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万見
- PDB-6fop: Glycoside hydrolase family 81 from Clostridium thermocellum (CtLa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fop
タイトルGlycoside hydrolase family 81 from Clostridium thermocellum (CtLam81A), Mutant E515A
要素Glycoside hydrolase family 81
キーワードHYDROLASE / GH81 / Glycoside hydrolase / Clostridium thermocellum / glucanase / Laminarin
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,3-beta-glucanase activity, C-3 substituted reducing group / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Endo-1,3(4)-beta-glucanase / Glycosyl hydrolase family 81, C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 81 C-terminal domain / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Glycoside hydrolase family 81
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Correia, M.A.S.C. / Carvalho, A.L.
資金援助 ポルトガル, 5件
組織認可番号国
FCTUID/Multi/04378/2013 ポルトガル
FCTPTDC/BBB-BEP/0869/2014 ポルトガル
FCTIF/01621/2013/CP1183/CT0002 ポルトガル
FCTPTDC/BIA-MIC/5947 ポルトガル
FCTPEst-C/EQB/LA0006/2013 ポルトガル
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2018
タイトル: Novel insights into the degradation of beta-1,3-glucans by the cellulosome of Clostridium thermocellum revealed by structure and function studies of a family 81 glycoside hydrolase.
著者: Kumar, K. / Correia, M.A.S. / Pires, V.M.R. / Dhillon, A. / Sharma, K. / Rajulapati, V. / Fontes, C.M.G.A. / Carvalho, A.L. / Goyal, A.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 81
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,06030
ポリマ－80,0011
非ポリマー2,05929
水12,863714
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.917, 139.033, 197.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-818-

CL

21A-829-

NI

31A-917-

HOH

41A-1519-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 81


分子量: 80001.039 Da / 分子数: 1 / 変異: E515A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0660 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DD66

-
非ポリマー , 8種, 743分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% (w/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M sodium acetate pH4,6 and 0.02M calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.15 Å / Num. obs: 166379 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 1103933
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.426.90.6085583881470.9042.899
7.67-45.156.60.058749811430.9943599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K3A

4k3a


解像度: 1.4→45.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 1.577 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.039
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1327 8356 5 %RANDOM
Rwork0.1077 ---
obs0.1089 158020 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.42 Å2 / Biso mean: 19.355 Å2 / Biso min: 10.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20 Å2-0 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5660 0 119 714 6493
Biso mean--34.18 33.83 -
残基数----717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9458393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.959312833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3165775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41924.212273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.59315921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6921517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.625311678
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.5955208
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.287512004
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 645 -
Rwork0.203 11472 -
all-12117 -
obs--98.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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