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- PDB-6fp5: Crystal structure of ZAD-domain of CG2712 protein from D.melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fp5
タイトルCrystal structure of ZAD-domain of CG2712 protein from D.melanogaster
要素CG2712
キーワードTRANSCRIPTION / Architectural protein / insulator / BTB-domain / CP190 / chromosome
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin => GO:0000785 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger associated domain (zf-AD) / Zinc finger, AD-type / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Bonchuk, A.N. / Kachalova, G.S. / Georgiev, P.G. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of diversity and homodimerization specificity of zinc-finger-associated domains in Drosophila.
著者: Bonchuk, A. / Boyko, K. / Fedotova, A. / Nikolaeva, A. / Lushchekina, S. / Khrustaleva, A. / Popov, V. / Georgiev, P.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG2712
B: CG2712
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6855
ポリマ－23,4622
非ポリマー2233
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.650, 97.650, 48.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-366-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 92 / Label seq-ID: 15 - 97

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 CG2712 / LD39664p


分子量: 11730.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: EG:95B7.7, anon-3Be, Dmel\CG2712, III, CG2712, Dmel_CG2712
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q960Q9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5; 1.3M Magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 and 1.28268
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.282681
反射解像度: 2→97.65 Å / Num. obs: 16137 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 119795 / Scaling rejects: 41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.057.80.75911730.9470.2740.80999.7
8.94-97.656.90.0582230.990.0230.06396

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→69.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.823 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1923 779 4.8 %RANDOM
Rwork0.1597 ---
obs0.1613 15331 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.18 Å2 / Biso mean: 31.306 Å2 / Biso min: 15.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.98 Å2-0 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→69.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 8 145 1464
Biso mean--27.8 38.87 -
残基数----170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0191391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2692.0211883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5025172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44320.76952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52515253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6511516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0221018
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4796 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 40 -
Rwork0.179 1132 -
all-1172 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8328-1.3864-0.08972.74330.88641.0667-0.01140.0141-0.0162-0.045-0.02190.15690.01670.0140.03330.00950.0026-0.00940.0226-0.00510.060211.87834.48718.948
21.9187-2.2859-0.50474.3977-0.28171.37150.06680.03290.2185-0.23890.013-0.4043-0.01020.2499-0.07970.0452-0.01130.03690.1469-0.00150.100327.48624.44411.51
30.8667-0.7937-0.67351.96390.82231.10090.05310.06030.0412-0.1568-0.05710.0347-0.01240.08590.0040.13630.0364-0.02080.16960.00950.192817.69830.95916.044
40.3599-0.16210.32040.7022-0.12090.28790.02590.1263-0.01280.0535-0.00130.03280.02820.1174-0.02460.0950.05860.00610.08270.00040.114416.43429.9779.262
520.1023.43992.1230.58870.36320.22460.01760.0677-0.15120.00120.0076-0.02480.00420.0091-0.02520.23990.03770.01310.0349-0.00710.14318.74627.75425.523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3A301 - 384
4X-RAY DIFFRACTION3B301 - 360
5X-RAY DIFFRACTION4A201
6X-RAY DIFFRACTION4B201
7X-RAY DIFFRACTION5A202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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