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- PDB-6fec: Human cap-dependent 48S pre-initiation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fec
タイトルHuman cap-dependent 48S pre-initiation complex
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR ...) x 14
  • 18S ribosomal RNA
  • Messenger RNA (26-MER)
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Transfer RNA (75-MER)
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
キーワードRIBOSOME / Translation initiation / 48S complex / capped mRNA / initiation factor 4B / start codon recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / RNA strand-exchange activity / positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S ...eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / RNA strand-exchange activity / positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / PERK regulates gene expression / RNA strand annealing activity / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / Deadenylation of mRNA / eukaryotic 48S preinitiation complex / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase inhibitor activity / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / translation at postsynapse / TNFR1-mediated ceramide production / protein-synthesizing GTPase / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / mammalian oogenesis stage / regulation of translational initiation / supercoiled DNA binding / activation-induced cell death of T cells / neural crest cell differentiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / NF-kappaB complex / oxidized purine DNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / translation at presynapse / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / negative regulation of phagocytosis / erythrocyte homeostasis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / protein kinase A binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / pigmentation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein hydroxylation / BH3 domain binding / TOR signaling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of cell division / mTORC1-mediated signalling / T cell proliferation involved in immune response / Peptide chain elongation / iron-sulfur cluster binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal small subunit binding / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Viral mRNA Translation / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / erythrocyte development / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC)
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4B / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal ...Eukaryotic translation initiation factor 4B / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ubiquitin-like protein FUBI / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Eukaryotic translation initiation factor 4B / Small ribosomal subunit protein eS12 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Eukaryotic translation initiation factor 4B / Small ribosomal subunit protein eS12 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Schaffitzel, C. / Schaffitzel, C.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
European Research Council281331 ベルギー
EMBL-RFBR15-54-74001 ベルギー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018
タイトル: Structure of a human cap-dependent 48S translation pre-initiation complex.
著者: Boris Eliseev / Lahari Yeramala / Alexander Leitner / Manikandan Karuppasamy / Etienne Raimondeau / Karine Huard / Elena Alkalaeva / Ruedi Aebersold / Christiane Schaffitzel /
要旨: Eukaryotic translation initiation is tightly regulated, requiring a set of conserved initiation factors (eIFs). Translation of a capped mRNA depends on the trimeric eIF4F complex and eIF4B to load ...Eukaryotic translation initiation is tightly regulated, requiring a set of conserved initiation factors (eIFs). Translation of a capped mRNA depends on the trimeric eIF4F complex and eIF4B to load the mRNA onto the 43S pre-initiation complex comprising 40S and initiation factors 1, 1A, 2, 3 and 5 as well as initiator-tRNA. Binding of the mRNA is followed by mRNA scanning in the 48S pre-initiation complex, until a start codon is recognised. Here, we use a reconstituted system to prepare human 48S complexes assembled on capped mRNA in the presence of eIF4B and eIF4F. The highly purified h-48S complexes are used for cross-linking/mass spectrometry, revealing the protein interaction network in this complex. We report the electron cryo-microscopy structure of the h-48S complex at 6.3 Å resolution. While the majority of eIF4B and eIF4F appear to be flexible with respect to the ribosome, additional density is detected at the entrance of the 40S mRNA channel which we attribute to the RNA-recognition motif of eIF4B. The eight core subunits of eIF3 are bound at the 40S solvent-exposed side, as well as the subunits eIF3d, eIF3b and eIF3i. elF2 and initiator-tRNA bound to the start codon are present at the 40S intersubunit side. This cryo-EM structure represents a molecular snap-shot revealing the h-48S complex following start codon recognition.
履歴
登録2017年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: computing / refine
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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  • マップデータ: EMDB-4242
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
2: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
3: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
4: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
5: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
6: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
7: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
8: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
9: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT D
A: 18S ribosomal RNA
F: Messenger RNA (26-MER)
G: 40S ribosomal protein S11
H: 40S ribosomal protein S16
I: 40S ribosomal protein S4, X isoform
J: 40S ribosomal protein S29
K: 40S ribosomal protein S9
L: 40S ribosomal protein S18
N: Transfer RNA (75-MER)
P: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
Q: 40S ribosomal protein S23
R: 40S ribosomal protein S19
S: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
U: 40S ribosomal protein S5
V: 40S ribosomal protein S30
W: 40S ribosomal protein S25
X: 40S ribosomal protein S7
Y: 40S ribosomal protein S27
Z: 40S ribosomal protein S13
a: 40S ribosomal protein S15a
b: 40S ribosomal protein S21
c: 40S ribosomal protein S2
d: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT (eIF2-Beta)
e: 40S ribosomal protein S17
f: 40S ribosomal protein SA
g: 40S ribosomal protein S3
h: 40S ribosomal protein S20
i: 40S ribosomal protein S3a
j: 40S ribosomal protein S14
k: 40S ribosomal protein S26
l: 40S ribosomal protein S28
m: Receptor of activated protein C kinase 1
n: 40S ribosomal protein S15
o: 40S ribosomal protein S8
p: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
q: 40S ribosomal protein S6
r: 40S ribosomal protein S12
s: 40S ribosomal protein S24
t: 40S ribosomal protein S10
u: Eukaryotic translation initiation factor 4B
w: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,006,44050
ポリマ－2,006,44050
非ポリマー00
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, h-48S pre-IC formation was confirmed by toe-printing and by cross-linking mass spectrometry.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR ... , 14種, 14分子 123456789PSduw

