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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fmb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the BEC1054 RNase-like effector from the fungal pathogen Blumeria graminis | ||||||
![]() | CSEP0064 putative effector protein | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Blumeria graminis / effector / CSEP0064/BEC1054 / RIP / Bimolecular Fluorescence Complementation / split YFP / RALPH / RNA-binding protein / RNase structure / fungal pathogen | ||||||
機能・相同性 | : / host cell / extracellular region / Secreted effector CSEP0064![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jones, R. / Garnett, J. / Spanu, P.D. / Cota, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the BEC1054 RNase-like effector from the fungal pathogen Blumeria graminis 著者: Jones, R. / Garnett, J. / Spanu, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 409.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 409.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10781.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BGHDH14_bgh02874 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Purified CSEP0064/BEC1054 was dialysed into crystallisation buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.0) and concentrated to 10 mg/ml for crystallisation. Commercially available solution ...詳細: Purified CSEP0064/BEC1054 was dialysed into crystallisation buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.0) and concentrated to 10 mg/ml for crystallisation. Commercially available solution conditions for crystallisation (Hampton Research,CA, USA) were screened. The protein was combined with the mother liquor on a 1:1 ratio in 200 nl drops. Crystals obtained in 0.1 M sodium acetate buffer pH 5.0, supplemented with 30% PEG 4000, 0.4 M (NH4)2SO4 were cryoprotected with 30% glycerol and flash frozen for data collection. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月1日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.3→52.51 Å / Num. obs: 21286 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 23.4 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1483 / CC1/2: 0.996 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.399 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.3→52.41 Å
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拘束条件 |
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