PDB-6fog: X-ray structure of homo sapiens Fumarylacetoacetate hydrolase dom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fog

タイトル

X-ray structure of homo sapiens Fumarylacetoacetate hydrolase domain containing protein 1 (FAHD1) in complex with inhibitor oxalate at 1.94A resolution.

要素

Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

キーワード

hydrolase/lyase / FAHD 1 / Fumarylacetoacetate hydrolase domain containing protein 1 / oxalate / inhibitor / hydrolase-lyase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oxaloacetate tautomerase / acylpyruvate hydrolase / fumarylpyruvate hydrolase activity / acylpyruvate hydrolase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate decarboxylase / oxaloacetate decarboxylase activity / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Naschberger, A. / Weiss, A.K.H.

資金援助

オーストリア, 3件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the bi-functionality of human oxaloacetate decarboxylase FAHD1.
著者: Weiss, A.K.H. / Naschberger, A. / Loeffler, J.R. / Gstach, H. / Bowler, M.W. / Holzknecht, M. / Cappuccio, E. / Pittl, A. / Etemad, S. / Dunzendorfer-Matt, T. / Scheffzek, K. / Liedl, K.R. / Jansen-Durr, P.

履歴

登録	2018年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fog.cif.gz	672.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fog.ent.gz	554.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fohC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l5n-1 5izj-2 2wni-3 4oh4-1 3djd-2 6sbj-1 6sbi-2 4hx6-3 3sq8-3 6foh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

G: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

F: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

D: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

B: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

C: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

H: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

E: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

ヘテロ分子

200 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

C: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50 kDa, 2 ポリマー
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2

G: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

E: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
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3

F: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

H: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

B: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.984, 116.679, 125.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	6 - 221	6 - 221
