PDB-6fdh: Structure of H. salinarum RosR (vng0258) grown from KCl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fdh

タイトル

Structure of H. salinarum RosR (vng0258) grown from KCl

要素

DNA binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Halophiles / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / PadR family transcription regulator RosR

機能・相同性情報

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Shaanan, B. / Kutnowski, N.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: The 3-D structure of VNG0258H/RosR - A haloarchaeal DNA-binding protein in its ionic shell.
著者: Kutnowski, N. / Shmuely, H. / Dahan, I. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B.

履歴

登録	2017年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fdh.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fdh.ent.gz	116.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdh	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6faq-d 6f5c-d 2132 1nq1-d 1y0x-d 3u5p-1 1r6g-d 2hdc-d 4fbc-1 1nq0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA binding protein

B: DNA binding protein

ヘテロ分子

29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, Gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.069, 76.966, 42.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	DNA binding protein 分子量: 14554.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: WINGED HELIX-TURN-HELIX RESIDUES 1-10 IN BOTH CHAINS ARE PREDICTED TO BE NATIVELY DISORDERED. RESIDUES 70-76 IN BOTH CHAINS BELONG TO THE WING DOMAIN WHICH IS NOTORIOUSLY FLEXIBLE. 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性) 遺伝子: VNG_0258H / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 参照: UniProt: Q9HSF4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 % / 解説: Monoclinic
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: KCL, AMMONIUM SULFATE, MES PH 6.8 / PH範囲: 6.0-7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9219 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月16日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9219 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→39.5 Å / Num. obs: 21011 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.52 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 5.67 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1277 / CC_1/2: 0.522 / R_pim(I) all: 0.827 / R_rim(I) all: 0.85 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13rc2_2986	精密化
REFMAC	v 5.8	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD derived model in NaCl

解像度: 1.85→38.54 Å / SU ML: 0.2291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 22.0575
詳細: RESIDUES 1-10 IN BOTH CHAINS ARE PREDICTED TO BE NATIVELY DISORDERED. RESIDUES 70-76 IN BOTH CHAINS BELONG TO THE WING DOMAIN WHICH IS NOTORIOUSLY FLEXIBLE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2202	995	4.74 %	Random
R_work	0.1791	-	-	-
obs	0.1811	20985	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	25	199	1988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	1800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7772	2439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	325
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.3896	1093

