PDB-6fe4: Crystal structure of the complex between Shiga toxin Stx2 B subun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fe4

タイトル

Crystal structure of the complex between Shiga toxin Stx2 B subunit and neutralising Nb113

要素

Nb113
Shiga-like toxin 2 subunit B

キーワード

TOXIN / Complex / Nanobody / Shiga

機能・相同性

機能・相同性情報

modulation of host virulence by virus / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage 933W (ファージ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Bernedo, R. / Muyldermans, S. / Sterckx, Y.G.J.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Toxins (Basel) / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Specific Neutralization of Stx2a with a Camelid Single Domain Antibody Fragment.
著者: Bernedo-Navarro, R.A. / Romao, E. / Yano, T. / Pinto, J. / De Greve, H. / Sterckx, Y.G. / Muyldermans, S.

履歴

登録	2017年12月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6fe4_full_validation.pdf.gz	504.2 KB	表示
XML形式データ	6fe4_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	6fe4_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/6fe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/6fe4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ga4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mob-1 5l0d-d 2ex8-2 5jk2-10 4i0w-d 4k79-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Shiga-like toxin 2 subunit B

B: Shiga-like toxin 2 subunit B

C: Shiga-like toxin 2 subunit B

D: Shiga-like toxin 2 subunit B

E: Shiga-like toxin 2 subunit B

F: Nb113

G: Nb113

H: Nb113

I: Nb113

J: Nb113

104 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.490, 186.490, 75.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Shiga-like toxin 2 subunit B / SLT-IIb / Verocytotoxin 2 subunit B / Verotoxin 2 subunit B 分子量: 8066.861 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage 933W (ファージ) 遺伝子: stxB2, stx2B, L0104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P09386
#2: 抗体	Nb113 分子量: 12828.161 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.09 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG 4000, 100 mM sodium citrate pH 5.6, 200 mM ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→47.47 Å / Num. obs: 30120 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.442 % / B_iso Wilson estimate: 122.18 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_rim(I) all: 0.168 / Χ²: 0.999 / Net I/σ(I): 9.31 / Num. measured all: 224157 / Scaling rejects: 69

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3-3.08	2.878	2.141	0.52	5975	2192	2076	0.122	2.613	94.7
3.08-3.16	2.908	1.535	0.72	6322	2201	2174	0.188	1.879	98.8
3.16-3.25	5.894	1.619	1.2	12325	2095	2091	0.423	1.763	99.8
3.25-3.35	8.589	1.278	2	17444	2032	2031	0.586	1.36	100
3.35-3.46	8.472	0.958	2.76	16994	2006	2006	0.752	1.02	100
3.46-3.58	8.371	0.688	3.93	16130	1927	1927	0.856	0.733	100
3.58-3.72	8.317	0.517	5.01	15319	1842	1842	0.898	0.551	100
3.72-3.87	8.299	0.409	6.15	14889	1794	1794	0.946	0.437	100
3.87-4.04	8.374	0.273	8.66	14261	1703	1703	0.977	0.291	100
4.04-4.24	8.399	0.194	11.16	13816	1645	1645	0.987	0.207	100
4.24-4.47	8.71	0.158	13.09	13623	1564	1564	0.991	0.168	100
4.47-4.74	8.561	0.116	16.39	12765	1491	1491	0.993	0.124	100
4.74-5.07	8.483	0.106	17.89	11783	1389	1389	0.994	0.113	100
5.07-5.48	8.558	0.102	18.26	11160	1304	1304	0.995	0.108	100
5.48-6	8.496	0.108	17.33	10144	1195	1194	0.992	0.116	99.9
6-6.71	8.408	0.096	18.76	9257	1101	1101	0.995	0.102	100
6.71-7.74	8.189	0.078	21.24	7911	966	966	0.997	0.083	100
7.74-9.48	8	0.061	25.91	6536	817	817	0.997	0.066	100
9.48-13.41	7.566	0.054	27.73	4880	645	645	0.997	0.058	100
13.41-47.47	7.286	0.07	28.67	2623	369	360	0.993	0.076	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GA4

2ga4

解像度: 3→47.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 1.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.835 / SU R_free Blow DPI: 0.292 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.302

