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万見
- PDB-6fk7: Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS06 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fk7
タイトルCrystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS06
要素Rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RHODOPSIN / G PROTEIN-COUPLED RECEPTORS / RETINITIS PIGMENTOSA / SIGNALING PROTEIN / SENSORY TRANSDUCTION / PHOTORECEPTOR PROTEIN / KINTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / VISION / MEMBRANE / RECEPTOR / TRANSDUCER PHOTORECEPTOR / SMALL MOLECULE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / photoreceptor inner segment membrane ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / G protein-coupled photoreceptor activity / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / photoreceptor outer segment / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / photoreceptor disc membrane / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DO5 / PALMITIC ACID / Rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Mattle, D. / Standfuss, J. / Dawson, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
RocheRPF スイス
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Ligand channel in pharmacologically stabilized rhodopsin.
著者: Mattle, D. / Kuhn, B. / Aebi, J. / Bedoucha, M. / Kekilli, D. / Grozinger, N. / Alker, A. / Rudolph, M.G. / Schmid, G. / Schertler, G.F.X. / Hennig, M. / Standfuss, J. / Dawson, R.J.P.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02021年6月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0529
ポリマ－39,0351
非ポリマー3,0178
水50428
1
A: Rhodopsin
ヘテロ分子

A: Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,10318
ポリマ－78,0692
非ポリマー6,03416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_466y-1,x+1,-z+11
Buried area10370 Å2
ΔGint49 kcal/mol
Surface area32750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.391, 243.391, 111.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 39034.586 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-326 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RHO / プラスミド: PCMV-TET O / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02699

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 30分子

#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-DO5 / (2~{R},3~{R})-2-(4-chlorophenyl)-3-oxidanyl-1-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-butan-1-one


分子量: 387.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22ClNO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, D(+)-TREHALOSE, PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→49.3 Å / Num. obs: 37925 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.53 % / Rmerge(I) obs: 0.1991 / Rsym value: 0.1991 / Net I/σ(I): 9.62
反射 シェル解像度: 2.62→2.72 Å / 冗長度: 11.92 % / Rmerge(I) obs: 1.0205 / Mean I/σ(I) obs: 0.66 / Rsym value: 1.0205 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDS(VERSION Oct 15データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J4Q

4j4q


解像度: 2.62→47.647 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 1881 4.98 %
Rwork0.2361 --
obs0.2369 37795 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→47.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2591 0 205 28 2824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6573930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6371695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.69090.44161520.3892678X-RAY DIFFRACTION98
2.6909-2.770.37161480.37182723X-RAY DIFFRACTION99
2.77-2.85940.35621480.35012737X-RAY DIFFRACTION100
2.8594-2.96160.33271530.33842732X-RAY DIFFRACTION99
2.9616-3.08020.32791260.3082777X-RAY DIFFRACTION100
3.0802-3.22030.29591320.28362755X-RAY DIFFRACTION100
3.2203-3.39010.26981320.25832786X-RAY DIFFRACTION100
3.3901-3.60240.23771410.23222758X-RAY DIFFRACTION100
3.6024-3.88040.21941520.20122770X-RAY DIFFRACTION100
3.8804-4.27070.21921570.19522759X-RAY DIFFRACTION100
4.2707-4.88820.20741430.19212776X-RAY DIFFRACTION100
4.8882-6.15650.24481550.21252793X-RAY DIFFRACTION100
6.1565-47.65450.23911420.22582870X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -230.7593 Å / Origin y: 39.8132 Å / Origin z: 39.5953 Å
111213212223313233
T0.4816 Å20.0109 Å2-0.0567 Å2-0.3886 Å20.0403 Å2--0.5344 Å2
L2.0773 °20.9987 °20.1563 °2-2.7863 °2-0.0495 °2--1.0761 °2
S-0.0737 Å °0.1264 Å °0.0561 Å °-0.2639 Å °0.0462 Å °0.0412 Å °0.0176 Å °-0.0374 Å °0.023 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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