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- PDB-6fnv: Solution structure of mule deer prion protein with polymorphism S138 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fnv
タイトルSolution structure of mule deer prion protein with polymorphism S138
要素Major prion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / prion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / protein homooligomerization / copper ion binding / Golgi apparatus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein / Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Odocoileus hemionus (ミュールジカ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Slapsak, U. / Ilc, G. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-424 スロベニア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of mule deer prion protein with polymorphism S138
著者: Slapsak, U. / Ilc, G. / Plavec, J.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0091
ポリマ－16,0091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 2013
代表モデルモデル #113

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要素

#1: タンパク質 Major prion protein / mdPrP(S138)


分子量: 16008.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Odocoileus hemionus (ミュールジカ)
遺伝子: prnp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VS46, UniProt: P47852*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HBHA(CO)NH
1101isotropic13D C(CO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.48 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] mdPrP(S138), 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
Label: 13, 15N labeled / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.48 mMmdPrP(S138)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
10 %D2O[U-2H]1
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: mdPrP(S138) / pH: 5.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Uniform NMR System / 製造業者: Varian / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
YASARA NOVAKrieger, E. et al精密化
CYANA3.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.9.1b18Keller and Wuthrichchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
VNMRVariancollection
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: 13
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 13 / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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