2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	G	B	6 - 221	6 - 221
1	2	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	9 - 222	9 - 222
2	2	PRO	PRO	PRO	PRO	F	C	9 - 222	9 - 222
1	3	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	9 - 222	9 - 222
2	3	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	9 - 222	9 - 222
1	4	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	6 - 221	6 - 221
2	4	ALA	ALA	LYS	LYS	B	E	6 - 221	6 - 221
1	5	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	9 - 222	9 - 222
2	5	PRO	PRO	PRO	PRO	C	F	9 - 222	9 - 222
1	6	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	6 - 221	6 - 221
2	6	ALA	ALA	LYS	LYS	H	G	6 - 221	6 - 221
1	7	ARG	ARG	LYS	LYS	A	A	8 - 221	8 - 221
2	7	ARG	ARG	LYS	LYS	E	H	8 - 221	8 - 221
1	8	PRO	PRO	LYS	LYS	G	B	9 - 221	9 - 221
2	8	PRO	PRO	LYS	LYS	F	C	9 - 221	9 - 221
1	9	PRO	PRO	LYS	LYS	G	B	9 - 221	9 - 221
2	9	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	9 - 221	9 - 221
1	10	ALA	ALA	PRO	PRO	G	B	6 - 222	6 - 222
2	10	ALA	ALA	PRO	PRO	B	E	6 - 222	6 - 222
1	11	PRO	PRO	LYS	LYS	G	B	9 - 221	9 - 221
2	11	PRO	PRO	LYS	LYS	C	F	9 - 221	9 - 221
1	12	ALA	ALA	PRO	PRO	G	B	6 - 222	6 - 222
2	12	ALA	ALA	PRO	PRO	H	G	6 - 222	6 - 222
1	13	ARG	ARG	LYS	LYS	G	B	8 - 221	8 - 221
2	13	ARG	ARG	LYS	LYS	E	H	8 - 221	8 - 221
1	14	PRO	PRO	GLU	GLU	F	C	9 - 223	9 - 223
2	14	PRO	PRO	GLU	GLU	D	D	9 - 223	9 - 223
1	15	PRO	PRO	LYS	LYS	F	C	9 - 221	9 - 221
2	15	PRO	PRO	LYS	LYS	B	E	9 - 221	9 - 221
1	16	PRO	PRO	PRO	PRO	F	C	9 - 222	9 - 222
2	16	PRO	PRO	PRO	PRO	C	F	9 - 222	9 - 222
1	17	PRO	PRO	LYS	LYS	F	C	9 - 221	9 - 221
2	17	PRO	PRO	LYS	LYS	H	G	9 - 221	9 - 221
1	18	PRO	PRO	LYS	LYS	F	C	9 - 221	9 - 221
2	18	PRO	PRO	LYS	LYS	E	H	9 - 221	9 - 221
1	19	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	9 - 221	9 - 221
2	19	PRO	PRO	LYS	LYS	B	E	9 - 221	9 - 221
1	20	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	9 - 222	9 - 222
2	20	PRO	PRO	PRO	PRO	C	F	9 - 222	9 - 222
1	21	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	9 - 221	9 - 221
2	21	PRO	PRO	LYS	LYS	H	G	9 - 221	9 - 221
1	22	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	9 - 221	9 - 221
2	22	PRO	PRO	LYS	LYS	E	H	9 - 221	9 - 221
1	23	PRO	PRO	LYS	LYS	B	E	9 - 221	9 - 221
2	23	PRO	PRO	LYS	LYS	C	F	9 - 221	9 - 221
1	24	ALA	ALA	PRO	PRO	B	E	6 - 222	6 - 222
2	24	ALA	ALA	PRO	PRO	H	G	6 - 222	6 - 222
1	25	ARG	ARG	LYS	LYS	B	E	8 - 221	8 - 221
2	25	ARG	ARG	LYS	LYS	E	H	8 - 221	8 - 221
1	26	PRO	PRO	LYS	LYS	C	F	9 - 221	9 - 221
2	26	PRO	PRO	LYS	LYS	H	G	9 - 221	9 - 221
1	27	PRO	PRO	LYS	LYS	C	F	9 - 221	9 - 221
2	27	PRO	PRO	LYS	LYS	E	H	9 - 221	9 - 221
1	28	ARG	ARG	LYS	LYS	H	G	8 - 221	8 - 221
2	28	ARG	ARG	LYS	LYS	E	H	8 - 221	8 - 221

