PDB-6fli: The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fli

タイトル

The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alkaline pH - Co-crystallization with 4-bromo cinnamic acid

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel.

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Hu, H. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a pentameric ion channel gated by alkaline pH show a widely open pore and identify a cavity for modulation.
著者: Hu, H. / Nemecz, A. / Van Renterghem, C. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fli.cif.gz	651.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fli.ent.gz	542.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fli_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fli_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	6fli_validation.xml.gz	57.1 KB	表示
CIF形式データ	6fli_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6fli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6fli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fl9C 6fvqC 6fvrC 6fvsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fvs-d 6fvr-d 6fl9-d 6fvq-d 5vdh-d 6v03-d 6plu-d 3jaf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

189 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	222.690, 112.660, 144.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Cys-loop ligand-gated ion channel

分子量: 37310.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)
遺伝子: TevJSym_bc00020 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2FID1

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-DQZ / 3-(4-bromophenyl)propanoic acid / 4-ブロモベンゼンプロピオン酸

分子量: 229.071 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉BrO₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 150mM MgCl2 100mM Tris 8.0 35% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.32 Å / Num. obs: 66506 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 61.08 Å² / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 3→3.07 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.386

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	2255	4.86 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	46370	69.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.0188 Å²	0 Å²	2.0068 Å²
2-	-	2.0296 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9892 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12810	0	165	106	13081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13375	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	18160	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4560	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		295	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2005	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13375	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.24
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.9
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1705	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15337	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3365	-	4.69 %
R_work	0.2275	1138	-
all	0.2321	1194	-
obs	-	-	24.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7467	-0.0274	-2.9933	0.4298	0.2267	2.913	0.5494	0.462	0.836	0.1235	-0.0094	0.2373	-0.5847	-0.4577	-0.54	-0.1121	0.2308	0.2173	-0.2247	0.1527	0.1016	-51.2277	19.1535	29.7589
2	4.1838	0.1815	-2.9394	0.7221	-0.1809	2.8608	0.2607	-0.8014	0.3298	0.3535	-0.0228	0.1825	-0.2472	0.5163	-0.2378	-0.1635	-0.0796	0.0767	-0.2109	-0.147	-0.271	-38.6482	9.5256	48.0501
3	4.3409	0.2688	-2.6909	0.5993	-0.1297	2.1081	-0.4172	-0.628	-0.6979	0.2607	-0.0282	0.1332	0.4142	0.353	0.4455	-0.1093	0.058	0.1167	-0.1977	0.153	-0.2159	-40.0365	-14.6207	46.1349
4	4.8515	0.026	-2.9933	0.4949	0.0369	2.6885	-0.5041	0.9014	-0.7376	0.0964	-0.0451	0.3078	0.5359	-0.8632	0.5491	-0.1162	-0.2415	0.167	-0.0615	-0.217	0.1529	-53.3969	-19.8992	26.6187
5	4.0848	-0.2219	-2.8917	0.5816	0.132	2.7028	0.1556	1.2331	0.1645	-0.003	-0.0706	0.3428	-0.1885	-1.1991	-0.085	-0.3578	0.069	-0.1087	0.5469	0.0014	-0.1194	-60.3253	1.0328	16.4539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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