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.95	0.3031	151	0.2599	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.95-2.07	0.2728	132	0.2006	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.07-2.23	0.2389	134	0.1939	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.23-2.45	0.2482	128	0.1817	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.45-2.81	0.2483	162	0.1866	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.81-3.54	0.2078	149	0.1744	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.54-38.55	0.1754	139	0.1571	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.96530047416	1.54959232282	-5.03697405237	3.02726299781	-0.897836130006	5.28902772297	-0.00194747281598	1.75274674323	-2.13186978449	-1.88068842076	-0.701082843098	-0.189665708694	1.70486831892	-0.890442156477	0.636394001295	0.632198331853	-0.0610657412423	0.058545341692	0.468272628108	-0.0175442977459	0.499243134129	-2.60699488422	-26.6100299392	-18.6845034796
2	5.82958870804	-1.84131890025	2.39716638963	4.65799915049	-2.635722955	4.75871217659	0.109083314405	0.0516303431541	-0.235485771344	-0.060559331437	-0.0312231355731	-0.205693653882	-0.0210525877806	0.478900287911	-0.0827099076199	0.159920056071	-0.00997684655914	0.0268080821919	0.193346114421	-0.0204685695646	0.222006920528	-4.17058723746	-24.6779925514	-4.26862179057
3	5.35436785737	2.18841428632	-1.40012116795	7.91339993617	2.47700242474	2.55564255906	0.00768319561207	-0.184665367663	0.0267601691327	0.285727360848	-0.0824445351831	0.170413255435	-0.134205954359	-0.0402543836581	0.0944929717115	0.158153783207	0.0170853649144	-0.0137991640132	0.168703426242	0.0298868460739	0.112729014723	-11.275941897	-20.3751243742	0.531997806324
4	2.69993215436	0.845764027217	1.3279585605	4.95794455778	1.32025383496	3.04319370709	0.151824671704	-0.294319936162	-0.744025805521	0.0458917680709	0.205785984215	0.708236581	0.46970785383	-0.605791649856	-0.160845970411	0.250321075091	-0.0261468457567	0.0499129066361	0.266958002388	0.052228174885	0.436819747617	-11.4200063555	-34.4785195117	-4.06449078323
5	0.193992542906	-0.0584312120121	0.380466658592	0.0253178309915	-0.12875831453	0.770769135066	-0.362087636898	-0.337298570127	-0.80653957543	1.03320844559	-0.228025207235	0.412656740607	0.252948608636	-0.835466283794	0.58997364378	0.568100170188	-0.186026463812	0.0895259078241	0.791197781602	0.141036055122	0.743679340294	-18.4679069367	-33.3817811003	6.82933603955
6	7.86739249781	3.34660947237	-4.20696836837	3.70967970329	-2.60267050157	4.47607568578	-0.331486916519	0.426604006689	-0.464607304127	-0.160342572268	0.147708650874	-0.0688933977149	0.338765682213	0.0163905193855	0.15678364452	0.19239084244	0.0187430660003	-0.033451278921	0.196371638533	-0.0256489772058	0.248211850693	1.54465609597	-29.4204525925	-9.16430699619
7	3.43272640834	-0.433726423749	1.9396468348	3.2764556655	-0.146932769337	7.44148961867	-0.201599200463	-0.180097459067	0.146254775337	0.101213491502	-0.0635179563168	-0.226787692571	-0.380171691852	0.368083862982	0.261578700902	0.176871184623	-0.0463507876853	-0.0163189714612	0.295305048036	0.0023289265859	0.232749463438	15.3572890754	-15.8590803221	-5.99892135089
8	7.89321186969	2.16823742868	5.1736337941	4.64240598355	-1.88320172685	6.0891073048	0.0624266272705	-0.666330712355	0.66751113032	0.210386710931	-0.305667834607	0.243215652816	-1.01261941499	-1.08391477558	0.249751871764	0.328811747328	0.0318350381187	0.0743550326951	0.265482372685	-0.0360091646721	0.27731631165	-5.02531726911	-11.3473754967	-12.1246301912
9	3.5049941411	-2.06557946897	4.09945096163	7.66260905358	-1.54865145075	5.01868259995	-0.190273814655	0.169866627844	-0.0171531782132	0.09980872736	-0.116566047248	-0.33249947744	-0.017665474525	0.53550175161	0.28336183223	0.233888409763	-0.0185112099317	0.0161839588225	0.13134425202	0.00881043667665	0.146369410204	6.31291451228	-11.0876023487	-20.7281890298
10	4.3032388375	3.24835936181	-1.09485651495	6.50873712433	-2.82533545458	4.8065890238	-0.17429304735	0.132816408071	0.0102293322326	-0.271837492671	0.229906063637	-0.366817188148	-0.0265418770962	0.154138099533	-0.0798686309764	0.202399711679	-0.00609463804424	0.028018448783	0.182821476835	0.0024984963615	0.175927746932	2.91822189005	-17.5848507984	-26.5190633451
11	4.10359284675	0.434417322931	0.670000800601	9.3154588124	4.15396718057	6.44257943966	-0.0493467401372	0.352389126591	0.307450780964	-0.283410006317	-0.173143461167	0.346120196596	-0.614648627305	-0.487765973338	0.218221698547	0.268750514407	0.0564597558599	0.0406256135781	0.237904427905	0.0418301394864	0.202634127865	-3.46717598222	-7.87438220301	-23.7422134874
12	4.25512507266	3.29041305346	-3.94813142829	9.72716855537	-1.75260736032	3.91158812645	-0.534958851769	0.787051793199	-0.00125458473477	-1.80279119383	0.245743621732	1.11606712077	0.0291500656502	-1.73404715356	0.147976409742	0.588389090425	0.0211010143146	-0.118969243539	0.537711965297	0.0656767148261	0.552858817168	4.95502231244	1.88714133334	-35.4321084415
13	3.32249054328	-0.079345683675	0.663187119581	5.35834164011	-3.31338881261	2.16544026644	0.0723923318183	-0.166705588028	0.297096636249	0.192967152716	0.0413798619986	0.0754434738688	-0.894928157013	0.193345603616	-0.0520836421675	0.285453182914	-0.0325152422447	-0.0129622944514	0.159672041486	-0.0298420535536	0.239756685044	5.31662166313	-4.90883183838	-16.0443166956
14	6.96885328699	-0.678467464623	-2.13992955047	3.3658472768	-0.532268391597	4.30240788068	-0.0648026028551	0.0755294720582	-0.222946417921	-0.00837423693507	-0.00567792020385	-0.0420241318687	0.0199148820153	0.178310724092	0.0684440777854	0.147246051897	-0.0242461962151	-0.0436381262559	0.227895479204	-0.0268347009109	0.198775432593	12.1794453678	-23.3540267365	-5.42333804443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 11:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:31)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 32:57)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 58:72)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 73:76)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 77:95)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 96:120)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 11:19)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 20:32)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 33:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 46:69)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 70:74)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 75:90)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 91:120)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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