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万見
- PDB-6fce: NMR ensemble of Macrocyclic Peptidomimetic Containing Constrained... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fce
タイトルNMR ensemble of Macrocyclic Peptidomimetic Containing Constrained a,a-dialkylated Amino Acids with Potent and Selective Activity at Human Melanocortin Receptors
要素ACP-HIS-DPHE-ARG-TRP-ASP-NH2
キーワードDE NOVO PROTEIN / Melanocortin / Peptidomimetics / Amino acid / dialkylated
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Brancaccio, D. / Carotenuto, A. / Grieco, P. / Merlino, F. / Zhou, Y. / Cai, M. / Yousif, A.M. / Di Maro, S. / Novellino, E. / Hruby, V.J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Development of Macrocyclic Peptidomimetics Containing Constrained alpha , alpha-Dialkylated Amino Acids with Potent and Selective Activity at Human Melanocortin Receptors.
著者: Merlino, F. / Zhou, Y. / Cai, M. / Carotenuto, A. / Yousif, A.M. / Brancaccio, D. / Di Maro, S. / Zappavigna, S. / Limatola, A. / Novellino, E. / Grieco, P. / Hruby, V.J.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年5月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / citation / pdbx_entity_src_syn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACP-HIS-DPHE-ARG-TRP-ASP-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8711
ポリマ－8711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area110 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area970 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ACP-HIS-DPHE-ARG-TRP-ASP-NH2


分子量: 870.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11D 1H
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 2.0 mM Peptide, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 0.1 mM TSP, 200 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O
Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMPeptidenatural abundance1
10 % v/vD2O[U-99% 2H]1
0.1 mMTSPnatural abundance1
200 mMDPC[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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