332R15670.07
341C15770.08
342D15770.08
351C15360.08
352E15360.08
361C15290.08
362F15290.08
371C15520.09
372G15520.09
381C15940.07
382H15940.07
391C15970.07
392I15970.07
401C15450.08
402J15450.08
411C15740.07
412K15740.07
421C15210.06
422L15210.06
431C15660.09
432M15660.09
441C15860.06
442N15860.06
451C15280.08
452O15280.08
461C15560.07
462P15560.07
471C15380.07
472Q15380.07
481C15340.07
482R15340.07
491D15680.06
492E15680.06
501D15690.06
502F15690.06
511D15780.09
512G15780.09
521D16480.05
522H16480.05
531D16180.07
532I16180.07
541D16000.04
542J16000.04
551D15940.06
552K15940.06
561D15320.06
562L15320.06
571D16120.07
572M16120.07
581D15910.07
582N15910.07
591D15750.07
592O15750.07
601D15810.05
602P15810.05
611D15540.06
612Q15540.06
621D15510.07
622R15510.07
631E15290.07
632F15290.07
641E16050.09
642G16050.09
651E15420.07
652H15420.07
661E15640.06
662I15640.06
671E16170.06
672J16170.06
681E15650.04
682K15650.04
691E14910.07
692L14910.07
701E15540.06
702M15540.06
711E15540.09
712N15540.09
721E15090.08
722O15090.08
731E15810.06
732P15810.06
741E15530.06
742Q15530.06
751E15010.08
752R15010.08
761F15280.09
762G15280.09
771F15480.06
772H15480.06
781F15400.07
782I15400.07
791F15720.05
792J15720.05
801F15250.07
802K15250.07
811F15690.06
812L15690.06
821F15260.08
822M15260.08
831F15510.06
832N15510.06
841F15840.06
842O15840.06
851F15370.06
852P15370.06
861F15140.06
862Q15140.06
871F15740.06
872R15740.06
881G15750.09
882H15750.09
891G15970.07
892I15970.07
901G16130.1
902J16130.1
911G15780.07
912K15780.07
921G14930.1
922L14930.1
931G15740.08
932M15740.08
941G15870.1
942N15870.1
951G15440.09
952O15440.09
961G15940.08
962P15940.08
971G15790.08
972Q15790.08
981G15330.09
982R15330.09
991H16200.06
992I16200.06
1001H15820.05
1002J15820.05
1011H15980.05
1012K15980.05
1021H15140.07
1022L15140.07
1031H15980.08
1032M15980.08
1041H15860.06
1042N15860.06
1051H15690.05
1052O15690.05
1061H15820.04
1062P15820.04
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Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 307 -
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all-6177 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
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17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 62
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 58

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る