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万見
- PDB-6fk1: Cyclophilin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fk1
タイトルCyclophilin A
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードISOMERASE / Cyclophilin / PPiase / Chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / : / negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...Basigin interactions / : / negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / activation of protein kinase B activity / Neutrophil degranulation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / negative regulation of protein kinase activity / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / integrin binding / protein folding / myelin sheath / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / positive regulation of protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.299 Å
データ登録者Lisboa, J. / dos Santos, N.M.S.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
FCTPOCI-01-0145-FEDER-016608 ポルトガル
COMPETE 2020Norte-01-0145-FEDER-000012 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Production, crystallization and structure determination of cyclophilin A from Mus musculus
著者: Lisboa, J. / dos Santos, N.M.S.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1913
ポリマ－19,0671
非ポリマー1242
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area8090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.717, 61.717, 93.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A / SP18


分子量: 19066.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ppia / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17742, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.5M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98005 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.299→46.36 Å / Num. obs: 51157 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0433 / Rpim(I) all: 0.01364 / Rrim(I) all: 0.04544 / Net I/σ(I): 24.47
反射 シェル解像度: 1.299→1.346 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 5010 / CC1/2: 0.392 / Rpim(I) all: 0.6622 / % possible all: 98.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2cpl

2cpl


解像度: 1.299→46.357 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1811 2594 5.07 %
Rwork0.1627 --
obs0.1636 51120 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.299→46.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1300 0 8 110 1418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3721833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.464804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2993-1.32290.35071470.36442437X-RAY DIFFRACTION98
1.3229-1.34830.38141350.36842551X-RAY DIFFRACTION100
1.3483-1.37590.3211270.35872513X-RAY DIFFRACTION100
1.3759-1.40580.32061220.34242544X-RAY DIFFRACTION100
1.4058-1.43850.3651400.32162503X-RAY DIFFRACTION100
1.4385-1.47450.37721360.29672539X-RAY DIFFRACTION100
1.4745-1.51430.25211170.25342547X-RAY DIFFRACTION100
1.5143-1.55890.2561460.20112518X-RAY DIFFRACTION100
1.5589-1.60920.19141270.16282543X-RAY DIFFRACTION100
1.6092-1.66670.16781290.14312560X-RAY DIFFRACTION100
1.6667-1.73350.1781580.14332501X-RAY DIFFRACTION100
1.7335-1.81240.16451480.14732544X-RAY DIFFRACTION100
1.8124-1.90790.16181270.14672544X-RAY DIFFRACTION100
1.9079-2.02750.15391490.14432562X-RAY DIFFRACTION100
2.0275-2.1840.16711190.14372591X-RAY DIFFRACTION100
2.184-2.40380.19141340.14762574X-RAY DIFFRACTION100
2.4038-2.75160.17971550.16922573X-RAY DIFFRACTION100
2.7516-3.46650.15721390.15872632X-RAY DIFFRACTION100
3.4665-46.38610.16371390.13962750X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40060.16010.47120.62190.20930.4564-0.1134-0.05120.0089-0.02180.00260.0474-0.07390.0236-00.2318-0.03470.01060.2136-0.0180.2122-6.199243.863499.3109
20.81910.77530.41050.79950.24440.4341-0.10940.0420.0258-0.11030.09780.0864-0.25410.18160.00040.2328-0.0299-0.00240.1891-0.00290.1886-5.224141.25793.2499
30.18680.12030.18050.1180.12450.1744-0.0183-0.0690.1105-0.0589-0.05350.5328-0.2477-0.184-0.00020.28590.0124-0.04090.2405-0.01650.2912-16.1144.169494.7474
40.30840.2405-0.15530.186-0.07650.13020.0523-0.1661-0.09650.153-0.04650.39550.1499-0.2812-00.2648-0.0331-0.00680.24570.00890.2878-17.005932.139498.2706
50.67510.56040.40450.82940.3450.8304-0.07230.0744-0.0626-0.01970.06180.0533-0.0139-0.023400.1938-0.032-0.00360.1961-0.00320.1958-10.921931.222189.15
60.2565-0.0666-0.18690.2198-0.09750.2059-0.03280.0713-0.15170.09770.10330.03920.02960.15940.00070.2065-0.0227-0.01190.2004-0.0180.2139-4.025331.529793.2173
70.08490.0720.01310.10570.1160.13620.0432-0.1519-0.28950.1448-0.12860.00350.4017-0.0024-0.00050.3124-0.0482-0.0060.2231-0.00310.2316-8.501433.0398108.658
80.07460.02790.01280.0744-0.05430.05520.02510.0235-0.10560.4011-0.01070.26850.3239-0.4968-0.02050.4449-0.13450.14380.3844-0.06150.4259-20.647829.9546107.5192
90.0485-0.0255-0.01560.36290.2010.1069-0.0401-0.05810.3-0.0670.03160.0628-0.06930.003800.248-0.02180.0020.2193-0.0080.2402-4.4847.121398.931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 54 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 55 through 69 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 70 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 123 through 135 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 136 through 145 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 146 through 155 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 156 through 168 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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