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- PDB-6ffn: Structure-based design and synthesis of macrocyclic human rhinovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ffn
タイトルStructure-based design and synthesis of macrocyclic human rhinovirus 3C protease inhibitors
要素3C protease
キーワードHYDROLASE / 3C Protease / Rhinovirus / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D8K / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 2 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Wiesmann, C. / Farady, C.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: Structure-based design and synthesis of macrocyclic human rhinovirus 3C protease inhibitors.
著者: Namoto, K. / Sirockin, F. / Sellner, H. / Wiesmann, C. / Villard, F. / Moreau, R.J. / Valeur, E. / Paulding, S.C. / Schleeger, S. / Schipp, K. / Loup, J. / Andrews, L. / Swale, R. / Robinson, M. / Farady, C.J.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9655
ポリマ－20,1261
非ポリマー8394
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.459, 77.459, 87.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3C protease


分子量: 20125.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04936, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C

-
非ポリマー , 5種, 247分子

#2: 化合物 ChemComp-D8K / ~{N}-[(5~{S},8~{S},11~{S},15~{R})-8-[(4-fluorophenyl)methyl]-5-(hydroxymethyl)-2,7,10,14-tetrakis(oxidanylidene)-1,6,9,13-tetrazabicyclo[13.3.0]octadecan-11-yl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide


分子量: 572.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33FN6O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Na Acetate, pH 4.5,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→67.08 Å / Num. obs: 31250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.75-2.029.70.669107980.9220.2280.707
3.5-67.089.30.04441090.9990.0150.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.3データスケーリング
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xya

2xya


解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.425 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.073
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1695 1548 5 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.1501 29638 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.71 Å2 / Biso mean: 23.26 Å2 / Biso min: 6.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.1 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1415 0 56 243 1714
Biso mean--31.34 33.68 -
残基数----182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6022.0122047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8083.0013228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4995185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38624.54566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9915248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.788158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.0211710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02329
LS精密化 シェル解像度: 1.751→1.786 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 97 -
Rwork0.281 1708 -
all-1805 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.2299 Å / Origin y: 14.3246 Å / Origin z: -7.1078 Å
111213212223313233
T0.0239 Å2-0.0048 Å2-0.0048 Å2-0.0099 Å2-0.0007 Å2--0.0086 Å2
L0.493 °20.2894 °2-0.222 °2-0.7203 °2-0.2003 °2--1.1604 °2
S0.0104 Å °0.0254 Å °-0.0163 Å °0.0032 Å °-0.0149 Å °-0.0185 Å °0.0642 Å °0.0422 Å °0.0045 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1L1
3X-RAY DIFFRACTION1W2 - 251
4X-RAY DIFFRACTION1B1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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