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万見
- PDB-6fj1: Structure of the Ldtfm-avibactam carbamoyl enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fj1
タイトルStructure of the Ldtfm-avibactam carbamoyl enzyme
要素L,D-TRANSPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / L / D-TRANSPEPTIDATION / PEPTIDOGLYCAN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AVIBACTAM / NXL104 / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquitin-like (UB roll) - #800 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Li de la Sierra Gallay, I. / Iannazzo, L. / Compain, F. / Fonvielle, M. / van Tilbeurgh, H. / Edoo, Z. / Arthur, M. / Etheve-Quelquejeu, M. / Hugonnet, J.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Fondation pour la recherche medicaleECO20160736080 フランス
French National Research AgencyANR-17-CE18-0010-03 フランス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Synthesis of Avibactam Derivatives and Activity on beta-Lactamases and Peptidoglycan Biosynthesis Enzymes of Mycobacteria.
著者: Edoo, Z. / Iannazzo, L. / Compain, F. / Li de la Sierra Gallay, I. / van Tilbeurgh, H. / Fonvielle, M. / Bouchet, F. / Le Run, E. / Mainardi, J.L. / Arthur, M. / Etheve-Quelquejeu, M. / Hugonnet, J.E.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-TRANSPEPTIDASE
B: L,D-TRANSPEPTIDASE
C: L,D-TRANSPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,75518
ポリマ－86,4303
非ポリマー2,32515
水1,820101
1
A: L,D-TRANSPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5476
ポリマ－28,8101
非ポリマー7375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: L,D-TRANSPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6967
ポリマ－28,8101
非ポリマー8866
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: L,D-TRANSPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5125
ポリマ－28,8101
非ポリマー7024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.540, 131.970, 70.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 217 - 469 / Label seq-ID: 1 - 253

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 L,D-TRANSPEPTIDASE


分子量: 28809.910 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: CQR42_01530 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0BNR1

-
非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE


分子量: 250.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#3: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Potassium nitrate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→48.04 Å / Num. obs: 52058 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.41 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / 冗長度: 3.39 % / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 8090 / CC1/2: 0.72 / Rrim(I) all: 1.24 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZAT

1zat


解像度: 2.69→48.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 12.419 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.2614 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.222
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 2602 5 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.1987 49437 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 251.55 Å2 / Biso mean: 83.319 Å2 / Biso min: 41.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.87 Å20 Å20.12 Å2
2--3.13 Å2-0 Å2
3----7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5940 0 151 101 6192
Biso mean--129.49 60.93 -
残基数----759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.026238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0461.968476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.075312970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.115756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.45325.618267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.29815984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.921512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021176
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A161480.04
12B161480.04
21A160260.05
22C160260.05
31B160500.05
32C160500.05
LS精密化 シェル解像度: 2.692→2.762 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.546 175 -
Rwork0.526 3333 -
all-3508 -
obs--91.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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