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 / eIF3 p185


分子量: 164902.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 / eIF3 p110


分子量: 97923.547 Da / 分子数: 1 / Mutation: A577Y / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#3: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 ...eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 homolog / eIF-3 p48


分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P60228
#4: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF- ...eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF-3-epsilon / eIF3 p47


分子量: 37846.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Hela / 参照: ubiquitinyl hydrolase 1
#5: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 3 / eIF-3-gamma / eIF3 p40 subunit


分子量: 39952.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / ...eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / PLAC-24 / eIF-3 p25 / eIF-3 p28


分子量: 25129.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: Q9UBQ5
#7: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic ...eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E-interacting protein


分子量: 66804.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: Q9Y262
#8: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3m / Fetal lung protein B5 / hFL-B5 / PCI domain-containing protein 1


分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: Q7L2H7
#9: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT D


分子量: 42203.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#19: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2alpha


分子量: 30633.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#22: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma X / eIF-2gX


分子量: 45862.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P41091
#32: タンパク質・ペプチド EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT (eIF2-Beta)


分子量: 2103.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#49: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4B / eIF-4B


分子量: 72324.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4B / プラスミド: pFastBac_eIF4B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23588
#50: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9 / Prt1 homolog / hPrt1 / eIF-3-eta / ...eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9 / Prt1 homolog / hPrt1 / eIF-3-eta / eIF3 p110 / eIF3 p116


分子量: 124402.336 Da / 分子数: 1 / Mutation: D104E, Y124F / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela

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RNA鎖 , 3種, 3分子 AFN

#10: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 572789.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#11: RNA鎖 Messenger RNA (26-MER)


分子量: 8238.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: beta globin derived / プラスミド: pET28a-MVHL-STOP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#18: RNA鎖 Transfer RNA (75-MER)


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: GenBank: 174924

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 GHIJKLQRUVWXYZabcefghijklnoqrst

#12: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62280
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 15975.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62249
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29658.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62701
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6364.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 21266.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P46781
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 16170.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62269
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15757.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62266
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 15812.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P46782
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S30 / Small ribosomal subunit protein eS30


分子量: 6741.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62861
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62851
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62081
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P42677
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62277
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 8896.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 24814.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 14578.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P08708
#34: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 23360.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 25158.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11765.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P60866
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 24944.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P61247
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62263
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 11315.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7263.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62857
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 15151.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62841
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 23902.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62241
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62753
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 13766.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15188.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62847
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P46783

-
タンパク質 , 2種, 2分子 mp

#41: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P63244
#44: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 8358.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: hela / 参照: UniProt: P62979

-
非ポリマー , 1種, 415分子

#51: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1human cap-dependent 48S translation pre-initiation complexRIBOSOME#1-#500MULTIPLE SOURCES
2human cap-dependent 48S translation pre-initiation complexRIBOSOME#1-#10, #12-#48, #501NATURAL
3mRNACOMPLEX#111RECOMBINANT
4Eukaryotic translation initiation factor 4BCOMPLEX#491RECOMBINANT
分子量値: 2.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris HCl, 50 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.25 mM spermidine 0.25 mM GMPPNP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 112000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2.1粒子像選択e2boxer.py
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.1モデルフィッティング
9REFMAC5.8.0194モデル精密化
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50604 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
精密化解像度: 6.3→270 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / SU B: 135.967 / SU ML: 0.877
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.37479 --
obs0.37479 95026 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 105.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å2-0.57 Å2-1.05 Å2
2--4.34 Å2-2.56 Å2
3----4.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 32425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0180.01932657
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0060.0229932
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.9151.95444216
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.376369307
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg9.59253945
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg41.46324.4321638
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg20.998155854
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg15.94215222
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.150.24935
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0236132
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0050.026629
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it18.67439.39615825
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other18.67339.39715824
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it32.73159.03619763
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other32.73159.03619764
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it19.88336.15616832
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other19.88336.15616833
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other37.15455.10124454
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined63.43958918
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other63.43958919
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 6.3→6.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.519 7099 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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