PDB-6fmb: Crystal structure of the BEC1054 RNase-like effector from the fun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fmb

タイトル

Crystal structure of the BEC1054 RNase-like effector from the fungal pathogen Blumeria graminis

要素

CSEP0064 putative effector protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) /

Blumeria graminis / effector / CSEP0064/BEC1054 / RIP / Bimolecular Fluorescence Complementation / split YFP /

RALPH /

RNA-binding protein (RNA結合タンパク質) / RNase structure /

fungal pathogen

機能・相同性

: /

宿主 / extracellular region / Secreted effector CSEP0064

機能・相同性情報

生物種

Blumeria graminis f. sp. hordei (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Jones, R. / Garnett, J. / Spanu, P.D. / Cota, E.

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the BEC1054 RNase-like effector from the fungal pathogen Blumeria graminis
著者: Jones, R. / Garnett, J. / Spanu, P.D.

履歴

登録	2018年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fmb.cif.gz	52.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fmb.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fmb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4a76-2 1j4i-d 4a76-1 2k0x-d 3r9l-d 4wco-2 2bf5-1 4hbm-3 2v87-1 3zgp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CSEP0064 putative effector protein

10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.520, 60.520, 78.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-136- HOH
2	1	A-164- HOH

#1: タンパク質	CSEP0064 putative effector protein 分子量: 10781.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Blumeria graminis f. sp. hordei (菌類) 遺伝子: BGHDH14_bgh02874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N1JJ94
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Purified CSEP0064/BEC1054 was dialysed into crystallisation buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.0) and concentrated to 10 mg/ml for crystallisation. Commercially available solution ...詳細: Purified CSEP0064/BEC1054 was dialysed into crystallisation buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.0) and concentrated to 10 mg/ml for crystallisation. Commercially available solution conditions for crystallisation (Hampton Research,CA, USA) were screened. The protein was combined with the mother liquor on a 1:1 ratio in 200 nl drops. Crystals obtained in 0.1 M sodium acetate buffer pH 5.0, supplemented with 30% PEG 4000, 0.4 M (NH4)2SO4 were cryoprotected with 30% glycerol and flash frozen for data collection.

結晶

マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.97 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Purified CSEP0064/BEC1054 was dialysed into crystallisation buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.0) and concentrated to 10 mg/ml for crystallisation. Commercially available solution ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.92, 0.95

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92	1
2	0.95	1

反射

解像度: 1.3→52.51 Å / Num. obs: 21286 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 23.4

反射シェル

解像度: 1.3→1.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1483 / CC_1/2: 0.996

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→52.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.469 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17645	1092	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14374	-	-	-
obs	0.14536	20158	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.3→52.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	744	0	0	86	830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	801
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.913	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.114	3	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.649	5	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.996	23.171	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.299	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.093	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.77	1.402	398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.77	1.401	398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.283	2.097	498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.29	2.106	499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.178	1.506	403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.176	1.513	404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.637	2.19	592
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.517	12.588	959
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.185	11.915	917
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.813	3	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	23.595	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.019	5	1558

LS精密化シェル

解像度: 1.302→1.336 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	92	-
R_work	0.194	1390	-
obs	-	-	96.48 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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