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- PDB-6fgp: NMR solution structure of monomeric CCL5 in complex with a doubly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fgp
タイトルNMR solution structure of monomeric CCL5 in complex with a doubly-sulfated N-terminal segment of CCR5
要素
  • C-C chemokine receptor type 5
  • C-C motif chemokine 5
キーワードPROTEIN BINDING / chemokine complex NMR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine receptor binding / negative regulation of macrophage apoptotic process ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine receptor binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / chemokine receptor activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / signaling / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / neutrophil activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / response to cholesterol / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of smooth muscle cell migration / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of TOR signaling / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of T cell migration / cellular defense response / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of cell adhesion / regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / calcium-mediated signaling / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / calcium ion transport / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / actin binding / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / endosome / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like ...CC chemokine receptor 5 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 5 / C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Anglister, J. / Abayev, M.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
Minerva Foundation ドイツ
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)
The estate of D. Levinson
Kimmelman Center
National Institutes of HealthGM115749
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: The solution structure of monomeric CCL5 in complex with a doubly sulfated N-terminal segment of CCR5.
著者: Abayev, M. / Rodrigues, J.P.G.L.M. / Srivastava, G. / Arshava, B. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Naider, F. / Levitt, M. / Anglister, J.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.02019年9月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 5
B: C-C motif chemokine 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2252
ポリマ－11,2252
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1070 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7810 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 106structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド C-C chemokine receptor type 5 / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor


分子量: 3357.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: N-terminal segment of CCR5, doubly-sulfated at position Y10 and Y14 that were synthesized by solid-phase peptide-synthesis
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51681
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 5 / EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific ...EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific protein P228 / TCP228 / T-cell-specific protein RANTES


分子量: 7866.990 Da / 分子数: 1 / Mutation: i / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chemokine protein (consist P9S and E66S mutations). / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL5, D17S136E, SCYA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13501
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
311isotropic13D HN(CA)CB
321isotropic13D CBCA(CO)NH
331isotropic13D HNCA
341isotropic13D HNCO
251isotropic13D (H)CCH-TOCSY
281isotropic13D CCH-TOCSY
371isotropic13D HCC(CO)NH-TOCSY
161isotropic13D 1H-15N TOCSY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
2141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
2151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
391isotropic12D 1H-1H NOESY (double filter)
3131isotropic12D 1H-1H TOCSY (double filter)
2121isotropic13D 1H-13C NOESY (edited/filtered)

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1120 uM [U-15N] CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27), 90% H2O/10% D2OCCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27) solutions contained 120 uM CCL5(P9S) with 5-fold molar concentration of Nt-CCR5(1-27) in 130 mM d-acetate buffer, pH 4.8. CCL5(P9S) was either U-15N, U-15N;13C or U-13C labeled. Nt-CCR5(1-27) was unlabeled for all samples.CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27)90% H2O/10% D2O
solution2120 uM [U-13C] CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27), 90% H2O/10% D2OCCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27) solutions contained 120 uM CCL5(P9S) with 5-fold molar concentration of Nt-CCR5(1-27) in 130 mM d-acetate buffer, pH 4.8. CCL5(P9S) was either U-15N, U-15N;13C or U-13C labeled. Nt-CCR5(1-27) was unlabeled for all samples.CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27)90% H2O/10% D2O
solution3120 uM U-15N;13C CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27), 90% H2O/10% D2OCCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27) solutions contained 120 uM CCL5(P9S) with 5-fold molar concentration of Nt-CCR5(1-27) in 130 mM d-acetate buffer, pH 4.8. CCL5(P9S) was either U-15N, U-15N;13C or U-13C labeled. Nt-CCR5(1-27) was unlabeled for all samples.CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27)90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
120 uMCCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27)[U-15N]1
120 uMCCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27)[U-13C]2
120 uMCCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27)U-15N;13C3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1130 mMU-15N4.81 atm310 K
2130 mMU-13C4.81 atm310 K
3130 mMU-15N;13C4.81 atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
HADDOCKBonvin精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 106 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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