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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fj1 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Ldtfm-avibactam carbamoyl enzyme | |||||||||
![]() | L,D-TRANSPEPTIDASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / L / D-TRANSPEPTIDATION / PEPTIDOGLYCAN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AVIBACTAM / NXL104 / ANTIBIOTIC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Ubiquitin-like (UB roll) - #800 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li de la Sierra Gallay, I. / Iannazzo, L. / Compain, F. / Fonvielle, M. / van Tilbeurgh, H. / Edoo, Z. / Arthur, M. / Etheve-Quelquejeu, M. / Hugonnet, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Synthesis of Avibactam Derivatives and Activity on beta-Lactamases and Peptidoglycan Biosynthesis Enzymes of Mycobacteria. 著者: Edoo, Z. / Iannazzo, L. / Compain, F. / Li de la Sierra Gallay, I. / van Tilbeurgh, H. / Fonvielle, M. / Bouchet, F. / Le Run, E. / Mainardi, J.L. / Arthur, M. / Etheve-Quelquejeu, M. / Hugonnet, J.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zatS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 217 - 469 / Label seq-ID: 1 - 253
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 28809.910 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CQR42_01530 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 116分子 ![](data/chem/img/P3G.gif)
![](data/chem/img/NXL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NXL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.96 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Potassium nitrate, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→48.04 Å / Num. obs: 52058 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.41 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 7.62 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.85 Å / 冗長度: 3.39 % / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 8090 / CC1/2: 0.72 / Rrim(I) all: 1.24 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZAT 解像度: 2.69→48.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 12.419 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.2614 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.222 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 251.55 Å2 / Biso mean: 83.319 Å2 / Biso min: 41.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.69→48.04 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.692→2.762 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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