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万見
- PDB-6fh4: CtsR C-terminal domain with bound phospho-arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fh4
タイトルCtsR C-terminal domain with bound phospho-arginine
要素Transcriptional regulator CtsR
キーワードSIGNALING PROTEIN / transcription factor / heat-shock response / protein arginine phosphorylation / phospho-binding domain / phosphoarginine-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional repressor of class III stress genes, C-terminal domain / Transcriptional regulator CtsR / CtsR, N-terminal HTH domain / CtsR, C-terminal dimerization domain / CtsR, N-terminal domain superfamily / CtsR, C-terminal domain superfamily / CtsR N-terminal HTH domain / CtsR C-terminal dimerization domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / phospho-arginine / Transcriptional regulator CtsR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Suskiewicz, M.J. / Clausen, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure of McsB, a protein kinase for regulated arginine phosphorylation.
著者: Suskiewicz, M.J. / Hajdusits, B. / Beveridge, R. / Heuck, A. / Vu, L.D. / Kurzbauer, R. / Hauer, K. / Thoeny, V. / Rumpel, K. / Mechtler, K. / Meinhart, A. / Clausen, T.
履歴
登録2018年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator CtsR
B: Transcriptional regulator CtsR
C: Transcriptional regulator CtsR
D: Transcriptional regulator CtsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5848
ポリマ－39,7274
非ポリマー8584
水1,40578
1
A: Transcriptional regulator CtsR
B: Transcriptional regulator CtsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3724
ポリマ－19,8632
非ポリマー5082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator CtsR
D: Transcriptional regulator CtsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2124
ポリマ－19,8632
非ポリマー3492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.100, 135.550, 59.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator CtsR


分子量: 9931.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: SC09_Contig26orf00020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C3K8Q6
#2: 化合物 ChemComp-RPI / phospho-arginine / アルギニンりん酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 254.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O5P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: 10% v/v polypropylene glycol P 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→35.899 Å / Num. obs: 13014 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 5.73
反射 シェル解像度: 2.49→2.579 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13rc1_2961: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H0D

3h0d


解像度: 2.49→35.899 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 1300 10 %
Rwork0.2442 --
obs0.2475 13002 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→35.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 53 78 2547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1923337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.496989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.268413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4901-2.58970.34641410.30021275X-RAY DIFFRACTION99
2.5897-2.70760.30261400.29091262X-RAY DIFFRACTION100
2.7076-2.85020.32711420.28981271X-RAY DIFFRACTION100
2.8502-3.02870.35251420.2771278X-RAY DIFFRACTION100
3.0287-3.26240.31871420.25761281X-RAY DIFFRACTION100
3.2624-3.59050.2621450.25591303X-RAY DIFFRACTION100
3.5905-4.10940.28821460.23741306X-RAY DIFFRACTION100
4.1094-5.17490.24021450.18921309X-RAY DIFFRACTION100
5.1749-35.90310.20391570.22211417X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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