PDB-6fp9: Crystal structure of anti-mTFP1 DARPin 1238_E11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fp9

タイトル

Crystal structure of anti-mTFP1 DARPin 1238_E11

要素

DARPin 1238_E11

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Darpin / protein binder / designed ankyrin repeat proteins

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Vigano, M.A. / Bieli, D. / Matsuda, S. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Affolter, M. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Biol Open / 年: 2018
タイトル: DARPins recognizing mTFP1 as novel reagents forin vitroandin vivoprotein manipulations.
著者: Vigano, M.A. / Bieli, D. / Schaefer, J.V. / Jakob, R.P. / Matsuda, S. / Maier, T. / Pluckthun, A. / Affolter, M.

履歴

登録	2018年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fp9.cif.gz	201.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fp9.ent.gz	164.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fp7C 6fp8C 6fpaC 6fpbC 4ydyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hb6-2 6o2v-1 6d74-d 5op3-d 4lg6-d 6erj-1 3kep-1 5hb6-1 6fpa-2 5y30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: DARPin 1238_E11

A: DARPin 1238_E11

ヘテロ分子

40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: DARPin 1238_E11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DARPin 1238_E11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.746, 91.597, 54.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DARPin 1238_E11 分子量: 19879.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DE NOVO PROTEIN, designed ankyrin repeat protein / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQiq / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 20% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.51 Å / Num. obs: 25698 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.975 / R_rim(I) all: 0.273 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1843 / R_rim(I) all: 1.54 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2131: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YDY

4ydy

解像度: 2.1→48.51 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2049	1308	5.09 %
R_work	0.1621	-	-
obs	0.1643	25698	97.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2536	0	17	434	2987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2612
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	3544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.862	1543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1841	0.2841	122	0.2431	2427	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1841-2.2835	0.2502	138	0.2136	2645	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2835-2.4039	0.2333	146	0.1855	2713	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4039-2.5545	0.2132	160	0.1606	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5545-2.7517	0.197	156	0.153	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7517-3.0286	0.213	151	0.1575	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0286-3.4667	0.2047	163	0.1484	2763	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4667-4.3672	0.1489	125	0.1213	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3672-48.5232	0.1889	147	0.1652	2821	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.965	0.0552	-0.4839	1.0124	-0.665	1.0762	0.0417	-0.1105	-0.2281	-0.0421	0.0001	0.0551	0.1217	-0.0624	0.1307	0.0805	-0.0221	-0.0168	0.0706	0.0442	0.2199	60.3738	-32.9011	20.1111
2	1.2484	-0.1019	0.0232	1.6591	0.4998	1.5961	0.0288	-0.1393	-0.2462	0.0516	-0.0182	-0.0328	0.0826	0.0023	0.0032	0.0495	-0.0126	-0.0144	0.032	0.0153	0.0918	58.7619	-24.1828	19.0017
3	0.9005	-0.2045	-0.1873	1.3253	0.3011	0.8014	0.0231	-0.1127	0.1649	-0.0729	-0.0438	0.066	-0.0747	-0.0072	-0.0005	0.0631	-0.0175	0.0072	0.0523	-0.0021	0.0672	52.4077	-8.0445	21.0541
4	4.1778	2.2447	-0.4592	5.2523	-0.8223	3.7412	0.0771	0.001	0.4494	0.2119	-0.0166	0.2248	-0.1568	-0.0418	-0.0479	0.0717	-0.021	-0.0184	0.0741	-0.0665	0.1829	51.9138	7.4891	27.7171
5	2.9665	-1.3272	1.114	1.007	-0.046	0.9141	0.059	-0.1966	-0.27	0.2177	0.0046	0.1344	0.029	-0.1566	-0.0578	0.0523	-0.0116	0.0029	0.1344	0.0235	0.1576	88.1036	-22.2473	21.1697
6	1.2567	-0.0817	0.723	0.819	-0.0037	0.8035	-0.0831	0.2686	0.0215	-0.042	-0.0189	-0.0967	-0.1632	0.2295	0.0589	0.0744	-0.0237	-0.0105	0.1079	0.0426	0.1171	83.3888	-22.1357	13.3153
7	1.4275	-0.7697	0.254	0.991	-0.2336	1.1702	0.0346	0.1825	0.0322	-0.1584	-0.1217	-0.154	-0.0878	0.1646	0.0656	0.1136	0.0049	0.0032	0.1095	0.0136	0.0719	74.6974	-21.0356	3.6987
8	2.5122	-0.1554	0.6473	2.2936	-0.2317	2.1405	0.2379	0.2523	-0.043	-0.0573	-0.0333	0.1712	0.0125	-0.2602	-0.1378	0.1854	0.0402	0.0091	0.2064	0.0596	0.0903	65.1431	-17.3874	-3.4419
9	0.7164	0.6877	-0.8425	1.4013	0.1989	4.39	-0.0134	0.0526	0.1184	0.1175	0.0762	0.2395	-0.3769	-0.4879	-0.0893	0.1747	0.0858	0.03	0.2311	0.0771	0.1089	62.7647	-10.3087	-9.6598
10	2.5041	-1.2537	-0.2835	0.8233	-0.0099	0.2646	0.0419	-0.1638	0.0628	0.0174	-0.0708	-0.066	0.0432	0.0046	-0.1367	0.1464	-0.0757	0.084	0.2962	0.0632	0.3114	71.3856	-23.3063	-18.643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 14 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 38 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 71 through 160 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 161 through 176 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 12 through 37 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 38 through 70 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 71 through 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 128 through 160 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 161 through 173 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 174 through 182 )

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