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial / Fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 / FAH domain-containing protein 1 / ...Fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 / FAH domain-containing protein 1 / Oxaloacetate decarboxylase / OAA decarboxylase / YisK-like protein 分子量: 24874.969 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAHD1, C16orf36, YISKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6P587, acylpyruvate hydrolase, oxaloacetate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG4000, 50mM MgCl2, 100mM HEPES pH7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.966 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.392
1	1	-h,-k,l	2	0.608

反射

解像度: 1.94→100 Å / Num. obs: 154275 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.29 % / CC_1/2: 0.991 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 6.43

反射シェル

解像度: 1.94→2.05 Å / CC_1/2: 0.583 / R_rim(I) all: 1.005

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.94→85.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.201 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20826	7965	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18093	-	-	-
obs	0.1824	146296	94.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.808 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.55 Å²	0 Å²	-0.78 Å²
2-	-	2.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.94→85.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13467	0	64	841	14372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	13857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.624	1.91	18776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.022	3	30906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.209	5	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.383	23.633	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.551	15	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.141	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.019	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.496	4.511	6922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.494	4.51	6921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.578	8.444	8642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.578	8.444	8643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.355	5.385	6935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.355	5.385	6936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.241	9.632	10135
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.988	30.261	15036
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.988	30.262	15037
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13844	0.06
1	2	G	13844	0.06
2	1	A	13700	0.07
2	2	F	13700	0.07
3	1	A	13644	0.07
3	2	D	13644	0.07
4	1	A	13874	0.06
4	2	B	13874	0.06
5	1	A	13676	0.06
5	2	C	13676	0.06
6	1	A	13898	0.06
6	2	H	13898	0.06
7	1	A	13756	0.06
7	2	E	13756	0.06
8	1	G	13488	0.07
8	2	F	13488	0.07
9	1	G	13466	0.07
9	2	D	13466	0.07
10	1	G	13820	0.06
10	2	B	13820	0.06
11	1	G	13420	0.07
11	2	C	13420	0.07
12	1	G	13714	0.07
12	2	H	13714	0.07
13	1	G	13546	0.07
13	2	E	13546	0.07
14	1	F	13742	0.07
14	2	D	13742	0.07
15	1	F	13550	0.07
15	2	B	13550	0.07
16	1	F	13634	0.07
16	2	C	13634	0.07
17	1	F	13554	0.07
17	2	H	13554	0.07
18	1	F	13702	0.06
18	2	E	13702	0.06
19	1	D	13576	0.06
19	2	B	13576	0.06
20	1	D	13590	0.06
20	2	C	13590	0.06
21	1	D	13510	0.06
21	2	H	13510	0.06
22	1	D	13680	0.06
22	2	E	13680	0.06
23	1	B	13590	0.07
23	2	C	13590	0.07
24	1	B	13886	0.06
24	2	H	13886	0.06
25	1	B	13736	0.06
25	2	E	13736	0.06
26	1	C	13464	0.07
26	2	H	13464	0.07
27	1	C	13604	0.06
27	2	E	13604	0.06
28	1	H	13644	0.06
28	2	E	13644	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.932→1.982 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	78	-
R_work	0.249	9762	-
obs	-	-	81.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0769	0.0674	0.0577	0.151	0.1311	0.2016	0.0276	0.0243	0.0038	0.0397	0.0041	-0.0332	0.0432	-0.0114	-0.0317	0.0285	0.0021	0.022	0.0143	-0.0016	0.1111	4.6445	-0.1367	3.1551
2	0.1604	-0.0263	0.0611	0.1287	0.0175	0.2589	-0.0009	-0.0108	-0.0019	-0.003	0.019	-0.0261	-0.0463	-0.0136	-0.0181	0.0231	-0.0004	0.039	0.0044	-0.0093	0.1057	-32.616	28.8132	109.2281
3	0.2111	-0.1595	0.0364	0.1322	0.0103	0.2006	0.0276	-0.033	-0.0137	-0.0274	0.0183	-0.0037	0.0255	-0	-0.0459	0.0312	0.0056	0.0304	0.0125	0.0033	0.1051	9.9635	4.3318	43.1789
4	0.0873	0.0463	-0.0248	0.0594	0.0066	0.2552	0.0327	0.0118	0.011	0.0158	-0.0108	-0.009	-0.0172	0.0068	-0.0218	0.0282	0.0041	0.0452	0.0111	0.0058	0.1131	-27.4546	27.7936	68.5944
5	0.1001	0.0586	-0.0193	0.0732	0.0813	0.2604	0.0096	0.0082	0.0071	0.0111	0.0032	-0.0225	0.0423	-0.0018	-0.0128	0.0324	0.0063	0.0344	0.0035	-0.0004	0.1107	-32.7125	1.7073	64.9294
6	0.1143	0.1494	-0.0102	0.2113	0.0364	0.2128	0.0201	0.006	0.0027	0.0295	0.0008	0.0001	-0.0069	0.0038	-0.0208	0.0246	-0.0001	0.0385	0.0114	0.0063	0.1061	9.9064	26.0728	5.0248
7	0.167	-0.0467	-0.0108	0.084	0.0521	0.4253	0.0104	-0.0392	0.0126	-0.038	0.0276	-0.0362	-0.0717	-0.0069	-0.0379	0.0346	-0.0103	0.0517	0.0145	-0.0166	0.1162	4.5334	30.6114	44.9251
8	0.0985	0.0102	0.0443	0.0432	-0.015	0.3955	0.0246	-0.0166	-0.006	-0.0163	-0.0015	0.0017	0.0338	0.0048	-0.0231	0.0258	-0.0028	0.029	0.0033	0.003	0.1097	-27.5671	2.6521	105.6671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 223
2	X-RAY DIFFRACTION	2	G	6 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	9 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	9 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	9 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	6 - 222
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	8 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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