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- PDB-6fnr: Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fnr
タイトルErgothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with chlorohistidine
要素Histidine N-alpha-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ergothioneine / methyltransferase / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ergothioneine biosynthetic process / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase EgtD-like / Histidine-specific methyltransferase, SAM-dependent / Histidine N-alpha-methyltransferase, Actinobacteria-type / Histidine N-alpha-methyltransferase / Histidine-specific methyltransferase, SAM-dependent / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DYT / Histidine N-alpha-methyltransferase / Histidine N-alpha-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Vit, A. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Inhibition and Regulation of the Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD.
著者: Misson, L. / Burn, R. / Vit, A. / Hildesheim, J. / Beliaeva, M.A. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine N-alpha-methyltransferase
B: Histidine N-alpha-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3178
ポリマ－70,5652
非ポリマー7526
水9,458525
1
A: Histidine N-alpha-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7685
ポリマ－35,2831
非ポリマー4854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histidine N-alpha-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5493
ポリマ－35,2831
非ポリマー2672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.153, 79.211, 136.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histidine N-alpha-methyltransferase / Histidine trimethyltransferase


分子量: 35282.695 Da / 分子数: 2 / 断片: EgtD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: egtD, ERS451418_06055 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D6J225, UniProt: A0R5M8*PLUS, L-histidine Nalpha-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 531分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DYT / (2~{S})-2-chloranyl-3-(1~{H}-imidazol-5-yl)propanoic acid


分子量: 174.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7ClN2O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M Mg-Acetate, 0.08 M Na-Cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月15日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.34 Å / Num. obs: 71952 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.849.31.26540480.6220.4281.3495.7
9-49.3410.50.0496770.9980.0150.05299.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDBID 4PIM

4pim


解像度: 1.83→41.806 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.44 / 詳細: FOURIER SYNTHESIS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1826 3445 5.02 %
Rwork0.1573 --
obs0.1586 68609 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.43 Å2 / Biso mean: 30.5125 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→41.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 0 94 525 5533
Biso mean--54.54 36.08 -
残基数----644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.016933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7061845
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.83-1.85510.29891410.25912512265399
1.8551-1.88160.22271370.235525792716100
1.8816-1.90970.24671180.215225732691100
1.9097-1.93950.22911170.202726152732100
1.9395-1.97130.20981460.190925952741100
1.9713-2.00530.25391200.187625682688100
2.0053-2.04170.20411450.175825762721100
2.0417-2.0810.18251220.171625832705100
2.081-2.12350.18291340.165425772711100
2.1235-2.16970.18541610.163825842745100
2.1697-2.22010.18911320.164925792711100
2.2201-2.27570.18431300.161625902720100
2.2757-2.33720.16441490.152525712720100
2.3372-2.40590.18211570.150425792736100
2.4059-2.48360.18631240.161426282752100
2.4836-2.57230.18211460.157225682714100
2.5723-2.67530.18531500.160325802730100
2.6753-2.79710.18421420.159526272769100
2.7971-2.94450.16441520.16326022754100
2.9445-3.12890.18471220.148826342756100
3.1289-3.37040.16421370.151126202757100
3.3704-3.70940.16921230.134726542777100
3.7094-4.24570.16211510.129426622813100
4.2457-5.34740.16091360.126326902826100
5.3474-41.81710.20111530.180128182971100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39550.171-0.41281.2410.22261.03060.0752-0.08210.02510.1307-0.0288-0.03830.02760.0565-0.01710.17280.0038-0.03330.18690.0240.1789.962814.761726.514
20.97810.5082-0.36081.16670.581.6070.059-0.05110.01680.0837-0.0122-0.23230.01570.3359-0.03040.19230.0147-0.00890.22520.02060.199317.817229.239.812
31.159-0.42780.0681.21960.17283.24890.15760.02030.02180.04960.0824-0.18580.06030.4767-0.23110.2268-0.0198-0.04020.3109-0.07430.276322.869730.076721.0363
40.41490.01270.03231.0317-0.34650.75680.0241-0.0036-0.013-0.03530.03330.0925-0.0374-0.0967-0.0550.1510.0073-0.00610.19680.00210.15623.555817.983117.7834
51.4443-0.1318-0.12210.24990.10420.8455-0.02340.0735-0.0731-0.079-0.0180.06090.02670.00840.04380.21640.0109-0.0340.16380.01420.209732.7858-2.949914.216
61.2150.1650.27771.66180.23422.2675-0.14770.07060.23230.07360.10460.0271-0.140.05630.03590.19960.0061-0.02840.19750.01060.189146.22985.430216.5057
71.3955-0.61190.17150.8560.8021.36890.02680.01210.05550.1193-0.02750.03690.0826-0.1409-0.01240.26-0.0173-0.01240.21470.04870.185442.0084.55057.4917
81.74250.7847-0.61461.5435-0.01291.4230.0528-0.0439-0.3081-0.0695-0.1006-0.01080.06160.12910.02830.24730.0277-0.03360.18040.02080.219443.7547-7.212414.0535
91.7467-0.2657-0.02720.518-0.13980.7720.05050.0058-0.4301-0.1-0.00420.15360.2164-0.09-0.04060.2409-0.0083-0.04150.1461-0.00570.292722.3407-12.290416.4614
102.2237-0.3050.06542.14030.05761.40190.0149-0.1438-0.3220.0011-0.0882-0.17120.22810.23680.08290.17380.0525-0.03190.21270.07110.202444.3852-11.96127.7252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 57 )A0 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 90 )A58 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 145 )A91 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 146 through 321 )A146 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -1 through 90 )B-1 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 91 through 115 )B91 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 116 through 145 )B116 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 146 through 168 )B146 - 168
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 169 through 288 )B169 - 288
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 289 through 321 )B289 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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