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	1506	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.171	30119	99.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 230.61 Å² / B_iso mean: 119.53 Å² / B_iso min: 59.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8332 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8332 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6664 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→47.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7084	0	0	44	7128
B_iso mean	-	-	-	91.03	-
残基数	-	-	-	-	940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2393	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	187	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1071	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	7240	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	921	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	8000	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	7240	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	9820	HARMONIC	2	1.2
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.8
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.66

LS精密化シェル

解像度: 3→3.1 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2757	140	4.98 %
R_work	0.2678	2674	-
all	0.2682	2814	-
obs	-	-	96.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7297	0.5954	0.0924	2.4772	-0.6778	8.5873	0.1437	-0.1934	-0.4688	-0.0883	-0.1258	-0.7645	0.9078	1.1628	-0.0178	-0.0341	0.39	0.0304	0.9405	-0.0463	0.5693	-12.491	59.096	13.224
2	6.4376	-0.3615	1.0891	5.3261	1.4336	4.4431	0.1819	1.0182	-0.3067	-0.507	-0.2181	-0.6956	0.3376	0.7977	0.0362	0.0252	0.1709	0.2697	1.0517	-0.0329	0.2376	-18.902	69.633	-3.088
3	5.0529	-0.4441	0.1436	8.5253	-1.0061	3.9282	0.3382	0.9633	-0.3034	-0.6731	-0.2224	-0.1377	1.0095	0.6473	-0.1158	0.2892	0.1074	0.0482	0.554	-0.2347	-0.0272	-37.295	62.48	-7.578
4	5.9015	-3.0459	-1.0965	5.479	0.2316	5.179	0.1275	0.7702	-0.7841	-0.6118	-0.0864	0.1263	1.2965	-0.0964	-0.041	0.7497	-0.0349	-0.1854	0.322	-0.2892	0.5677	-41.766	47.469	5.049
5	9.0708	-0.6324	-1.5501	3.7433	-2.7492	3.1656	0.0231	-0.2503	-1.0542	-0.0842	0.0645	-0.24	1.2317	0.6643	-0.0875	0.7103	0.2979	-0.1311	0.4951	-0.0451	0.8075	-26.306	45.51	17.78
6	4.1574	-1.9202	2.3456	4.8686	-2.0165	5.4468	0.2931	0.5731	-0.0052	0.1374	-0.2794	0.1079	0.2124	0.1055	-0.0138	-0.1929	-0.1798	0.0583	0.1921	0.0458	-0.1144	-50.633	80.695	-4.492
7	6.5726	0.6077	-1.781	5.0246	-0.5656	7.5185	0.5059	0.4721	1.071	-0.3921	-0.2599	-0.8233	-1.3043	0.9615	-0.246	0.2292	-0.3638	0.2188	0.7886	0.1827	0.4798	-19.476	90.354	5.472
8	7.5358	-1.0484	0.1023	2.3316	-0.2439	4.542	0.0412	-0.6938	-0.1194	0.4215	-0.1883	-0.4944	0.0576	1.1247	0.147	-0.0653	-0.0491	-0.2022	0.9656	0.0644	0.3213	-12.694	71.768	33.045
9	6.1683	0.757	-1.1822	7.685	-3.8497	5.8733	0.2626	-1.5124	-0.9974	0.763	-0.0886	0.0285	0.7818	0.7886	-0.174	0.589	-0.0677	-0.1388	0.8852	0.3068	0.6179	-36.342	49.859	37.413
10	7.9886	0.1653	4.7275	6.5297	0.3272	14.227	0.0288	-0.3425	-0.1493	0.1168	-0.1925	0.7157	0.1627	-1.6023	0.1637	0.0741	-0.2211	-0.1025	0.2529	-0.0998	0.3633	-60.988	55.3399	14.482

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|21 - A\|89 }	A	21 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ E\|20 - E\|90 }	E	20 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ D\|20 - D\|89 }	D	20 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ C\|20 - C\|89 }	C	20 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|20 - B\|89 }	B	20 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ I\|1 - I\|118 }	I	1 - 118
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ J\|1 - J\|116 }	J	1 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ F\|1 - F\|116 }	F	1 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ G\|1 - G\|116 }	G	1 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ H\|1 - H\|117 }	H	1 - 117

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新型コロナ情報

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